Surveillance and diagnosis of zoonotic foodborne parasites

Food Sci Nu . 2018;6:3–17.  | 3 www. oodscience-nu i ion.com Recei ed:19June2017 | Re ised:23Augus 2017 | Accep ed:25Augus 2017 DOI:10.1002/ sn3.530 REVIEW Su eillance and diagnosis o zoono ic oodbo ne pa asi es Reza Zol agha i Emameh1 | Sami Pu monen2 | An i Suku a3 | Seppo Pa kkila2,4 Thisisanopenaccessa icleunde  he e mso  heC ea i eCommonsA ibu ionLicense,whichpe mi suse,dis ibu ionand ep oduc ioninanymedium, p o ided heo iginalwo kisp ope lyci ed. ©2017TheAu ho s.Food Science & Nu i ionpublishedbyWileyPe iodicals,Inc. 1Depa men o Ene gyandEn i onmen al Bio echnology,Di isiono Indus ial& En i onmen alBio echnology,Na ional Ins i u eo Gene icEnginee ingand Bio echnology(NIGEB),Teh an,I an 2Facul yo MedicineandLi eSciences, Uni e si yo Tampe e,Tampe e,Finland 3Depa men o Ve e ina yBiosciences,Facul y o Ve e ina yMedicine,Uni e si yo Helsinki, Helsinki,Finland 4FimlabLabo a o iesL dandTampe e Uni e si yHospi al,Tampe e,Finland Co espondence RezaZol agha iEmameh,Depa men o  Ene gyandEn i onmen alBio echnology, Di isiono Indus ial&En i onmen al Bio echnology,Na ionalIns i u eo Gene ic Enginee ingandBio echnology(NIGEB), Teh an,I an. Email:zol [email p o ec ed] Funding in o ma ion Na ionalIns i u eo Gene icEnginee ingand Bio echnology(NIGEB)o IslamicRepublico  I an;Academyo Finland;Tekes;Sig idJuselius Founda ion;JaneandAa osE kkoFounda ion; FinnishCul u alFounda ion;Tampe e Tube culosisFounda ion;Compe i i eResea ch Fundingo  heTampe eUni e si yHospi al Abs ac Foodbo nepa asi esa easou ceo humanpa asi icin ec ion.Zoono icin ec ionso  humansa ise oma a ie yo domes icandwildanimals,includingsheep,goa s,ca - le,camels,ho ses,pigs,boa s,bea s, elines,canids,amphibians, ep iles,poul y,and aqua icanimalssuchas ishesandsh imp.The e o e, heimplemen a iono e icien , accessible,andcon ollableinspec ionpolicies o li es ock, ishe ies,slaugh e houses, andmea p ocessingandpackagingcompaniesishighly ecommended.Inaddi ion, mo ea en ionshouldbepaid o heeduca iono audi o s om hequali ycon ol (QC)andassu ancesec o s,li es ockb eede s, he ishe ysec o ,andmea inspec ion e e ina iansinde elopingcoun ieswi hhighincidenceo zoono icpa asi icin ec- ions.Fu he mo e,bo h hediagnosiso zoono icpa asi icin ec ionsbyinexpensi e, accessible,and eliableiden i ica ionme hodsand heo ganiza iono e ec i econ- olsys emswi hsu icien supe isiono p oduc quali ya eo he a eas owhich mo ea en ionshouldbepaid.In his e iew,wep esen someexampleso success ul inspec ionpoliciesand ecen upda esonp esen con en ional,se ologic,andmo- lecula diagnos icme hods o zoono ic oodbo nepa asi es ombo hhumanin ec- ionandanimal-de i ed oods. KEYWORDS diagnosis, ish, ood,PCR(polyme asechain eac ion),quali ycon ol 1 | INTRODUCTION Zoono icpa asi esa eamong hemos impo an causeso humanin- ec iousdisease,especiallyinpoo andde elopingcoun ies(Jenkins e al.,2013).Sincemea wasadded o hehumandie ,i caused he eme gence o  zoono ic oodbo ne pa asi es om animal-de i ed oodsamong hehumanpopula ionandconsequen ly,much esea ch wo ldwidehas been ocusedon zoono ic oodbo nepa asi es.The Wo ld Heal h O ganiza ion(WHO) epo edsomeimpo an mea - and ish-bo ne pa asi es in 2002, including Anisakis spp., Capilla ia philippinensis,Clono chis sinensis,Diphyllobo h iumspp.,Echinococcus spp.,Fasciolaspp.,Fasciolopsis buski,Gna hos omaspp.,Opis ho chis spp.,Sa cocys isspp.,Spi ome aspp.,Taeniaspp.,Toxoplasma gondii, T ichinella spp., and blood lukes (Do ny, P ae , Decke s, & Gab iel, 2009). Se e al o he  soil- ansmi ed and wa e bo ne ood pa - asi es ha e been epo ed and added o he p e ious lis  om he WHO,suchasAsca is lumb icoides, C yp ospo idiumspp., En amoeba spp.,Gia diaspp., Hymenolepis nana, Pa agonimusspp.,pen as omids ( ongue wo ms), S ongyloides s e co alis, and Toxoca a spp. (Jenkins e al.,2013;Mu ell,2013;Si hi hawo ne al.,2006).In hei las up- da einJuly2014, heFoodandAg icul u eO ganiza ion(FAO)and heWHO epo eda“ op en”lis o  oodbo nepa asi eso g ea es  globalconce n,whicha ec  heheal ho millionso peoplebyin ec - ing issuesandcausingclinicalsymp oms(FAO,2014).The ankings o  he “ op en” oodbo ne pa asi es by he FAO-WHO was based on hepa asi ebu deninhumans.The“ op en” oodbo nepa asi es wi hsameexamples omwhichsou cesmancanbein ec eda eas ollows: 4 | ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. 1. Taenia solium (po k apewo m): In po k 2. Echinococcus g anulosus(hyda idwo mo dog apewo m): ege a- bles, ui s,ando he  oodin ec edwi h heeggso  hehyda id wo mo handlingdogs 3. Echinococcus mul ilocula is (a ype o  apewo m): he same as E. g anulosus 4. Toxoplasma gondii(p o ozoa):In hemea o small uminan s,po k, bee ,and hei o gans,aswellasunpas eu ized milk andcheese omgoa so con amina ed ege ablesando he  ood,soil,e c. 5. C yp ospo idiumspp.(p o ozoa):Inuncookedmea p oduc s,wa e , ui juice,andmilk 6. En amoeba his oly ica(p o ozoa):Inuncookedin ec edmea p od- uc s,wa e ,andsexual ansmission 7. T ichinellaspp.