Food Sci Nu . 2018;6:3–17. 
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3
www. oodscience-nu i ion.com
Recei ed:19June2017
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Re ised:23Augus 2017
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Accep ed:25Augus 2017
DOI:10.1002/ sn3.530
REVIEW
Su eillance and diagnosis o zoono ic oodbo ne pa asi es
Reza Zol agha i Emameh1 | Sami Pu monen2 | An i Suku a3 | Seppo Pa kkila2,4
Thisisanopenaccessa icleunde  he e mso  heC ea i eCommonsA ibu ionLicense,whichpe mi suse,dis ibu ionand ep oduc ioninanymedium,
p o ided heo iginalwo kisp ope lyci ed.
©2017TheAu ho s.Food Science & Nu i ionpublishedbyWileyPe iodicals,Inc.
1Depa men o Ene gyandEn i onmen al
Bio echnology,Di isiono Indus ial&
En i onmen alBio echnology,Na ional
Ins i u eo Gene icEnginee ingand
Bio echnology(NIGEB),Teh an,I an
2Facul yo MedicineandLi eSciences,
Uni e si yo Tampe e,Tampe e,Finland
3Depa men o Ve e ina yBiosciences,Facul y
o Ve e ina yMedicine,Uni e si yo Helsinki,
Helsinki,Finland
4FimlabLabo a o iesL dandTampe e
Uni e si yHospi al,Tampe e,Finland
Co espondence
RezaZol agha iEmameh,Depa men o 
Ene gyandEn i onmen alBio echnology,
Di isiono Indus ial&En i onmen al
Bio echnology,Na ionalIns i u eo Gene ic
Enginee ingandBio echnology(NIGEB),
Teh an,I an.
Email:zol [email p o ec ed]
Funding in o ma ion
Na ionalIns i u eo Gene icEnginee ingand
Bio echnology(NIGEB)o IslamicRepublico 
I an;Academyo Finland;Tekes;Sig idJuselius
Founda ion;JaneandAa osE kkoFounda ion;
FinnishCul u alFounda ion;Tampe e
Tube culosisFounda ion;Compe i i eResea ch
Fundingo  heTampe eUni e si yHospi al
Abs ac
Foodbo nepa asi esa easou ceo humanpa asi icin ec ion.Zoono icin ec ionso 
humansa ise oma a ie yo domes icandwildanimals,includingsheep,goa s,ca -
le,camels,ho ses,pigs,boa s,bea s, elines,canids,amphibians, ep iles,poul y,and
aqua icanimalssuchas ishesandsh imp.The e o e, heimplemen a iono e icien ,
accessible,andcon ollableinspec ionpolicies o li es ock, ishe ies,slaugh e houses,
andmea p ocessingandpackagingcompaniesishighly ecommended.Inaddi ion,
mo ea en ionshouldbepaid o heeduca iono audi o s om hequali ycon ol
(QC)andassu ancesec o s,li es ockb eede s, he ishe ysec o ,andmea inspec ion
e e ina iansinde elopingcoun ieswi hhighincidenceo zoono icpa asi icin ec-
ions.Fu he mo e,bo h hediagnosiso zoono icpa asi icin ec ionsbyinexpensi e,
accessible,and eliableiden i ica ionme hodsand heo ganiza iono e ec i econ-
olsys emswi hsu icien supe isiono p oduc quali ya eo he a eas owhich
mo ea en ionshouldbepaid.In his e iew,wep esen someexampleso success ul
inspec ionpoliciesand ecen upda esonp esen con en ional,se ologic,andmo-
lecula diagnos icme hods o zoono ic oodbo nepa asi es ombo hhumanin ec-
ionandanimal-de i ed oods.
KEYWORDS
diagnosis, ish, ood,PCR(polyme asechain eac ion),quali ycon ol
1 | INTRODUCTION
Zoono icpa asi esa eamong hemos impo an causeso humanin-
ec iousdisease,especiallyinpoo andde elopingcoun ies(Jenkins
e al.,2013).Sincemea wasadded o hehumandie ,i caused he
eme gence o  zoono ic oodbo ne pa asi es om animal-de i ed
oodsamong hehumanpopula ionandconsequen ly,much esea ch
wo ldwidehas been ocusedon zoono ic oodbo nepa asi es.The
Wo ld Heal h O ganiza ion(WHO) epo edsomeimpo an mea -
and ish-bo ne pa asi es in 2002, including Anisakis spp., Capilla ia
philippinensis,Clono chis sinensis,Diphyllobo h iumspp.,Echinococcus
spp.,Fasciolaspp.,Fasciolopsis buski,Gna hos omaspp.,Opis ho chis
spp.,Sa cocys isspp.,Spi ome aspp.,Taeniaspp.,Toxoplasma gondii,
T ichinella spp., and blood lukes (Do ny, P ae , Decke s, & Gab iel,
2009). Se e al o he  soil- ansmi ed and wa e bo ne ood pa -
asi es ha e been epo ed and added o he p e ious lis  om he
WHO,suchasAsca is lumb icoides, C yp ospo idiumspp., En amoeba
spp.,Gia diaspp., Hymenolepis nana, Pa agonimusspp.,pen as omids
( ongue wo ms), S ongyloides s e co alis, and Toxoca a spp. (Jenkins
e al.,2013;Mu ell,2013;Si hi hawo ne al.,2006).In hei las up-
da einJuly2014, heFoodandAg icul u eO ganiza ion(FAO)and
heWHO epo eda“ op en”lis o  oodbo nepa asi eso g ea es 
globalconce n,whicha ec  heheal ho millionso peoplebyin ec -
ing issuesandcausingclinicalsymp oms(FAO,2014).The ankings
o  he “ op en” oodbo ne pa asi es by he FAO-WHO was based
on hepa asi ebu deninhumans.The“ op en” oodbo nepa asi es
wi hsameexamples omwhichsou cesmancanbein ec eda eas
ollows:
4
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ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
1. Taenia solium (po k apewo m): In po k
2. Echinococcus g anulosus(hyda idwo mo dog apewo m): ege a-
bles, ui s,ando he  oodin ec edwi h heeggso  hehyda id
wo mo handlingdogs
3. Echinococcus mul ilocula is (a ype o  apewo m): he same as E.
g anulosus
4. Toxoplasma gondii(p o ozoa):In hemea o small uminan s,po k,
bee ,and hei o gans,aswellasunpas eu ized milk andcheese
omgoa so con amina ed ege ablesando he  ood,soil,e c.