(po kwo m):Inpo k,dogs, oxes,ho ses,wildboa s, wal uses,andbi ds 8. Opis ho chiidae (T ema oda, amily o  la wo ms): In eshwa e  ishes 9. Asca is lumb icoides (small in es inal oundwo ms): con amina ed ood,wa e , ege ables,en i onmen 10. T ypanosoma c uzi(p o ozoa,Chagasdiseases):mainlyinsec  ec- o -bo nedisease, bu  may be also om con amina ed ood and d inks These zoono ic oodbo ne pa asi es po en ially ep esen  a c i icaldange  o humanheal hi in ec ed issueisconsumedun- de cookedo  awand h ea en hesa e yo animal-de i ed oods (Do nye al.,2009;Jenkinse al.,2013;Mu ell,2013;Si hi hawo n e al.,2006).The e o e, hecon olo  oodbo nepa asi esisahigh p io i y o  quali y assessmen  in slaugh e houses and ood com- panies.On heo he hand,go e nmen s incu  less cos  om he diagnosisandp e en iono pa asi e-in ec edanimal-de i ed oods han om he ea men o pa asi icin ec ions.Thesimples o  he di e en  ypeso p e en i eac ions o  hede ec iono  hezoo- no icpa asi es omanimal-de i ed oodsisadi ec  isualinspec- iono ananimalca cass.Al hough isualinspec iongi esagood holis ice alua iono ca cassquali yand obus sa e yin o ma ion o speci icpa asi es,i hasdisad an agessuchasimpossibili yin de ec iono some o  hepa asi esin ec ings ages.I islabo  in- ensi e, especially when di ec  mic oscopy is necessa y, and also hassensi i i yandspeci ici y limi a ions(Do ny e al.,2009).The de elopmen  o  molecula  biology echniques and medical engi- nee ingdu ing he las  decadesallow he diagnosiso  oodbo ne pa asi es obeconduc edbycheap,lesslabo in ensi e,and eliable molecula -based echniques o  hein ec edsampleswi hanimalo  humano igin,bu no  o  oods. Some o  he “ op en” pa asi es such as Echinococcus spp., C yp ospo idiumspp.,E. his oly ica,A. lumb icoides,andT. c uzi a e mainlywa e bo neo soilbo nepa asi es.In his e iew,ou main ocus is on he majo  zoono ic oodbo ne pa asi es. We e alua e hep esen inspec ions a uso animal-de i ed oodsandiden i y con en ionalandad anceddiagnos icme hods ode ec zoono ic oodbo nepa asi es ombo hhumanin ec ionsandanimal-de i ed oods. 1.1 | Moni o ing and inspec ion Themajo  eason o  hemoni o ingandinspec iono animal-de i ed oods is o gua an ee ood sa e y (Be ends & Van Knapen, 1999; Naugle,Hol ,Le ine,&Eckel,2005).Aslongasmanhasea enmea , somekind o e alua ion o sa e y and mea  quali y hasmos  likely beenca iedou .Ea lycon olsys emsa ein eligious ex s,which gi es ules o  he edibili y o  mea  (Eliasi & Dwye , 2002; Fa ouk, 2013).In hiscen u yinEu ope, heEu opeanCommissionhasim- plemen eda egula o yp og am178/2002 oes ablish hegene al p inciplesand equi emen so  oodlaws(F en zel,Men a h,Tomuzia, B aeunig,&Appel,2013),andallo  heEUmembe s a esha ehad hei ownmea  inspec ion sys emslongbe o e he Eu opean com- monsys em.Fo example,inFinland, ichinellainspec ions a edin 1867,andinaddi ion oimpo edmea ,domes icanimalsa econ- olledcu en ly o p esenceo  ichinellain ec ion(Suku a,Na eaho, Mikkonen,Niemi,&Oi anen,2002).Thescien i icpanelsandcom- mi eeso Eu opeanFoodSa e yAu ho i y(EFSA)alsoad ised he p ocedu es o  ma e so  ood sa e y o Eu opeanmembe  s a es. The mea  egula o y and inspec ion p og ams ( egula ion numbe s 853/2004and854/2004)we eapp o edby heEu opeanpa liamen  in2004.Thesep og amswe ees ablished oo iciallyde e mine he equi emen s o  he hygienic con ol o  consumable p oduc s o  animal o igin o  human consump ion. They encompass all animal- de i ed oods,includingmincedmea ,mechanicallysepa a edmea , li e bi al e mollusks, ishe y p oduc s, ogs’ legs, snails, ende ed animal a sandg ea es, ea eds omachs,bladde s,in es ines,gela- in,andcollagen.Theinspec ionp og amsha ebeenw i enbased on heHACCP(Haza dAnalysisandC i icalCon olPoin )sys em o e alua eallaspec so  hephysicalhaza ds,pa ho-physiologicalab- no mali ies,andchemo-mic obiologicalcon amina iono mea du ing slaugh e ing,cu ingandboning,ma king,aswellass o age, anspo  andma u a ion, op e en  hein oduc iono unsani a ymea in he human oodchain.Theseinspec ion ules we e includedinapack- ageo measu esby heEu opeanCommissionin2013.Aso icialin- spec o s, e e ina iansmus passaquali ica ionexamo ganizedbya compe en au ho i y ope o ma alidinspec ion.Theexamencom- passes communi y legisla ion on heal h, good hygiene and a ming p ac ices,HACCPp inciples,epidemiology,and ansmissiblespongi- o m encephali is (TSEs). Mo eo e , e e ina ian inspec o s should ha ea leas 200hou so p ac ical ainingbe o e heya eallowed owo kin he ield.Fishe y,poul y,andli es ockp oduc sshouldbe decla ed ee omanypa asi icin ec ion oensu e ha  hesep od- uc sa enon-haza dous o humanconsump ion. Manyna ional oodcompaniesandsu eillance-basedsys ems o  moni o ingandcon olling hequali yo slaugh e p ocessesandp o- ducedmea exis .O all henume ous,p esen wo ldwideinspec ion me hods, ou ha ebeenselec edanddesc ibedbelow: 1. Ne gal-Aba oi  is a compulso y egula o y sys em ha  was de- signed by he F ench Minis y o  Ag icul u e and implemen ed in se e al slaugh e houses (Dupuy e al., 2013). I  has been a po en  mea  su eillance and inspec ion p ojec  in F ance since | 5 ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. 2006.This onlinesys em collec s demog aphic da a such as age, sex, and b eed and heal h ela ed da a o  slaugh e ed ca le. 2. Ad anced echnologies ha e been de eloped du ing he pas  decade o  hede ec iono hiddenzoono ic oodbo nepa asi es in animal-de i ed oods du ing sa e y inspec ions (Elmas y, Ba bin,Sun,&Allen,2012;Feng&Sun,2012)suchasnea -in a- edhype spec alimaging o  he apidassessmen o po kmea  quali y(Ba bin,Elmas y,Sun,&Allen,2012;Huang,Liu,&Ngadi, 2014). 3. In 1996, PulseNe  USA was es ablished by US Depa men  o  Ag icul u e (USDA) and he Cen e  o  Disease Con ol and P e en ion(CDC) ocon ol oodsa e y(Ransom&Kaplan,1998), along wi h e e ina y inspec ion and labo a o y diagnos ic ech- niques.Pulsed- ieldgelelec opho esis(PFGE)(amolecula sub yp- ingme hod)hasbeenused o  hede ec iono  oodbo nebac e ial in ec ions, such as Esche ichia coli O157:[H7] (STEC O157), Salmonella en e ica, Lis e ia monocy ogenes, Shigella spp., and Campylobac e  spp. (Ge ne -Smid  e al., 2006). P esen ly, 50 US s a eandpublicheal hlabo a o ies(PHLs)and hoseinmanyo he  coun ieswo ldwideha ebeenconnec edby hePulseNe su eil- lance ne wo k o  oodbo ne in ec ions o sha e all genome se- quencing in o ma ion (Box ud, Monson, S iles, & Besse , 2010), whichcouldp o ideauniquemeans ocon olzoono ic oodbo ne pa asi icin ec ionaswell. 4. Al hough, he eislimi ede idenceone ec i eaudi o ysys emsin he slaugh e houses and mea  ma ke s o  low-income coun ies, p ojec s ha e been pe o med by he In e na ional Li es ock Resea chIns i u e(ILRI)inA icaandAsia ode ine hehaza dous oodbo nepa asi es,whichcanbe ansmi ed h oughanimal-de- i ed oods,suchasmea , ish,andc us aceans.In hosecoun ies, oodbo ne pa asi es can be ansmi ed om in ec ed people o  animalso we ma ke s,whe emanypeopledono complygo e n- men al egula ions,andconsequen lyescape ome ec i eheal h andsa e yaudi o ysys ems.I seems ha imp o ing heexis ing audi o ysys emsmaybemo esuccess ul hana emp ing oimple- men comple elynew egula ions(G ace,2015). 1.2 | Diagnosis o zoono ic oodbo ne pa asi es om bo h human in ec ion and animal- de i ed oods The con ol o  animal-de i ed oods o  he p esence o  zoono ic oodbo nepa asi es is ahigh-p io i y o  he sa e yand quali y as- sessmen inslaugh e housesand oodcompanies.Thede elopmen  o molecula biology echniquesin helas decadeshasled o hegoal ha  hediagnosiso zoono ic oodbo nepa asi esinanimal-de i ed oodsbeconduc edbycheapand eliablemolecula -basedme hods ins eado  hecon en ional, ime-consumingme hods.Fo example, FIGURE1 Schema icdiag amo  ansmissionanddiagnosiso zoono ic oodbo nepa asi es.Bluea owsshow:(1)T ansmissiono pa asi es oanimals,(2) ansmissiono pa asi es oanimal-de i ed oods,and(3) ansmissiono pa asi es omanimal-de i ed oods ohuman.Red a owshows hepossibili yo diagnosiso zoono ic oodbo nepa asi esbydi ec mic oscopic,se ologic,andmolecula -basedme hods 6 | ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. based on Eu opean Communi y Regula ion No. 2075/2005, DNA analysisisused o  heiden i ica iono T ichinellala aea  hespecies le el ommusclesamples(Pozio,Rossi,&Dipa imen oDiMala ie In e i ePa assi a ieEImmunomedia e,2008).Somelabo a o y ech- niques ha  a eused odiagnose human in ec ions can alsobe ap- plied o  he de ec iono pa asi esin oodanimals.To design new molecula -based diagnos ic me hods o de ec  oodbo ne pa asi es, weshouldunde s and hep esen s a uso diagnos icassays o each pa asi e.In his e iew,weclassi ied hezoono ic oodbo nepa asi es ombo hhumanin ec ionsand animal-de i ed oodsashelmin hs (T ema oda, Ces oda, and Nema oda) and p o ozoans. Addi ionally, we p esen ed he la es  p og ess in con en ional, se ologic, and molecula  diagnos ic me hods o  de ec ion o  pa asi es om bo h humanin ec ionandanimal-de i ed oods(Figu e1).Asumma yo  hesediagnos icme hodsisshowninTable1. 2 | HELMINTHS 2.1 | T ema oda App oxima elyahund edspecieso  oodbo ne ema odesin ec hu- mans(F ied&Ab uzzi,2010;Keise ,Du hale ,&U zinge ,2010),and someexamplesa ediscussedhe ein. 2.1.1 | Clono chis sinensis Clono chis sinensis(alsoknownas heChineseo o ien alli e  luke) isali e  luke ha causesclono chiasis(Tang,Huang,&Yu,2016). Theli ecycleo  his ish-bo ne ema odeincludes heegg(p o- ducedby headul helmin hsinde ini i ehos sinanaqua icen- i onmen ); he mi acidium, spo ocys , edia, and ce ca ia ( hese ou  s ages occu  in eshwa e  snails); and he me ace ca ia (in eshwa e  ishandoccasionallyinsh imp).Humanscanbein ec ed a e ea ingunde cooked eshwa e  isho sh imp.Theadul hel- min hsa e ypicallylocalizedin hehumanli e ,bileduc ,andgall bladde (Hong&Fang,2012).Thecha ac e is ichis opa hological symp oms o  in ec ion include bile duc  epi helial p oli e a ion, whichis ollowed bype iduc al ib osis(Choi, Han, Hong,& Lee, 2004).Addi ionally,edemais equen lyp esen in hebilia yepi- helium.The e o e,his opa hologicalchangesa e hemajo clinical ea u eso clono chiasis.Thispa asi eisconside edasacausa i e agen o  li e and bileduc  cance  (cholangioca cinoma), and he In e na ionalAgency o Resea chonCance hasclassi iedC. sin- ensisasag oup1biologicalca cinogen(Bou a de al.,2009).The maindiagnos icme hod o aC. sinensis in ec ion is he iden i ica- ion o  pa asi e eggs in ecal, bile, and duodenal biopsy samples, whichisconside ed hegolds anda d o  hediagnosiso human clono chiasis (Nie e al., 2014). An ELISA-based de ec ion o  IgY (eggyolkimmunoglobulin)agains  hecys einep o einaseo C. sin- ensisde ec saci cula ingan igeninse umsampleso pa ien swi h clono chiasis. The esul s om his IgY-based immunomagne ic beadELISAsys em(IgY-IMB-ELISA)showedasensi i i yo 93.3% incaseso se e ein ec ion(5,000 o9,999eggspe g amo  eces (epg)),86.7%incaseso mode a ein ec ion(1,000–4,999epg),and 75.0%incaseso mildin ec ion(<1,000epg)o clono chiasis.As ano he a emp  odesignanewsensi i eme hod o  hediagno- siso clono chiasis,a eal- imePCRme hodhasbeenused ode- ec  he in e nal ansc ibed space 2 sequence(ITS2) oms ool samplesin ec edwi hC. sinensis(Kime al.,2009).Thesensi i i y o  heassaywas100%,and h eeou o  he26samples ha ap- pea edegg-nega i ebydi ec mic oscopicme hodwe e ound o bePCR-posi i e.Inano he s udy,a eal- imePCRandhigh esolu- ion mel ing (HRM) analysis we e used o  he speci ic de ec ion and apididen i ica iono C. sinensis and Opis ho chis