5. C yp ospo idiumspp.(p o ozoa):Inuncookedmea p oduc s,wa e ,
ui juice,andmilk
6. En amoeba his oly ica(p o ozoa):Inuncookedin ec edmea p od-
uc s,wa e ,andsexual ansmission
7. T ichinellaspp.(po kwo m):Inpo k,dogs, oxes,ho ses,wildboa s,
wal uses,andbi ds
8. Opis ho chiidae (T ema oda, amily o  la wo ms): In eshwa e 
ishes
9. Asca is lumb icoides (small in es inal oundwo ms): con amina ed
ood,wa e , ege ables,en i onmen
10. T ypanosoma c uzi(p o ozoa,Chagasdiseases):mainlyinsec  ec-
o -bo nedisease, bu  may be also om con amina ed ood and
d inks
These zoono ic oodbo ne pa asi es po en ially ep esen  a
c i icaldange  o humanheal hi in ec ed issueisconsumedun-
de cookedo  awand h ea en hesa e yo animal-de i ed oods
(Do nye al.,2009;Jenkinse al.,2013;Mu ell,2013;Si hi hawo n
e al.,2006).The e o e, hecon olo  oodbo nepa asi esisahigh
p io i y o  quali y assessmen  in slaugh e houses and ood com-
panies.On heo he hand,go e nmen s incu  less cos  om he
diagnosisandp e en iono pa asi e-in ec edanimal-de i ed oods
han om he ea men o pa asi icin ec ions.Thesimples o  he
di e en  ypeso p e en i eac ions o  hede ec iono  hezoo-
no icpa asi es omanimal-de i ed oodsisadi ec  isualinspec-
iono ananimalca cass.Al hough isualinspec iongi esagood
holis ice alua iono ca cassquali yand obus sa e yin o ma ion
o speci icpa asi es,i hasdisad an agessuchasimpossibili yin
de ec iono some o  hepa asi esin ec ings ages.I islabo  in-
ensi e, especially when di ec  mic oscopy is necessa y, and also
hassensi i i yandspeci ici y limi a ions(Do ny e al.,2009).The
de elopmen  o  molecula  biology echniques and medical engi-
nee ingdu ing he las  decadesallow he diagnosiso  oodbo ne
pa asi es obeconduc edbycheap,lesslabo in ensi e,and eliable
molecula -based echniques o  hein ec edsampleswi hanimalo 
humano igin,bu no  o  oods.
Some o  he “ op en” pa asi es such as Echinococcus spp.,
C yp ospo idiumspp.,E. his oly ica,A. lumb icoides,andT. c uzi a e
mainlywa e bo neo soilbo nepa asi es.In his e iew,ou main
ocus is on he majo  zoono ic oodbo ne pa asi es. We e alua e
hep esen inspec ions a uso animal-de i ed oodsandiden i y
con en ionalandad anceddiagnos icme hods ode ec zoono ic
oodbo nepa asi es ombo hhumanin ec ionsandanimal-de i ed
oods.
1.1 | Moni o ing and inspec ion
Themajo  eason o  hemoni o ingandinspec iono animal-de i ed
oods is o gua an ee ood sa e y (Be ends & Van Knapen, 1999;
Naugle,Hol ,Le ine,&Eckel,2005).Aslongasmanhasea enmea ,
somekind o e alua ion o sa e y and mea  quali y hasmos  likely
beenca iedou .Ea lycon olsys emsa ein eligious ex s,which
gi es ules o  he edibili y o  mea  (Eliasi & Dwye , 2002; Fa ouk,
2013).In hiscen u yinEu ope, heEu opeanCommissionhasim-
plemen eda egula o yp og am178/2002 oes ablish hegene al
p inciplesand equi emen so  oodlaws(F en zel,Men a h,Tomuzia,
B aeunig,&Appel,2013),andallo  heEUmembe s a esha ehad
hei ownmea  inspec ion sys emslongbe o e he Eu opean com-
monsys em.Fo example,inFinland, ichinellainspec ions a edin
1867,andinaddi ion oimpo edmea ,domes icanimalsa econ-
olledcu en ly o p esenceo  ichinellain ec ion(Suku a,Na eaho,
Mikkonen,Niemi,&Oi anen,2002).Thescien i icpanelsandcom-
mi eeso Eu opeanFoodSa e yAu ho i y(EFSA)alsoad ised he
p ocedu es o  ma e so  ood sa e y o Eu opeanmembe  s a es.
The mea  egula o y and inspec ion p og ams ( egula ion numbe s
853/2004and854/2004)we eapp o edby heEu opeanpa liamen 
in2004.Thesep og amswe ees ablished oo iciallyde e mine he
equi emen s o  he hygienic con ol o  consumable p oduc s o 
animal o igin o  human consump ion. They encompass all animal-
de i ed oods,includingmincedmea ,mechanicallysepa a edmea ,
li e bi al e mollusks, ishe y p oduc s, ogs’ legs, snails, ende ed
animal a sandg ea es, ea eds omachs,bladde s,in es ines,gela-
in,andcollagen.Theinspec ionp og amsha ebeenw i enbased
on heHACCP(Haza dAnalysisandC i icalCon olPoin )sys em o
e alua eallaspec so  hephysicalhaza ds,pa ho-physiologicalab-
no mali ies,andchemo-mic obiologicalcon amina iono mea du ing
slaugh e ing,cu ingandboning,ma king,aswellass o age, anspo 
andma u a ion, op e en  hein oduc iono unsani a ymea in he
human oodchain.Theseinspec ion ules we e includedinapack-
ageo measu esby heEu opeanCommissionin2013.Aso icialin-
spec o s, e e ina iansmus passaquali ica ionexamo ganizedbya
compe en au ho i y ope o ma alidinspec ion.Theexamencom-
passes communi y legisla ion on heal h, good hygiene and a ming
p ac ices,HACCPp inciples,epidemiology,and ansmissiblespongi-
o m encephali is (TSEs). Mo eo e , e e ina ian inspec o s should
ha ea leas 200hou so p ac ical ainingbe o e heya eallowed
owo kin he ield.Fishe y,poul y,andli es ockp oduc sshouldbe
decla ed ee omanypa asi icin ec ion oensu e ha  hesep od-
uc sa enon-haza dous o humanconsump ion.
Manyna ional oodcompaniesandsu eillance-basedsys ems o 
moni o ingandcon olling hequali yo slaugh e p ocessesandp o-
ducedmea exis .O all henume ous,p esen wo ldwideinspec ion
me hods, ou ha ebeenselec edanddesc ibedbelow:
1. Ne gal-Aba oi  is a compulso y egula o y sys em ha  was de-
signed by he F ench Minis y o  Ag icul u e and implemen ed
in se e al slaugh e houses (Dupuy e al., 2013). I  has been a
po en  mea  su eillance and inspec ion p ojec  in F ance since
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5
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
2006.This onlinesys em collec s demog aphic da a such as age,
sex, and b eed and heal h ela ed da a o  slaugh e ed ca le.
2. Ad anced echnologies ha e been de eloped du ing he pas 
decade o  hede ec iono hiddenzoono ic oodbo nepa asi es
in animal-de i ed oods du ing sa e y inspec ions (Elmas y,
Ba bin,Sun,&Allen,2012;Feng&Sun,2012)suchasnea -in a-
edhype spec alimaging o  he apidassessmen o po kmea 
quali y(Ba bin,Elmas y,Sun,&Allen,2012;Huang,Liu,&Ngadi,
2014).
3. In 1996, PulseNe  USA was es ablished by US Depa men  o 
Ag icul u e (USDA) and he Cen e  o  Disease Con ol and
P e en ion(CDC) ocon ol oodsa e y(Ransom&Kaplan,1998),
along wi h e e ina y inspec ion and labo a o y diagnos ic ech-
niques.Pulsed- ieldgelelec opho esis(PFGE)(amolecula sub yp-
ingme hod)hasbeenused o  hede ec iono  oodbo nebac e ial
in ec ions, such as Esche ichia coli O157:[H7] (STEC O157),
Salmonella en e ica, Lis e ia monocy ogenes, Shigella spp., and
Campylobac e  spp. (Ge ne -Smid  e al., 2006). P esen ly, 50 US
s a eandpublicheal hlabo a o ies(PHLs)and hoseinmanyo he 
coun ieswo ldwideha ebeenconnec edby hePulseNe su eil-
lance ne wo k o  oodbo ne in ec ions o sha e all genome se-
quencing in o ma ion (Box ud, Monson, S iles, & Besse , 2010),
whichcouldp o ideauniquemeans ocon olzoono ic oodbo ne
pa asi icin ec ionaswell.