i e ini(Cai e al.,2014).P ime s a ge ing hecy och omecoxidasesubuni 1 (cox1)genewe ehighlyspeci ic o  heseli e  lukes,wi hnoampli- ica iono closely ela ed ema odes.Thisme hodhasade ec ion limi below1pgo genomicDNAo 5eggspe g amo s ool,o 1 me ace ca ia o C. sinensis.In addi ion,C. sinensis and O. i e ini we edi e en ia edby hei HRMpa e n.Aloop-media ediso he - malampli ica ion(LAMP)wasused o  apidandsensi i ede ec ion om hesou ceo in ec ionin he ish(Caie al.,2010).Thecox1 genewas a ge ed o diagnosisin hisme hod.Thesensi i i yo  he me hod was de e mined as 10−8ng/μl o de ec iono genomic DNAo C. sinensisme ace ca iae.The obus  esul so  heme hod showed ha LAMPhas hepo en ial obeapplied o  hede ec ion o humanclono chiasisaswell.Nex -gene a ionsequencing(NGS) echniquesha e e olu ionizedmolecula -basedde ec iono pa a- si icin ec ionsincludingclono chiasis.Clono ESTdbda abasehas beenes ablishedas hecollec iono C. sinensisexp essedsequence ags (ESTs) o  genomics s udies (Kim e al., 2014; Young e al., 2010).Theseno el echniques ep esen  obus andcos e ec i e choices o de ec iono ESTso C. sinensisinbiologicalspecimens. A  he momen , only a human C. sinensis an ibody (IgG) ELISA ki iscomme cially a ailable in hema ke  o  diagnosiso  esea ch pu poses. 2.1.2 | Opis ho chis i e ini Opis ho chis i e iniisali e  lukeanda ish-bo ne ema ode ha  is hecausa i eagen o humanopis ho chiasis.Theli ecycleo  his ema odeissimila  oC. sinensis,inwhicha eshwa e  ishac sas anin e media eandhumansas heul ima ehos (S ipae al.,2007). Humans a e in ec ed h ough he inges ion o  aw o  insu icien ly cooked ish con aining ema ode la ae (me ace ca iae) (Wo asi h e al.,2015).O. i e iniis hee iologicalagen o cholangioca cinoma (ali e  cance sub ype) (S ipae al., 2007).The human immune e- sponsemedia essomeo  hehepa obilia y ea u eso opis ho chia- sissuchasch onicin lamma iona ound hebilia y eeandse e e hype plasia o  he cholangiocy es (Glase , Gaudio, Mille , Al a o, & Alpini,2009). The ou inede ec ionme hod o la aein ishis heenzyma ic diges iono in ec ed ish issue,sedimen a ion,anddi ec mic os- copy echniques(S ipae al.,2007).Inhumanin ec ions, hep es- en  gold s anda d o  he de ec ion o  O. i e ini is he o malin e hyl-ace a econcen a ion(FECT)me hod o  s oolsamples and | 7 ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. TABLE1 Thediagnos icme hods o  hede ec iono  heselec edzoono ic oodbo nepa asi es ombo hin ec ionsand/o animal- de i ed oods Pa asi e Classi ica ion Con en ional me hods Se ologic me hods Molecula me hods Clono chis sinensis T ema oda Gas oscopyandbiopsy (Niee al.,2014) ELISA(Niee al.,2014) Real- imePCR(Kime al.,2009) HRM(Caie al.,2014) LAMP(Caie al.,2010) NGS(Kime al.,2014) Opis ho chis i e ini T ema oda Mic oscopicassay (Wo asi he al.,2015) FECT(Wo asi he al., 2015) ELISA(Chaiya i e al., 2011;Wo asi he al., 2015) OV-ESassay(Wo asi h e al.,2015) PCR(Pa a hie al.,2008) LAMP(A ima sue al.,2012,2015) NGS(Younge al.,2010) Pa agonimusspp. T ema oda Mic oscopicassay(Slesak e al.,2011) Wes e nblo (Fische  e al.,2013) PCR(In apane al.,2012) NGS(McNul ye al.,2014) Diphyllobo h iumspp. Ces oda Mic oscopicassay(Waki e al.,1986) Medicalimaging(Waki e al.,1986) BloodVi B12le el (Jimenez,Rod iguez, Gamboa,Rod iguez,& Ga cia,2012) NAaPCR(Chene al.,2014;Guoe al.,2012) Taeniaspp. Ces oda Mic oscopicassay (May ae al.,2008) ELISA(Abusei e al., 2007;May ae al.,2008) EITB(Decke se al.,2009; Liue al.,2017; Pa hake al.,1994) PCR(Abusei e al.,2006;Chiesae al.,2010) PCR-RFLP(Rod iguez-Hidalgoe al.,2002) Nes edPCR(May ae al.,2008) Anisakis simplex Nema oda Gas oscopy(A men ia e al.,2006;Gamboa e al.,2012) His opa hology (A men iae al.,2006; Gamboae al.,2012) RIA(A men iae al.,2006; Gamboae al.,2012) ELISA(Cuella e al.,2012) NAa Gna hos omaspp. Nema oda Eosinophilcoun  (G ae -Teixei ae al., 2009;Kube ski,1979) Wes e nblo (G ae - Teixei ae al.,2009) Immunoblo (In apan e al.,2010;Janwan e al.,2013) ELISA(G ae -Teixei a e al.,2009) Two-dimensionalPAGE (G ae -Teixei ae al., 2009) NAa T ichinellaspp.bNema oda Mic oscopicassay (Nockle ,Pozio,Voig ,& Heid ich,2000) ELISA(Gamblee al., 2000;Ko inko ae al., 2008;VanDee al., 2012) IFA(Zhange al.,2013) PCR(Lie al.,2010;Line al.,2013; Tan awa pane al.,2012; Zol agha iEmamehe al.,2015) RT-PCR(Zhange al.,2013) Real- imePCR(Guen he e al.,2008;Lin e al.,2013;Tan awa pane al.,2012) LAMP(Line al.,2013;Tan awa pane al., 2012) Mul iplexPCR(Blagae al.,2009;Bo suk e al.,2003;Za lengae al.,1999) RLB(Rombou e al.,2001) Sa cocys isspp.cP o ozoa Mic oscopicassay (Bunya a eje al., 2007;Hamidineja  e al.,2013;Nou ollahi Fa de al.,2009) ELISA(Habeebe al., 1996;Ten e ,1987) IFAT(Habeebe al.,1996; Ten e ,1987) PCR(Mo ee al.,2014) Real- imePCR(Mo ee al.,2014) RT-PCR(Vangeele al.,2007) (Con inued) 8 | ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. heiden i ica iono pa asi eeggsbyadi ec mic oscopicme hod (Wo asi he al.,2015). ELISA has been used o  measu emen  o  O. i e ini exc e o y- sec e o yan igens(OV-ESAgs)inu ine(u ineOV-ESassay)in hese- ologiciden i ica iono opis ho chiasis.TheOV-ESassayhadahighe  sensi i i y(81%)andspeci ici y(70%) han heFECTgolds anda d o  hediagnosiso opis ho chiasisinu ine(Wo asi he al.,2015).I has beenshown ha  hean ibodies(IgAandIgG)agains O. i e ini a e p esen  in pa ien ’s sali a as well as se um (Chaiya i , Si hi hawo n, Thuwaji ,&Yong ani ,2011).Simila app oachwi hsomemodi ica- ionsmaybeu ilized o se odiagnos icso O. i e iniinmea ex ac s. Fo  a molecula  diagnosis o  his in ec ion, genomic DNA was isola ed om adul  and la al ema odes. Genomic egions we e andomlyselec ed o aPCR-baseddiagnosisme hod.Theassaywas Opis ho chis-speci icwi hno alse-posi i ec oss- eac ionwi ho he  ish-in ec ing ema odesincludingC. sinensis.Thesensi i i yo  he me hod was 10−12ngo pa asi eDNA.Ano he de ec ion echnique ha hasbeenusedisLAMP,acolo ime ic-basedme hod(A ima su, Kaewkes, Laha, & S ipa, 2015). In his me hod, genomic DNA was isola ed omanadul  ema ode.Mic osa elli e2(OVMS2)andmi- c osa elli e6(OVMS6)we eselec edas he a ge s o designing he LAMP p ime s.The espec i e speci ici y and sensi i i yo  he es  was61.5%and100%.Thesensi i i ywasclea lyhighe  han ha o  hemic oscopiceggexamina ion.Using hehyd oxyl naph holblue (HNB)-LAMP, mic osa elli e 6 (OVMS6) could speci ically ampli y a a ge si e om heO. i e inigenome,andno alse-posi i e esul s ha ebeeniden i ied omo he pa asi es,suchasO. elineus, C. sin- ensis, Cen oces us caninus, Fasciola gigan ica, Haplo chis aichui, and Haplo choodesspp.Inaddi ion, heLAMP echniquehasbeene al- ua ed o s oolsamples,and hesensi i i yo  heassaywas100%. Addi ionally,38.5%o mic oscopicallynega i esampleswe eLAMP- posi i e(A ima su,Kaewkes,Laha,Hong,&S ipa,2012).Also,NGS me hod was used o in silico analysis o  >50,000 sequences o  O. i e inigenome,whichcanbeemployed o  u u ediagnos ics udies (Younge al.,2010). A  hemomen ,onlyanELISAki (Vi o es An i-Opis ho chiski ) iscomme ciallya ailablein hema ke  ode ec O. elineus. 2.1.3 | Pa agonimus spp. Pa agonimus spp. is a c us acean-bo ne la wo m and a lung luke ha is hecausa i eagen o pa agonimiasisinhumans(Diaz,2013). Emb yona ed eggs o  Pa agonimus spp. a e con e ed o mi acidia, which in ec  snails, he i s  in e media e hos . Then, he ce ca iae eme ge om hesnailsandin ec c us aceanssuchasc abso c ay- ish, hesecondin e media ehos .Finally,humansmaybecomein- ec ed as he de ini i e hos  a e  inges ing insu icien ly cooked in ec ed c us aceans. The me ace ca iae subsequen ly pene a e he duodenum, he diaph agm, and he pa ie al pleu a and ma u e wi hin hepleu alspaceo  helung.Asa esul , hepa asi eeggsa e coughedupasbloodyspu umo swallowedandla e exc e edin he eces.Theclinical ea u eso pa agonimiasisappea be ween woand 16 weeks pos  in ec ion and include e e , cough, hemop ysis, and pe iphe aleosinophilia. Cu en ly,diagnosiso pa agonimiasisispe o medbymic oscopic eggexamina ionins oolo pleu al luidsamples(Slesake al.,2011). The gold s anda d o  he de ec ion o  Pa agonimus spp. is he de- ec iono a leas onepa asi eegginanysampleby h eedi e en  me hods, includingwe  ilm (WF), Ziehl-Neelsen s ain (ZNS), and a o malin-e he concen a ion echnique(FECT).Awes e nblo assay hasbeendesigned ode ec P. kellico i and P. wes e mani in ec ions o  hese ologicdiagnosiso pa agonimiasis(Fische e al.,2013).This me hoddependson heiden i ica iono  heESAgso  hepa asi e. Fou eenp o einswi hamolecula masso 4 o62kDawe ede ec ed byse uman ibodies ompa ien swi haP. kellico i o P. wes e mani in ec ion.Th eepolypep ideso 21,23,and34kDawe e ecognized byall11se a omdemons a edP. kellico icases.Inaddi ion,aPCR- baseddiagnosisme hodwasdesigned o  hemolecula de ec iono  pa agonimiasis(In apane al.,2012).In hisassay, hegenomicDNA wasisola ed om heeggsin hepa ien spu umob aineddu inga b onchoscopy.Thep ime swe edesigned o  he ibosomalITS2se- quence,whichisiden icalinbo hP. pseudohe e o emus and P. he e o- emus,andaspeci ic egiono  heP. pseudohe e o emus cox1gene. Sequencingo  hePCRp oduc sshoweda99%–100%and98%–99% iden i y o  heITS2 and cox1genes, espec i ely. Pa asi e Classi ica ion Con en ional me hods Se ologic me hods Molecula me hods Toxoplasma gondiidP o ozoa Mic oscopicassay(Van DeVene al.,1991) Sabin-Feldmandye es  (Udonsome al.,2010) ELISA(Chene al.,2008; Wange al.,2011; Wa nekulasu iyae al., 1998) IFA(Baya ie al.,2012) ICS(Wange al.,2011) MC-PCR(A oussie al.,2015) Real- imePCR(Jau eguie al.,2001) NGS(Chenge al.,2015) aNo de ined. bP o eomicme hodsha ealsobeenconside edaso he diagnos icme hods o  hede ec iono  ichinellosis(Wange al.,2014). cAnewapp oachanddiagnosisme hod ode ec  oxininin ec ed issuesshoweda15-kDap o ein omS. aye icys s,whichwashomologous o he ac in-depolyme izing ac o o T. gondii and Eime ia enella(Kama ae al.,2014). dAT. gondiiin ec ioncanbeiden i iedbyo he me hodssuchasinocula ioninmice, issuecul u e,andahyb idiza ionassay(VanDeVene al.,1991). TABLE1 (Con inued) | 9 ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. Mos  ecen ly,aNGSme hodhasbeenused oiden i y he an- sc ip sandp edic  hep o einsexp essedinadul Pa agonimusspp. (McNul y e al., 2014). These no el echniques may p o ide use ul ools o diagnos icpu posesin he u u e. A  hemomen ,onlyP. wes e maniIgGandIgMELISAki sa ea ail- ablein hema ke  o diagnosiso  esea chpu poses. 