4. Al hough, he eislimi ede idenceone ec i eaudi o ysys emsin
he slaugh e houses and mea  ma ke s o  low-income coun ies,
p ojec s ha e been pe o med by he In e na ional Li es ock
Resea chIns i u e(ILRI)inA icaandAsia ode ine hehaza dous
oodbo nepa asi es,whichcanbe ansmi ed h oughanimal-de-
i ed oods,suchasmea , ish,andc us aceans.In hosecoun ies,
oodbo ne pa asi es can be ansmi ed om in ec ed people o 
animalso we ma ke s,whe emanypeopledono complygo e n-
men al egula ions,andconsequen lyescape ome ec i eheal h
andsa e yaudi o ysys ems.I seems ha imp o ing heexis ing
audi o ysys emsmaybemo esuccess ul hana emp ing oimple-
men comple elynew egula ions(G ace,2015).
1.2 | Diagnosis o zoono ic oodbo ne pa asi es om
bo h human in ec ion and animal- de i ed oods
The con ol o  animal-de i ed oods o  he p esence o  zoono ic
oodbo nepa asi es is ahigh-p io i y o  he sa e yand quali y as-
sessmen inslaugh e housesand oodcompanies.Thede elopmen 
o molecula biology echniquesin helas decadeshasled o hegoal
ha  hediagnosiso zoono ic oodbo nepa asi esinanimal-de i ed
oodsbeconduc edbycheapand eliablemolecula -basedme hods
ins eado  hecon en ional, ime-consumingme hods.Fo example,
FIGURE1 Schema icdiag amo  ansmissionanddiagnosiso zoono ic oodbo nepa asi es.Bluea owsshow:(1)T ansmissiono pa asi es
oanimals,(2) ansmissiono pa asi es oanimal-de i ed oods,and(3) ansmissiono pa asi es omanimal-de i ed oods ohuman.Red
a owshows hepossibili yo diagnosiso zoono ic oodbo nepa asi esbydi ec mic oscopic,se ologic,andmolecula -basedme hods
6
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ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
based on Eu opean Communi y Regula ion No. 2075/2005, DNA
analysisisused o  heiden i ica iono T ichinellala aea  hespecies
le el ommusclesamples(Pozio,Rossi,&Dipa imen oDiMala ie
In e i ePa assi a ieEImmunomedia e,2008).Somelabo a o y ech-
niques ha  a eused odiagnose human in ec ions can alsobe ap-
plied o  he de ec iono pa asi esin oodanimals.To design new
molecula -based diagnos ic me hods o de ec  oodbo ne pa asi es,
weshouldunde s and hep esen s a uso diagnos icassays o each
pa asi e.In his e iew,weclassi ied hezoono ic oodbo nepa asi es
ombo hhumanin ec ionsand animal-de i ed oodsashelmin hs
(T ema oda, Ces oda, and Nema oda) and p o ozoans. Addi ionally,
we p esen ed he la es  p og ess in con en ional, se ologic, and
molecula  diagnos ic me hods o  de ec ion o  pa asi es om bo h
humanin ec ionandanimal-de i ed oods(Figu e1).Asumma yo 
hesediagnos icme hodsisshowninTable1.
2 | HELMINTHS
2.1 | T ema oda
App oxima elyahund edspecieso  oodbo ne ema odesin ec hu-
mans(F ied&Ab uzzi,2010;Keise ,Du hale ,&U zinge ,2010),and
someexamplesa ediscussedhe ein.
2.1.1 | Clono chis sinensis
Clono chis sinensis(alsoknownas heChineseo o ien alli e  luke)
isali e  luke ha causesclono chiasis(Tang,Huang,&Yu,2016).
Theli ecycleo  his ish-bo ne ema odeincludes heegg(p o-
ducedby headul helmin hsinde ini i ehos sinanaqua icen-
i onmen ); he mi acidium, spo ocys , edia, and ce ca ia ( hese
ou  s ages occu  in eshwa e  snails); and he me ace ca ia (in
eshwa e  ishandoccasionallyinsh imp).Humanscanbein ec ed
a e ea ingunde cooked eshwa e  isho sh imp.Theadul hel-
min hsa e ypicallylocalizedin hehumanli e ,bileduc ,andgall
bladde (Hong&Fang,2012).Thecha ac e is ichis opa hological
symp oms o  in ec ion include bile duc  epi helial p oli e a ion,
whichis ollowed bype iduc al ib osis(Choi, Han, Hong,& Lee,
2004).Addi ionally,edemais equen lyp esen in hebilia yepi-
helium.The e o e,his opa hologicalchangesa e hemajo clinical
ea u eso clono chiasis.Thispa asi eisconside edasacausa i e
agen o  li e and bileduc  cance  (cholangioca cinoma), and he
In e na ionalAgency o Resea chonCance hasclassi iedC. sin-
ensisasag oup1biologicalca cinogen(Bou a de al.,2009).The
maindiagnos icme hod o aC. sinensis in ec ion is he iden i ica-
ion o  pa asi e eggs in ecal, bile, and duodenal biopsy samples,
whichisconside ed hegolds anda d o  hediagnosiso human
clono chiasis (Nie e al., 2014). An ELISA-based de ec ion o  IgY
(eggyolkimmunoglobulin)agains  hecys einep o einaseo C. sin-
ensisde ec saci cula ingan igeninse umsampleso pa ien swi h
clono chiasis. The esul s om his IgY-based immunomagne ic
beadELISAsys em(IgY-IMB-ELISA)showedasensi i i yo 93.3%
incaseso se e ein ec ion(5,000 o9,999eggspe g amo  eces
(epg)),86.7%incaseso mode a ein ec ion(1,000–4,999epg),and
75.0%incaseso mildin ec ion(<1,000epg)o clono chiasis.As
ano he a emp  odesignanewsensi i eme hod o  hediagno-
siso clono chiasis,a eal- imePCRme hodhasbeenused ode-
ec  he in e nal ansc ibed space 2 sequence(ITS2) oms ool
samplesin ec edwi hC. sinensis(Kime al.,2009).Thesensi i i y
o  heassaywas100%,and h eeou o  he26samples ha ap-
pea edegg-nega i ebydi ec mic oscopicme hodwe e ound o
bePCR-posi i e.Inano he s udy,a eal- imePCRandhigh esolu-
ion mel ing (HRM) analysis we e used o  he speci ic de ec ion
and apididen i ica iono C. sinensis and Opis ho chis i e ini(Cai
e al.,2014).P ime s a ge ing hecy och omecoxidasesubuni 1
(cox1)genewe ehighlyspeci ic o  heseli e  lukes,wi hnoampli-
ica iono closely ela ed ema odes.Thisme hodhasade ec ion
limi below1pgo genomicDNAo 5eggspe g amo s ool,o 1
me ace ca ia o C. sinensis.In addi ion,C. sinensis and O. i e ini
we edi e en ia edby hei HRMpa e n.Aloop-media ediso he -
malampli ica ion(LAMP)wasused o  apidandsensi i ede ec ion
om hesou ceo in ec ionin he ish(Caie al.,2010).Thecox1
genewas a ge ed o diagnosisin hisme hod.Thesensi i i yo 
he me hod was de e mined as 10−8ng/μl o de ec iono genomic
DNAo C. sinensisme ace ca iae.The obus  esul so  heme hod
showed ha LAMPhas hepo en ial obeapplied o  hede ec ion
o humanclono chiasisaswell.Nex -gene a ionsequencing(NGS)
echniquesha e e olu ionizedmolecula -basedde ec iono pa a-
si icin ec ionsincludingclono chiasis.Clono ESTdbda abasehas
beenes ablishedas hecollec iono C. sinensisexp essedsequence
ags (ESTs) o  genomics s udies (Kim e al., 2014; Young e al.,
2010).Theseno el echniques ep esen  obus andcos e ec i e
choices o de ec iono ESTso C. sinensisinbiologicalspecimens.
A  he momen , only a human C. sinensis an ibody (IgG) ELISA
ki iscomme cially a ailable in hema ke  o  diagnosiso  esea ch
pu poses.
2.1.2 | Opis ho chis i e ini
Opis ho chis i e iniisali e  lukeanda ish-bo ne ema ode ha 
is hecausa i eagen o humanopis ho chiasis.Theli ecycleo  his
ema odeissimila  oC. sinensis,inwhicha eshwa e  ishac sas
anin e media eandhumansas heul ima ehos (S ipae al.,2007).
Humans a e in ec ed h ough he inges ion o  aw o  insu icien ly
cooked ish con aining ema ode la ae (me ace ca iae) (Wo asi h
e al.,2015).O. i e iniis hee iologicalagen o cholangioca cinoma
(ali e  cance sub ype) (S ipae al., 2007).The human immune e-
sponsemedia essomeo  hehepa obilia y ea u eso opis ho chia-
sissuchasch onicin lamma iona ound hebilia y eeandse e e
hype plasia o  he cholangiocy es (Glase , Gaudio, Mille , Al a o, &
Alpini,2009).
The ou inede ec ionme hod o la aein ishis heenzyma ic
diges iono in ec ed ish issue,sedimen a ion,anddi ec mic os-
copy echniques(S ipae al.,2007).Inhumanin ec ions, hep es-
en  gold s anda d o  he de ec ion o  O. i e ini is he o malin
e hyl-ace a econcen a ion(FECT)me hod o  s oolsamples and
|
7
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
TABLE1 Thediagnos icme hods o  hede ec iono  heselec edzoono ic oodbo nepa asi es ombo hin ec ionsand/o animal-
de i ed oods
Pa asi e Classi ica ion Con en ional me hods Se ologic me hods Molecula me hods
Clono chis sinensis T ema oda Gas oscopyandbiopsy
(Niee al.,2014)
ELISA(Niee al.,2014) Real- imePCR(Kime al.,2009)
HRM(Caie al.,2014)
LAMP(Caie al.,2010)
NGS(Kime al.,2014)
Opis ho chis i e ini T ema oda Mic oscopicassay
(Wo asi he al.,2015)
FECT(Wo asi he al.,
2015)
ELISA(Chaiya i e al.,
2011;Wo asi he al.,
2015)
OV-ESassay(Wo asi h
e al.,2015)
PCR(Pa a hie al.,2008)
LAMP(A ima sue al.,2012,2015)
NGS(Younge al.,2010)
Pa agonimusspp. T ema oda Mic oscopicassay(Slesak
e al.,2011)
Wes e nblo (Fische 
e al.,2013)
PCR(In apane al.,2012)
NGS(McNul ye al.,2014)
Diphyllobo h iumspp. Ces oda Mic oscopicassay(Waki
e al.,1986)
Medicalimaging(Waki
e al.,1986)
BloodVi B12le el
(Jimenez,Rod iguez,
Gamboa,Rod iguez,&
Ga cia,2012)
NAaPCR(Chene al.,2014;Guoe al.,2012)
Taeniaspp. Ces oda Mic oscopicassay
(May ae al.,2008)
ELISA(Abusei e al.,
2007;May ae al.,2008)
EITB(Decke se al.,2009;
Liue al.,2017;
Pa hake al.,1994)
PCR(Abusei e al.,2006;Chiesae al.,2010)
PCR-RFLP(Rod iguez-Hidalgoe al.,2002)
Nes edPCR(May ae al.,2008)
Anisakis simplex Nema oda Gas oscopy(A men ia
e al.,2006;Gamboa
e al.,2012)
His opa hology
(A men iae al.,2006;
Gamboae al.,2012)
RIA(A men iae al.,2006;
Gamboae al.,2012)
ELISA(Cuella e al.,2012)
NAa
Gna hos omaspp. Nema oda Eosinophilcoun 
(G ae -Teixei ae al.,
2009;Kube ski,1979)
Wes e nblo (G ae -
Teixei ae al.,2009)
Immunoblo (In apan
e al.,2010;Janwan
e al.,2013)
ELISA(G ae -Teixei a
e al.,2009)
Two-dimensionalPAGE
(G ae -Teixei ae al.,
2009)
NAa
T ichinellaspp.bNema oda Mic oscopicassay
(Nockle ,Pozio,Voig ,&
Heid ich,2000)
ELISA(Gamblee al.,
2000;Ko inko ae al.,
2008;VanDee al.,
2012)
IFA(Zhange al.,2013)
PCR(Lie al.,2010;Line al.,2013;
Tan awa pane al.,2012;
Zol agha iEmamehe al.,2015)
RT-PCR(Zhange al.,2013)
Real- imePCR(Guen he e al.,2008;Lin
e al.,2013;Tan awa pane al.,2012)
LAMP(Line al.,2013;Tan awa pane al.,
2012)
Mul iplexPCR(Blagae al.,2009;Bo suk
e al.,2003;Za lengae al.,1999)
RLB(Rombou e al.,2001)
Sa cocys isspp.cP o ozoa Mic oscopicassay
(Bunya a eje al.,
2007;Hamidineja 
e al.,2013;Nou ollahi
Fa de al.,2009)
ELISA(Habeebe al.,
1996;Ten e ,1987)
IFAT(Habeebe al.,1996;
Ten e ,1987)
PCR(Mo ee al.,2014)
Real- imePCR(Mo ee al.,2014)
RT-PCR(Vangeele al.,2007)
(Con inued)

8
|
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
heiden i ica iono pa asi eeggsbyadi ec mic oscopicme hod
(Wo asi he al.,2015).
ELISA has been used o  measu emen  o  O. i e ini exc e o y-
sec e o yan igens(OV-ESAgs)inu ine(u ineOV-ESassay)in hese-
ologiciden i ica iono opis ho chiasis.TheOV-ESassayhadahighe 
sensi i i y(81%)andspeci ici y(70%) han heFECTgolds anda d o 
hediagnosiso opis ho chiasisinu ine(Wo asi he al.,2015).I has
beenshown ha  hean ibodies(IgAandIgG)agains O. i e ini a e
p esen  in pa ien ’s sali a as well as se um (Chaiya i , Si hi hawo n,
Thuwaji ,&Yong ani ,2011).Simila app oachwi hsomemodi ica-
ionsmaybeu ilized o se odiagnos icso O. i e iniinmea ex ac s.