2.2 | Ces oda 2.2.1 | Diphyllobo h ium spp. Diphyllobo h iosisisazoono ic ish-bo nepa asi icin ec iono  ish and mammals caused by ish apewo ms belonging o he genus Diphyllobo h iumspp.,includingD. la um and D. nihonkaiense. The co- acidia o D. la umha ched omeggsin hewa e a einges edbyc us- aceansinwa e , he i s in e media ehos (Scholz,Ga cia,Kuch a, &Wich ,2009).Theinges edpa asi esa econ e ed op oce coid la aein hebodyca i yo  hec us aceans.Thein ec edc us aceans a einges ed by eshwa e  ishes, he secondin e media e hos ,in which hep oce coidla aede elopin ople oce coids.Thepa asi e li ecyclemaybecomple edinhumans, heul ima ehos when hey consume awo unde cooked ish.Thecommonsymp omso diphyl- lobo h iosisincludedia heao cons ipa ion,abdominalpain,andpe - niciousanemiadue o heexcessi econsump iono  i aminB12by hehelmin h(Waki,Oi,Takahashi,Nakabayashi,&Ki ani,1986). The ou inediagnos icme hod o diphyllobo h iosisisiden i ica- iono  heeggsandp oglo idsegmen s in s ool samples bydi ec  mic oscopicexamina ion(Wakie al.,1986).Ano he di ec iden i i- ca ionme hodis adiologicalimagingusinganin aduodenalinjec ion o dia izoicacid(Hypaqueo Gas og a in) o  he isualiza iono  he a achmen  o  Diphyllobo h ium o he duodenum. Addi ionally, an e alua iono  heblood i aminB12le elcouldbeano he nonspeci ic me hod o  hediagnosiso diphyllobo h iosis. Because o  he mo phologic simila i ies be ween di e en  Diphyllobo h ium apewo ms, species-speci ic diagnosis is challeng- ing(Chene al.,2014).Mo e ecen s udiesha ep elimina ilyiden i- ied woDiphyllobo h iumspecimensbycon en ionalmo phological me hods, and he iden i y o  specieswas hen con i med by a mo- lecula app oachin ol ing he18S DNApa ialsequence,comple e sequenceso ITSsand5.8S DNA,pa ialsequenceso mi ochond ial cox1,and hemi ochond ialNADHdehyd ogenasesubuni 5(nad5) (Guoe al.,2012).Toda e,no epo so se ologico cop oan igenic diagnos icso diphyllobo h iosisexis . A p esen , he eisnocomme cialde ec ionki in hema ke  o  diagnosiso diphyllobo h iosis. 2.2.2 | Taenia spp. Taeniaspp.a eimpo an  apewo mpa asi esand hecausa i eagen s o zoono ic aeniasisandcys ice cosisinhumans.Themos impo an  zoono ic oodbo nespecies ansmi ed omanimal-de i ed oods o humans a e T. asia ica(anAsian apewo m), T. sagina a(abee  ape- wo m),andT. solium(apo k apewo m)(Galan-Puchades&Fuen es, 2013).Theeggso p oglo idso  hepa asi een e  heen i onmen  ia he eceso in ec edhumans.Theeggso p oglo idsa e ansmi - ed oca le(T. sagina a)andpigs(T. solium, T. asia ica)asin e media e hos sby ege a ion. Oncosphe esa eha ched om heeggsin he in es inalwallso  heca leandpigs.Theoncosphe es u he de elop in ocys ice ciin hemuscleso  hein e media ehos .Finally,humans ( hede ini i ehos )canbecomein ec edbyinges ing awo uncooked in ec ed mea . The swallowed la ae a ach o he small in es ine mucosaby hehead(scolex) and o mp oglo ids.A app oxima ely 2mon hspos in ec ion, hep oglo idsde achanda eexc e edin he eces.Thesymp omso  aeniasisa eabdominalpain,dia hea,dis en- sion,andnausea,bu some imesnosymp omsoccu (Ga cia,Gonzalez, E ans, & Gilman, 2003; Ga cia, Gonzalez, & Gilman, 2003; Geysen e al.,2007).Humanscanalsoac asanin e media ehos  o T. solium, whencys ice cia e o medino gansincluding heb ain. Visualmea inspec ionhasbeen hemos popula me hod ocon- ol he ansmissiono Taeniainhumans,e en houghi lacksbo hac- cu acyandsensi i i y(Galan-Puchades&Fuen es,2013).A  heleas , he eisa need o inc ease he a ea and numbe o p edic ion si es obse eddu inginspec ion oimp o e hemea inspec ionp ocedu e (Wanzalae al.,2003).Di ec mic oscopic(Je ie al.,2004)andELISA (Allan,Wilkins,Tsang,&C aig,2003)assaysha ebeenconside edas golds anda ds o  hediagnosiso  aeniasisinhumans.Anenzyme- linkedimmunoelec o ans e blo (EITB)wasde elopedusingsoluble T. soliumme aces odean igen(Pa hak,Allan,E s eld,&C aig,1994) o  hese odiagnosiso  aeniasis.The espec i esensi i i yandspeci ici y we e90%and100%,bu we e70%and73% o  heELISA.Twoan i- gens,HP6-2(amajo p o ein)andTs45S-10(anan igenhomologous o he45San igeno T. o is)we eusedinadi e en se odiagnosisme hod (Abusei ,Kuhne,Schniede ,Klein,&Epe,2007).Asensi i i yo 100% anda98%speci ici y o  heHP6-2ELISAwas ound o se umsam- ples.Mea juicesampleshadasligh lylowe speci ici yo 95%.Also, T. soliumcAMP-dependen p o einkinase egula o ysubuni (TsPKA- ) asanESan igenwasapplied o se odiagnosiso po cinecys ice cosis (Liue al.,2017).Thedesignedindi ec ELISAshowedgoodsensi i i y andspeci ici y(93.88%and96.40%, espec i ely)inse ode ec iono  pigsT. soliumme aces odes,andnoc oss- eac ionwasobse edwi h o he Taeniaspecies,suchasT. hyda igena.Inaddi ion,nanobodiesas hecamelid-de i edsingle-domainan ibodieswe eused o se odiag- nosiso cys ice cosiso T. solium(Decke se al.,2009).Al hough, he de elopedsandwichELISAshowednoc oss- eac ionwi h heo he  specieso TaeniaincludingT. hyda igena, T. sagina a, and T. c assiceps, he esul s e ealed ha  hisme hodneeds u he  alida ion oim- p o e hesensi i i y.Cys swe ecollec ed o mslaugh e edanimals o  hemolecula diagnosiso  aeniasis,andDNAwasisola ed om hem(Abusei ,Epe,Schniede ,Klein,&Kuhne,2006).Twop ime se s o HDP-1andHDP-2we edesigned o agenomicDNA agmen . Asa esul ,HDP-1p ime scouldde ec 200 go DNAo T. sagina a and100pgo DNAo Cys ice cus bo is(cys ice cuso la als ageo  T. sagina a),whe easHDP-2couldde ec 1pgo DNAo T. sagina a and1ngo DNAo C. bo is.Inano he PCR-baseddiagnosisme hod, hemi ochond ialcox1genewasused odesignap ime (Chiesae al., 2010).Using his me hod, 94.7%o  hesamples (162/171)showed 10 | ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. aeniain ec ion,andi wasp oposed ha  hecox1genemigh bea sui able a ge  o  hemolecula diagnosiso  aeniasis.Mo eo e ,PCR- RFLPhasbeenconside edasano he molecula diagnos icme hodo  aeniasis,especially odi e en ia ebe weenT. sagina a and T. solium p oglo ids.In hisme hod,PCRwas ollowedby ea men wi h he es ic ion enzyme Ddel (Rod iguez-Hidalgo, Geysen, Beni ez-O iz, Gee s,&B and ,2002).Anes edPCRme hodhasalsobeendesigned o he de ec ion o a T. soliumoncosphe e-speci icp o ein, heTso31 gene.Thisme hoddidno c