Fo  a molecula  diagnosis o  his in ec ion, genomic DNA was
isola ed om adul  and la al ema odes. Genomic egions we e
andomlyselec ed o aPCR-baseddiagnosisme hod.Theassaywas
Opis ho chis-speci icwi hno alse-posi i ec oss- eac ionwi ho he 
ish-in ec ing ema odesincludingC. sinensis.Thesensi i i yo  he
me hod was 10−12ngo pa asi eDNA.Ano he de ec ion echnique
ha hasbeenusedisLAMP,acolo ime ic-basedme hod(A ima su,
Kaewkes, Laha, & S ipa, 2015). In his me hod, genomic DNA was
isola ed omanadul  ema ode.Mic osa elli e2(OVMS2)andmi-
c osa elli e6(OVMS6)we eselec edas he a ge s o designing he
LAMP p ime s.The espec i e speci ici y and sensi i i yo  he es 
was61.5%and100%.Thesensi i i ywasclea lyhighe  han ha o 
hemic oscopiceggexamina ion.Using hehyd oxyl naph holblue
(HNB)-LAMP, mic osa elli e 6 (OVMS6) could speci ically ampli y a
a ge si e om heO. i e inigenome,andno alse-posi i e esul s
ha ebeeniden i ied omo he pa asi es,suchasO. elineus, C. sin-
ensis, Cen oces us caninus, Fasciola gigan ica, Haplo chis aichui, and
Haplo choodesspp.Inaddi ion, heLAMP echniquehasbeene al-
ua ed o s oolsamples,and hesensi i i yo  heassaywas100%.
Addi ionally,38.5%o mic oscopicallynega i esampleswe eLAMP-
posi i e(A ima su,Kaewkes,Laha,Hong,&S ipa,2012).Also,NGS
me hod was used o in silico analysis o  >50,000 sequences o  O.
i e inigenome,whichcanbeemployed o  u u ediagnos ics udies
(Younge al.,2010).
A  hemomen ,onlyanELISAki (Vi o es An i-Opis ho chiski )
iscomme ciallya ailablein hema ke  ode ec O. elineus.
2.1.3 | Pa agonimus spp.
Pa agonimus spp. is a c us acean-bo ne la wo m and a lung luke
ha is hecausa i eagen o pa agonimiasisinhumans(Diaz,2013).
Emb yona ed eggs o  Pa agonimus spp. a e con e ed o mi acidia,
which in ec  snails, he i s  in e media e hos . Then, he ce ca iae
eme ge om hesnailsandin ec c us aceanssuchasc abso c ay-
ish, hesecondin e media ehos .Finally,humansmaybecomein-
ec ed as he de ini i e hos  a e  inges ing insu icien ly cooked
in ec ed c us aceans. The me ace ca iae subsequen ly pene a e
he duodenum, he diaph agm, and he pa ie al pleu a and ma u e
wi hin hepleu alspaceo  helung.Asa esul , hepa asi eeggsa e
coughedupasbloodyspu umo swallowedandla e exc e edin he
eces.Theclinical ea u eso pa agonimiasisappea be ween woand
16 weeks pos  in ec ion and include e e , cough, hemop ysis, and
pe iphe aleosinophilia.
Cu en ly,diagnosiso pa agonimiasisispe o medbymic oscopic
eggexamina ionins oolo pleu al luidsamples(Slesake al.,2011).
The gold s anda d o  he de ec ion o  Pa agonimus spp. is he de-
ec iono a leas onepa asi eegginanysampleby h eedi e en 
me hods, includingwe  ilm (WF), Ziehl-Neelsen s ain (ZNS), and a
o malin-e he concen a ion echnique(FECT).Awes e nblo assay
hasbeendesigned ode ec P. kellico i and P. wes e mani in ec ions
o  hese ologicdiagnosiso pa agonimiasis(Fische e al.,2013).This
me hoddependson heiden i ica iono  heESAgso  hepa asi e.
Fou eenp o einswi hamolecula masso 4 o62kDawe ede ec ed
byse uman ibodies ompa ien swi haP. kellico i o P. wes e mani
in ec ion.Th eepolypep ideso 21,23,and34kDawe e ecognized
byall11se a omdemons a edP. kellico icases.Inaddi ion,aPCR-
baseddiagnosisme hodwasdesigned o  hemolecula de ec iono 
pa agonimiasis(In apane al.,2012).In hisassay, hegenomicDNA
wasisola ed om heeggsin hepa ien spu umob aineddu inga
b onchoscopy.Thep ime swe edesigned o  he ibosomalITS2se-
quence,whichisiden icalinbo hP. pseudohe e o emus and P. he e o-
emus,andaspeci ic egiono  heP. pseudohe e o emus cox1gene.
Sequencingo  hePCRp oduc sshoweda99%–100%and98%–99%
iden i y o  heITS2 and cox1genes, espec i ely.
Pa asi e Classi ica ion Con en ional me hods Se ologic me hods Molecula me hods
Toxoplasma gondiidP o ozoa Mic oscopicassay(Van
DeVene al.,1991)
Sabin-Feldmandye es 
(Udonsome al.,2010)
ELISA(Chene al.,2008;
Wange al.,2011;
Wa nekulasu iyae al.,
1998)
IFA(Baya ie al.,2012)
ICS(Wange al.,2011)
MC-PCR(A oussie al.,2015)
Real- imePCR(Jau eguie al.,2001)
NGS(Chenge al.,2015)
aNo de ined.
bP o eomicme hodsha ealsobeenconside edaso he diagnos icme hods o  hede ec iono  ichinellosis(Wange al.,2014).
cAnewapp oachanddiagnosisme hod ode ec  oxininin ec ed issuesshoweda15-kDap o ein omS. aye icys s,whichwashomologous o he
ac in-depolyme izing ac o o T. gondii and Eime ia enella(Kama ae al.,2014).
dAT. gondiiin ec ioncanbeiden i iedbyo he me hodssuchasinocula ioninmice, issuecul u e,andahyb idiza ionassay(VanDeVene al.,1991).
TABLE1 (Con inued)
|
9
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
Mos  ecen ly,aNGSme hodhasbeenused oiden i y he an-
sc ip sandp edic  hep o einsexp essedinadul Pa agonimusspp.
(McNul y e al., 2014). These no el echniques may p o ide use ul
ools o diagnos icpu posesin he u u e.
A  hemomen ,onlyP. wes e maniIgGandIgMELISAki sa ea ail-
ablein hema ke  o diagnosiso  esea chpu poses.
2.2 | Ces oda
2.2.1 | Diphyllobo h ium spp.
Diphyllobo h iosisisazoono ic ish-bo nepa asi icin ec iono  ish
and mammals caused by ish apewo ms belonging o he genus
Diphyllobo h iumspp.,includingD. la um and D. nihonkaiense. The co-
acidia o D. la umha ched omeggsin hewa e a einges edbyc us-
aceansinwa e , he i s in e media ehos (Scholz,Ga cia,Kuch a,
&Wich ,2009).Theinges edpa asi esa econ e ed op oce coid
la aein hebodyca i yo  hec us aceans.Thein ec edc us aceans
a einges ed by eshwa e  ishes, he secondin e media e hos ,in
which hep oce coidla aede elopin ople oce coids.Thepa asi e
li ecyclemaybecomple edinhumans, heul ima ehos when hey
consume awo unde cooked ish.Thecommonsymp omso diphyl-
lobo h iosisincludedia heao cons ipa ion,abdominalpain,andpe -
niciousanemiadue o heexcessi econsump iono  i aminB12by
hehelmin h(Waki,Oi,Takahashi,Nakabayashi,&Ki ani,1986).
The ou inediagnos icme hod o diphyllobo h iosisisiden i ica-
iono  heeggsandp oglo idsegmen s in s ool samples bydi ec 
mic oscopicexamina ion(Wakie al.,1986).Ano he di ec iden i i-
ca ionme hodis adiologicalimagingusinganin aduodenalinjec ion
o dia izoicacid(Hypaqueo Gas og a in) o  he isualiza iono  he
a achmen  o  Diphyllobo h ium o he duodenum. Addi ionally, an
e alua iono  heblood i aminB12le elcouldbeano he nonspeci ic
me hod o  hediagnosiso diphyllobo h iosis.
Because o  he mo phologic simila i ies be ween di e en 
Diphyllobo h ium apewo ms, species-speci ic diagnosis is challeng-
ing(Chene al.,2014).Mo e ecen s udiesha ep elimina ilyiden i-
ied woDiphyllobo h iumspecimensbycon en ionalmo phological
me hods, and he iden i y o  specieswas hen con i med by a mo-
lecula app oachin ol ing he18S DNApa ialsequence,comple e
sequenceso ITSsand5.8S DNA,pa ialsequenceso mi ochond ial
cox1,and hemi ochond ialNADHdehyd ogenasesubuni 5(nad5)
(Guoe al.,2012).Toda e,no epo so se ologico cop oan igenic
diagnos icso diphyllobo h iosisexis .
A p esen , he eisnocomme cialde ec ionki in hema ke  o 
diagnosiso diphyllobo h iosis.
2.2.2 | Taenia spp.
Taeniaspp.a eimpo an  apewo mpa asi esand hecausa i eagen s
o zoono ic aeniasisandcys ice cosisinhumans.Themos impo an 
zoono ic oodbo nespecies ansmi ed omanimal-de i ed oods o
humans a e T. asia ica(anAsian apewo m), T. sagina a(abee  ape-
wo m),andT. solium(apo k apewo m)(Galan-Puchades&Fuen es,
2013).Theeggso p oglo idso  hepa asi een e  heen i onmen 
ia he eceso in ec edhumans.Theeggso p oglo idsa e ansmi -
ed oca le(T. sagina a)andpigs(T. solium, T. asia ica)asin e media e
hos sby ege a ion. Oncosphe esa eha ched om heeggsin he
in es inalwallso  heca leandpigs.Theoncosphe es u he de elop
in ocys ice ciin hemuscleso  hein e media ehos .Finally,humans
( hede ini i ehos )canbecomein ec edbyinges ing awo uncooked
in ec ed mea . The swallowed la ae a ach o he small in es ine
mucosaby hehead(scolex) and o mp oglo ids.A app oxima ely
2mon hspos in ec ion, hep oglo idsde achanda eexc e edin he
eces.Thesymp omso  aeniasisa eabdominalpain,dia hea,dis en-
sion,andnausea,bu some imesnosymp omsoccu (Ga cia,Gonzalez,
E ans, & Gilman, 2003; Ga cia, Gonzalez, & Gilman, 2003; Geysen
e al.,2007).Humanscanalsoac asanin e media ehos  o T. solium,
whencys ice cia e o medino gansincluding heb ain.
Visualmea inspec ionhasbeen hemos popula me hod ocon-
ol he ansmissiono Taeniainhumans,e en houghi lacksbo hac-
cu acyandsensi i i y(Galan-Puchades&Fuen es,2013).A  heleas ,
he eisa need o inc ease he a ea and numbe o p edic ion si es
obse eddu inginspec ion oimp o e hemea inspec ionp ocedu e
(Wanzalae al.,2003).Di ec mic oscopic(Je ie al.,2004)andELISA
(Allan,Wilkins,Tsang,&C aig,2003)assaysha ebeenconside edas
golds anda ds o  hediagnosiso  aeniasisinhumans.Anenzyme-
linkedimmunoelec o ans e blo (EITB)wasde elopedusingsoluble
T. soliumme aces odean igen(Pa hak,Allan,E s eld,&C aig,1994) o 
hese odiagnosiso  aeniasis.The espec i esensi i i yandspeci ici y
we e90%and100%,bu we e70%and73% o  heELISA.Twoan i-
gens,HP6-2(amajo p o ein)andTs45S-10(anan igenhomologous o
he45San igeno T. o is)we eusedinadi e en se odiagnosisme hod
(Abusei ,Kuhne,Schniede ,Klein,&Epe,2007).Asensi i i yo 100%
anda98%speci ici y o  heHP6-2ELISAwas ound o se umsam-
ples.Mea juicesampleshadasligh lylowe speci ici yo 95%.Also,
T. soliumcAMP-dependen p o einkinase egula o ysubuni (TsPKA- )
asanESan igenwasapplied o se odiagnosiso po cinecys ice cosis
(Liue al.,2017).Thedesignedindi ec ELISAshowedgoodsensi i i y
andspeci ici y(93.88%and96.40%, espec i ely)inse ode ec iono 
pigsT. soliumme aces odes,andnoc oss- eac ionwasobse edwi h
o he Taeniaspecies,suchasT. hyda igena.Inaddi ion,nanobodiesas
hecamelid-de i edsingle-domainan ibodieswe eused o se odiag-
nosiso cys ice cosiso T. solium(Decke se al.,2009).Al hough, he
de elopedsandwichELISAshowednoc oss- eac ionwi h heo he 
specieso TaeniaincludingT. hyda igena, T. sagina a, and T. c assiceps,
he esul s e ealed ha  hisme hodneeds u he  alida ion oim-
p o e hesensi i i y.Cys swe ecollec ed o mslaugh e edanimals
o  hemolecula diagnosiso  aeniasis,andDNAwasisola ed om
hem(Abusei ,Epe,Schniede ,Klein,&Kuhne,2006).Twop ime se s
o HDP-1andHDP-2we edesigned o agenomicDNA agmen .
Asa esul ,HDP-1p ime scouldde ec 200 go DNAo T. sagina a
and100pgo DNAo Cys ice cus bo is(cys ice cuso la als ageo 
T. sagina a),whe easHDP-2couldde ec 1pgo DNAo T. sagina a
and1ngo DNAo C. bo is.Inano he PCR-baseddiagnosisme hod,
hemi ochond ialcox1genewasused odesignap ime (Chiesae al.,
2010).Using his me hod, 94.7%o  hesamples (162/171)showed
10
|
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
aeniain ec ion,andi wasp oposed ha  hecox1genemigh bea
sui able a ge  o  hemolecula diagnosiso  aeniasis.Mo eo e ,PCR-
RFLPhasbeenconside edasano he molecula diagnos icme hodo 
aeniasis,especially odi e en ia ebe weenT. sagina a and T. solium
p oglo ids.In hisme hod,PCRwas ollowedby ea men wi h he
es ic ion enzyme Ddel (Rod iguez-Hidalgo, Geysen, Beni ez-O iz,
Gee s,&B and ,2002).Anes edPCRme hodhasalsobeendesigned
o he de ec ion o a T. soliumoncosphe e-speci icp o ein, heTso31
gene.Thisme hoddidno c oss- eac wi hT. sagina ao o he pa a-
si es(May ae al.,2008).