oss- eac wi hT. sagina ao o he pa a- si es(May ae al.,2008). A p esen ,onlyanELISAki iscomme ciallya ailablein hema - ke  o  diagnosis o  p oduced IgG agains  cys ice ci o  T. solium in human se um. 2.3 | Nema oda 2.3.1 | Anisakis simplex The nema ode Anisakis simplexis hecausa i eagen o anisakiasis, whichmaybecon ac ed omeggsin hewa e exc e edbyin ec ed ma ine mammals. La ae ha ch om he eggs and become ee- swimming.The la ae a einges edby c us aceans (anin e media e hos ),and hein ec edc us aceansa eea enby ishes(ano he in e - media ehos ),inwhich hela aemig a e o hemuscle issue.The la aea ealso ans e ed oo he  ishesandsquids iap eda ion. Thela aea e ansmi ed oma inemammalsandhumans( hede- ini i ehos s) ia heinges iono in ec ed ishandde elopin oadul  helmin hs. The mos  common symp oms o  human anisakiasis a e gas oin es inalp oblems,includingeosinophilicin es inalphlegmon, acu e abdominal pain, and alle gic eac ions (Audicana & Kennedy, 2008;Mo eno-Ancilloe al.,1997). Thecu en me hod o  hediagnosiso anisakiasisisbasedongas- oscopyand isualinspec iono  hela aeo ahis opa hologyanal- ysiso abiopsyo in ec ed issue(Gamboae al.,2012).Thepa asi e induces hep oduc iono immunoglobulinE(IgE)inin ec edhuman blood.De e mina iono  hean ibodyconcen a ionbyIgEimmuno- blo ing,a adioimmunoassay(RIA),a adioalle goso ben  es (RAST), anenzyme-linked immunoso ben assay (ELISA),andan immuno lu- o escen an ibodyassay(IFA)hasbeenex ensi elyused(Dominguez O egae al.,2000;Sakana ie al.,1988).Inaddi ion, hep oduc ion o  ecombinan alle gensby he pa asi e,suchasAni s1 and Ani s7, and hei useinaskinp ick es ha eshown ha Ani s1 and Ani s7 could, espec i ely,de ec 82.1%and92.9%o gas o-alle gicanisaki- asiscases(Cuella e al.,2012).Inaddi ion, ecombinan Ani s1 and Ani s7we eusedin hep oduc iono ahighlysensi i eELISAki  o  he se ologicde ec iono IgEinhumananisakiasis(Cuella e al.,2012). Now,a  hep esen momen , he eisnocomme cialde ec ionki  in hema ke  o diagnosiso anisakiasis. 2.3.2 | Gna hos oma spp. Pa asi ic nema odes Gna hos oma spp. a e he causa i e agen s o  gna hos omiasis.Humanexposu e o hispa asi eishighlydependen  on he inges ion o  unde cooked mea , including sh imp and ish. Felinesandcaninesa e hena u alde ini i ehos s o G. spinige um, andpigsa e hede ini i ehos  o G. hispidum.Addi ionally,humans ac asade ini i ehos .Unemb yona edeggsa e ansmi ed o he wa e  ia he eceso in ec ed elines,canines,andpigs.Theeggsbe- comeemb yona edandha chin hewa e ,and hela aea e eleased om heeggs.Thela aea einges edbycopepods( he i s in e - media ehos )andde elop o henex la als age.A e inges iono  hecopepodsby ogsand ishes( hesecondin e media ehos s), he L2la aede elopedin oL3la ae.Finally, hein ec edsecondin e - media ehos sa einges edby hede ini i ehos s(ma inep eda o  bi ds,canines, elines,andhumans),and hein ec ionis ansmi ed o hem.Theclinical ea u eso gna hos omiasisinclude a iouscu ane- ous,neu ological,ocula ,and isce alsymp oms(He man&Chiodini, 2009). Thisdiseasemayincludeeosinophilicmeningoencephali is, hedi- agnosis o whichisbasedon heiden i ica iono eosinophilsin he ce eb ospinal luid(CSF)(G ae -Teixei a,daSil a,&Yoshimu a,2009; Kube ski,1979).Theeosinophilcoun shouldbehighe  han10eosin- ophilspe mlo 10%o  he o alCSFleukocy ecoun .Awes e nblo  wi hpu i iedcys ice cusglycop o einan igenso Gna hos omaspp.is hegolds anda d o  hediagnosiso gna hos omiasis(G ae -Teixei a e al., 2009).An immunoblo ing analysis has been designed as he golds anda dwi h100%sensi i i yandspeci ici y o  hede ec iono  speci icIgGagains  hean igeniccomponen so G. spinige um(In apan e al.,2010).Animmunoblo ingassayde ec edan igenicbandswi h molecula masses anging om21 o>110-kDa.The21-and24-kDa bandswe ede e mined obe polypep idesuse ul o  he diagnosis o neu ogna hos omiasis.Inano he immunoblo analysis,speci icIgG an ibodieswe eiden i iedagains aG. spinige umc udela alex ac  and a ecombinan  ma ix me allop o einase ( MMP) p o ein. The speci ici yandsensi i i y o bo han igenicsampleswe e100%,and i wassugges ed ha  hean i-MMPIgGan ibodycouldbeusedasan al e na i ediagnos icme hod(Janwane al.,2013).Se e alo he im- munological echniquesha ebeendesigned,suchasanELISA o  he de ec iono IgGan ibodiesanda wo-dimensionalPAGEme hod o  heiden i ica iono se uman igens.Nonea ea ailableascomme cial ki son hema ke (G ae -Teixei ae al.,2009). A  hemomen , he eisnocomme cialde ec ionki in hema ke  o diagnosiso gna hos omiasis. 2.3.3 | T ichinella spp. T ichinellaspp.a e hecausa i eagen so azoono ichelmin hic ich- inellosis.O  hemainsou ceso T ichinellaspp.(includingmammals, bi ds,and ep iles(Albane al.,2011)), hemos impo an sou ceo  humanin ec ionwo ldwideis hedomes icpig, whe eas ho se and wildboa mea ha eplayedasigni ican  oledu ingou b eaksin he pas  h eedecadesinEu ope(Go s ein,Pozio,&Nockle ,2009). The la ae o  he pa asi e a e loca ed in he s ia ed muscles (Clausene al.,1996;Go s eine al.,2009;Pozio,2007).Animalsand humansbecomein ec eda e  heinges iono in ec edmea .Thela - aea e eleased om hemusclein hesmallin es ine,whe e hey | 11 ZOLFAGHARI EMAMEH E AL. o madul maleand emalenema odes ha  ep oducein hein es inal mucosa.Thenewbo nla aemig a e h ough hein es inalwallin o helympha icand bloodci cula ion and inally o hes ia edmus- cles,whe e hey o mcys s.T ichinellosisisdi idedin oanin es inal andmuscula phase(F osche ,Gullo a,Saa ho ,&Tackmann,1988; Go s eine al.,2009;Kuma ,Pozio,deBo chg a e,Mo elmans,&de Meu ichy,1990).Thela