A p esen ,onlyanELISAki iscomme ciallya ailablein hema -
ke  o  diagnosis o  p oduced IgG agains  cys ice ci o  T. solium in
human se um.
2.3 | Nema oda
2.3.1 | Anisakis simplex
The nema ode Anisakis simplexis hecausa i eagen o anisakiasis,
whichmaybecon ac ed omeggsin hewa e exc e edbyin ec ed
ma ine mammals. La ae ha ch om he eggs and become ee-
swimming.The la ae a einges edby c us aceans (anin e media e
hos ),and hein ec edc us aceansa eea enby ishes(ano he in e -
media ehos ),inwhich hela aemig a e o hemuscle issue.The
la aea ealso ans e ed oo he  ishesandsquids iap eda ion.
Thela aea e ansmi ed oma inemammalsandhumans( hede-
ini i ehos s) ia heinges iono in ec ed ishandde elopin oadul 
helmin hs. The mos  common symp oms o  human anisakiasis a e
gas oin es inalp oblems,includingeosinophilicin es inalphlegmon,
acu e abdominal pain, and alle gic eac ions (Audicana & Kennedy,
2008;Mo eno-Ancilloe al.,1997).
Thecu en me hod o  hediagnosiso anisakiasisisbasedongas-
oscopyand isualinspec iono  hela aeo ahis opa hologyanal-
ysiso abiopsyo in ec ed issue(Gamboae al.,2012).Thepa asi e
induces hep oduc iono immunoglobulinE(IgE)inin ec edhuman
blood.De e mina iono  hean ibodyconcen a ionbyIgEimmuno-
blo ing,a adioimmunoassay(RIA),a adioalle goso ben  es (RAST),
anenzyme-linked immunoso ben assay (ELISA),andan immuno lu-
o escen an ibodyassay(IFA)hasbeenex ensi elyused(Dominguez
O egae al.,2000;Sakana ie al.,1988).Inaddi ion, hep oduc ion
o  ecombinan alle gensby he pa asi e,suchasAni s1 and Ani s7,
and hei useinaskinp ick es ha eshown ha Ani s1 and Ani s7
could, espec i ely,de ec 82.1%and92.9%o gas o-alle gicanisaki-
asiscases(Cuella e al.,2012).Inaddi ion, ecombinan Ani s1 and Ani
s7we eusedin hep oduc iono ahighlysensi i eELISAki  o  he
se ologicde ec iono IgEinhumananisakiasis(Cuella e al.,2012).
Now,a  hep esen momen , he eisnocomme cialde ec ionki 
in hema ke  o diagnosiso anisakiasis.
2.3.2 | Gna hos oma spp.
Pa asi ic nema odes Gna hos oma spp. a e he causa i e agen s o 
gna hos omiasis.Humanexposu e o hispa asi eishighlydependen 
on he inges ion o  unde cooked mea , including sh imp and ish.
Felinesandcaninesa e hena u alde ini i ehos s o G. spinige um,
andpigsa e hede ini i ehos  o G. hispidum.Addi ionally,humans
ac asade ini i ehos .Unemb yona edeggsa e ansmi ed o he
wa e  ia he eceso in ec ed elines,canines,andpigs.Theeggsbe-
comeemb yona edandha chin hewa e ,and hela aea e eleased
om heeggs.Thela aea einges edbycopepods( he i s in e -
media ehos )andde elop o henex la als age.A e inges iono 
hecopepodsby ogsand ishes( hesecondin e media ehos s), he
L2la aede elopedin oL3la ae.Finally, hein ec edsecondin e -
media ehos sa einges edby hede ini i ehos s(ma inep eda o 
bi ds,canines, elines,andhumans),and hein ec ionis ansmi ed o
hem.Theclinical ea u eso gna hos omiasisinclude a iouscu ane-
ous,neu ological,ocula ,and isce alsymp oms(He man&Chiodini,
2009).
Thisdiseasemayincludeeosinophilicmeningoencephali is, hedi-
agnosis o whichisbasedon heiden i ica iono eosinophilsin he
ce eb ospinal luid(CSF)(G ae -Teixei a,daSil a,&Yoshimu a,2009;
Kube ski,1979).Theeosinophilcoun shouldbehighe  han10eosin-
ophilspe mlo 10%o  he o alCSFleukocy ecoun .Awes e nblo 
wi hpu i iedcys ice cusglycop o einan igenso Gna hos omaspp.is
hegolds anda d o  hediagnosiso gna hos omiasis(G ae -Teixei a
e al., 2009).An immunoblo ing analysis has been designed as he
golds anda dwi h100%sensi i i yandspeci ici y o  hede ec iono 
speci icIgGagains  hean igeniccomponen so G. spinige um(In apan
e al.,2010).Animmunoblo ingassayde ec edan igenicbandswi h
molecula masses anging om21 o>110-kDa.The21-and24-kDa
bandswe ede e mined obe polypep idesuse ul o  he diagnosis
o neu ogna hos omiasis.Inano he immunoblo analysis,speci icIgG
an ibodieswe eiden i iedagains aG. spinige umc udela alex ac 
and a ecombinan  ma ix me allop o einase ( MMP) p o ein. The
speci ici yandsensi i i y o bo han igenicsampleswe e100%,and
i wassugges ed ha  hean i-MMPIgGan ibodycouldbeusedasan
al e na i ediagnos icme hod(Janwane al.,2013).Se e alo he im-
munological echniquesha ebeendesigned,suchasanELISA o  he
de ec iono IgGan ibodiesanda wo-dimensionalPAGEme hod o 
heiden i ica iono se uman igens.Nonea ea ailableascomme cial
ki son hema ke (G ae -Teixei ae al.,2009).
A  hemomen , he eisnocomme cialde ec ionki in hema ke 
o diagnosiso gna hos omiasis.
2.3.3 | T ichinella spp.
T ichinellaspp.a e hecausa i eagen so azoono ichelmin hic ich-
inellosis.O  hemainsou ceso T ichinellaspp.(includingmammals,
bi ds,and ep iles(Albane al.,2011)), hemos impo an sou ceo 
humanin ec ionwo ldwideis hedomes icpig, whe eas ho se and
wildboa mea ha eplayedasigni ican  oledu ingou b eaksin he
pas  h eedecadesinEu ope(Go s ein,Pozio,&Nockle ,2009).
The la ae o  he pa asi e a e loca ed in he s ia ed muscles
(Clausene al.,1996;Go s eine al.,2009;Pozio,2007).Animalsand
humansbecomein ec eda e  heinges iono in ec edmea .Thela -
aea e eleased om hemusclein hesmallin es ine,whe e hey
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11
ZOLFAGHARI EMAMEH E AL.
o madul maleand emalenema odes ha  ep oducein hein es inal
mucosa.Thenewbo nla aemig a e h ough hein es inalwallin o
helympha icand bloodci cula ion and inally o hes ia edmus-
cles,whe e hey o mcys s.T ichinellosisisdi idedin oanin es inal
andmuscula phase(F osche ,Gullo a,Saa ho ,&Tackmann,1988;
Go s eine al.,2009;Kuma ,Pozio,deBo chg a e,Mo elmans,&de
Meu ichy,1990).Thela aesu i einmusclenu secells o yea s(up
o40yea sinhumansando e 20yea s, o example,inpola bea s).
Thela aeo T ichinellaand hei me aboli esinduce heoccu ence
o someimmunological,pa hological,andme abolicdiso de s,suchas
gas oen e i is(abdominalpainanddia hea),du ing heacu ephase
o  hein ec ion(Go s eine al.,2009),anddea hsha ee enbeen
epo ed(Dupouy-Came ,2002).
O  12 di e en  gene ically de ec ed T ichinella spp., T ichinella
spi alisis hemos commonspeciesindomes icandwildswineand
isalso hemajo e iologicalagen  ha causes heb oadglobaldis-
ibu iono  ichinellosisinhumans(Pozio&Da winMu ell,2006).
T ichinellosiscanbediagnosedbyse e alme hods.In heslaugh e -
house, hea i icialdiges iono mea usingamagne ics i e com-
bined wi h mic oscopy is he p e e ed diagnos ic me hod (Alban
e al.,2011;VanDe Giessene al.,2013).Al hough hesensi i i y
o  hisde ec ionassayis40% o less hanonela ape 100g ams
o in ec edmea ,i is100% o mo e hanonela ape 100g ams
o in ec edmea .T ichinellacanalsobediagnosedbyse e alo he 
me hods,someo whichmigh o e  easonableop ions o hecu -
en me hods o mea inspec ion.De ec iono an i-T ichinella im-
munoglobulinG(IgG)inanimalse umo de ec iono  hepa asi e
inmea  juiceby o he assayssuchas ELISA (Gamble e al.,2000;
Ko inko a,Ko a cik,Pa licko a,S oboda,&Koudela,2008;Wang
e al.,2017),p o eomics(Wang, Cui,Hu,Liu,&Wang,2014),and
molecula me hodsincludingPCR, eal- imePCR,LAMP(Line al.,
2013;Tan awa pane al.,2012),and e e selineblo hyb idiza ion
(RLB)(Rombou ,Bosch,& ande Giessen,2001)canshow ha an
animalisin ec edwi hT ichinella.O he me hodssuchasmul iplex
PCRha e ocusedon hede ec iono no elmolecula ma ke s o
di e en ia e T ichinellaspp.because hecon en ionalme hodsha e
limi a ions ha includelabo -in ensi eness, henecessi y o ahigh-
le elo expe isewi hdi ec mic oscopicdiagnosis,andhighcos s
due olabo  equi emen s.Po en ialmolecula ma ke sincludeITS1
and ITS2(Line al.,2013;Za lenga,Chu e,Ma in,&Kapel,1999),
hemi ochond ialcox3(VanDee al.,2012),and heaminopep idase
(TsAP)(Zhang,Wang,Li,&Cui,2013)genes, hemi ochond ialla ge
subuni  ibosomalRNA( nL)(Blagae al.,2009;Bo suk,Moskwa,
Pas usiak, & Cabaj, 2003; Guen he  e al., 2008; Li e al., 2011),
hemi ochond ialsmallsubuni  ibosomalRNA( nS)(Blagae al.,
2009), heDNAsequenceo  he5S RNAin e genicspace  egions
(Rombou  e al., 2001), and mig a o y DNA om T ichinella la ae
(Li,Wang,&Cui,2010).Ane ec i es a egy o  hespeci icde ec-
iono  ichinellosisis heiden i ica iono agenomico p o eomic
de e minan absen in hehos genomeo p o eome(Duplessis&
Moineau, 2001). In a ecen ly designed molecula  me hod o  he
iden i ica ion o T ichinella spp., he β-ca bonic anhyd ase (β-CA)
genome sequence om T. spi alis was used o  he PCR-based
de ec iono  ichinellosis(Zol agha iEmameh,Kuuslah i,Na eaho,
Suku a,&Pa kkila,2015).Thisme hodhadno alse-posi i e eac-
ionwi ho he  pa asi es,includingT. gondii, T. ca i, and Pa asca is
equo um.Addi ionally,i wassugges ed ha  heβ-CAgenomicse-
quence a ge edbyPCRcouldbea eliablegenus-speci icme hod
o  iden i ica ion o  he ichinella in ec ion o  mea  in slaugh e -
housesand he oodindus y.
A p esen , he ea e wo ypeso se ologicassays o diagnosiso 
ichinellosis.Thehuman ichinellaIgGELISAand ichinellaan igen
es ki s.
2.4 | P o ozoa
2.4.1 | Sa cocys is spp.
Sa cocys isspp. a e pa asi ic p o ozoa and he causa i eagen s o 
zoono ic sa cocys osis in humans. The axonomy o  Sa cocys is is
de elopingwi hmanyspeciesin hegenus;189speciesha ebeen
lis edin1998(Poulsen&S ens old,2014).Theli ecycleo some
specieshasbeen ullydesc ibedwi hknownin e media eandme-
dia ehos s,whileknowledgeo o he sismo e agmen a y(Faye ,
Esposi o,&Dubey,2015).Manisknown obede ini i ehos only
o  woSa cocys isspecies,S. hominis and S. suihominis,bu hasalso
epo ed o be (acciden al) in e media e hos  o  se e al uniden i-
iedSa cocys isspp.Sa cocys isspeciescanin ec ab oad a ie yo 
animalsincludingdomes icmammals(sheep,ca le,ho ses,pigs,ca s,
anddogs),wildmammals(dee ),andbi ds(chickensandducks).In he
li ecycleo sa cocys osis,asexualphaseoccu sin hein es ineo 
hede ini i ehos .Thespo ocys sandhumanoocys so Sa cocys is
a e sp ead o he en i onmen  ia he eces. The spo ocys s and
oocys sa e ansmi ed oin e media ehos sa e  heinges iono 
con amina edg ass.Thespo ocys sa e up u ed,and hespo ozo-
i esa e eleasedandin ec  heendo helialcellso blood esselsand
unde goade elopmen s ageknownasschizogony.Me ozoi esa e
eleased omschizon s, ansmi ed omusclecellso o he o gans,
and de elop in o cys s wi h b adyzoi es. The ea e , he sa cocys-
osiscanbe ansmi ed o hede ini i ehos a e  heinges iono 
awo insu icien lycookedmea .Humanscanac asei he anin e -
media ehos wi hsa cocys sinskele almuscleand/o o he o gans
likehea ,li e ,lung, e ina,andkidneyo asade ini i ehos when
he pa asi es occu  in he in es ine (Dubey e al., 2015). The gen-
e alsymp omso sa cocys osisdependonwhich oleoccu sin he
human,bu canincludemyosi is, e e ,abdominalpain,dis ension,
eosinophilia,andwa e ydia heas a ing a app oxima ely1week
pos  in ec ion (Bunya a ej, Unpunyo, & Pong ippan, 2007; Faye ,
2004).
Visual inspec ion o  iden i ica ion o  mac oscopic cys s o 
Sa cocys isspp.in he ongue,esophagus,andhea so animalsis
hep e e edme hod o de ec iono sa cocys osisinanimalca -
casses (Bi encou  e al., 2016). Some species p oduce only mi-
c oscopiccys s ha canno beobse edby isualinspec ion.One
s udyusedadi ec me hod o  hediagnosiso sa cocys osisbased
on a biopsy om in ec ed mea  and a mic oscopic examina ion