aesu i einmusclenu secells o yea s(up o40yea sinhumansando e 20yea s, o example,inpola bea s). Thela aeo T ichinellaand hei me aboli esinduce heoccu ence o someimmunological,pa hological,andme abolicdiso de s,suchas gas oen e i is(abdominalpainanddia hea),du ing heacu ephase o  hein ec ion(Go s eine al.,2009),anddea hsha ee enbeen epo ed(Dupouy-Came ,2002). O  12 di e en  gene ically de ec ed T ichinella spp., T ichinella spi alisis hemos commonspeciesindomes icandwildswineand isalso hemajo e iologicalagen  ha causes heb oadglobaldis- ibu iono  ichinellosisinhumans(Pozio&Da winMu ell,2006). T ichinellosiscanbediagnosedbyse e alme hods.In heslaugh e - house, hea i icialdiges iono mea usingamagne ics i e com- bined wi h mic oscopy is he p e e ed diagnos ic me hod (Alban e al.,2011;VanDe Giessene al.,2013).Al hough hesensi i i y o  hisde ec ionassayis40% o less hanonela ape 100g ams o in ec edmea ,i is100% o mo e hanonela ape 100g ams o in ec edmea .T ichinellacanalsobediagnosedbyse e alo he  me hods,someo whichmigh o e  easonableop ions o hecu - en me hods o mea inspec ion.De ec iono an i-T ichinella im- munoglobulinG(IgG)inanimalse umo de ec iono  hepa asi e inmea  juiceby o he assayssuchas ELISA (Gamble e al.,2000; Ko inko a,Ko a cik,Pa licko a,S oboda,&Koudela,2008;Wang e al.,2017),p o eomics(Wang, Cui,Hu,Liu,&Wang,2014),and molecula me hodsincludingPCR, eal- imePCR,LAMP(Line al., 2013;Tan awa pane al.,2012),and e e selineblo hyb idiza ion (RLB)(Rombou ,Bosch,& ande Giessen,2001)canshow ha an animalisin ec edwi hT ichinella.O he me hodssuchasmul iplex PCRha e ocusedon hede ec iono no elmolecula ma ke s o di e en ia e T ichinellaspp.because hecon en ionalme hodsha e limi a ions ha includelabo -in ensi eness, henecessi y o ahigh- le elo expe isewi hdi ec mic oscopicdiagnosis,andhighcos s due olabo  equi emen s.Po en ialmolecula ma ke sincludeITS1 and ITS2(Line al.,2013;Za lenga,Chu e,Ma in,&Kapel,1999), hemi ochond ialcox3(VanDee al.,2012),and heaminopep idase (TsAP)(Zhang,Wang,Li,&Cui,2013)genes, hemi ochond ialla ge subuni  ibosomalRNA( nL)(Blagae al.,2009;Bo suk,Moskwa, Pas usiak, & Cabaj, 2003; Guen he  e al., 2008; Li e al., 2011), hemi ochond ialsmallsubuni  ibosomalRNA( nS)(Blagae al., 2009), heDNAsequenceo  he5S RNAin e genicspace  egions (Rombou  e al., 2001), and mig a o y DNA om T ichinella la ae (Li,Wang,&Cui,2010).Ane ec i es a egy o  hespeci icde ec- iono  ichinellosisis heiden i ica iono agenomico p o eomic de e minan absen in hehos genomeo p o eome(Duplessis& Moineau, 2001). In a ecen ly designed molecula  me hod o  he iden i ica ion o T ichinella spp., he β-ca bonic anhyd ase (β-CA) genome sequence om T. spi alis was used o  he PCR-based de ec iono  ichinellosis(Zol agha iEmameh,Kuuslah i,Na eaho, Suku a,&Pa kkila,2015).Thisme hodhadno alse-posi i e eac- ionwi ho he  pa asi es,includingT. gondii, T. ca i, and Pa asca is equo um.Addi ionally,i wassugges ed ha  heβ-CAgenomicse- quence a ge edbyPCRcouldbea eliablegenus-speci icme hod o  iden i ica ion o  he ichinella in ec ion o  mea  in slaugh e - housesand he oodindus y. A p esen , he ea e wo ypeso se ologicassays o diagnosiso  ichinellosis.Thehuman ichinellaIgGELISAand ichinellaan igen es ki s. 2.4 | P o ozoa 2.4.1 | Sa cocys is spp. Sa cocys isspp. a e pa asi ic p o ozoa and he causa i eagen s o  zoono ic sa cocys osis in humans. The axonomy o  Sa cocys is is de elopingwi hmanyspeciesin hegenus;189speciesha ebeen lis edin1998(Poulsen&S ens old,2014).Theli ecycleo some specieshasbeen ullydesc ibedwi hknownin e media eandme- dia ehos s,whileknowledgeo o he sismo e agmen a y(Faye , Esposi o,&Dubey,2015).Manisknown obede ini i ehos only o  woSa cocys isspecies,S. hominis and S. suihominis,bu hasalso epo ed o be (acciden al) in e media e hos  o  se e al uniden i- iedSa cocys isspp.Sa cocys isspeciescanin ec ab oad a ie yo  animalsincludingdomes icmammals(sheep,ca le,ho ses,pigs,ca s, anddogs),wildmammals(dee ),andbi ds(chickensandducks).In he li ecycleo sa cocys osis,asexualphaseoccu sin hein es ineo  hede ini i ehos .Thespo ocys sandhumanoocys so Sa cocys is a e sp ead o he en i onmen  ia he eces. The spo ocys s and oocys sa e ansmi ed oin e media ehos sa e  heinges iono  con amina edg ass.Thespo ocys sa e up u ed,and hespo ozo- i esa e eleasedandin ec  heendo helialcellso blood esselsand unde goade elopmen s ageknownasschizogony.Me ozoi esa e eleased omschizon s, ansmi ed omusclecellso o he o gans, and de elop in o cys s wi h b adyzoi es. The ea e , he sa cocys- osiscanbe ansmi ed o hede ini i ehos a e  heinges iono  awo insu icien lycookedmea .Humanscanac asei he anin e - media ehos wi hsa cocys sinskele almuscleand/o o he o gans likehea ,li e ,lung, e ina,andkidneyo asade ini i ehos when he pa asi es occu  in he in es ine (Dubey e al., 2015). The gen- e alsymp omso sa cocys osisdependonwhich oleoccu sin he human,bu canincludemyosi is, e e ,abdominalpain,dis ension, eosinophilia,andwa e ydia heas a ing a app oxima ely1week pos  in ec ion (Bunya a ej, Unpunyo, & Pong ippan, 2007; Faye , 2004). Visual inspec ion o  iden i ica ion o  mac oscopic cys s o  Sa cocys isspp.in he ongue,esophagus,andhea so animalsis hep e e edme hod o de ec iono sa cocys osisinanimalca - casses (Bi encou  e al., 2016). Some species p oduce only mi- c oscopiccys s ha canno beobse edby isualinspec ion.One s udyusedadi ec me hod o  hediagnosiso sa cocys osisbased on a biopsy om in ec ed mea  and a mic oscopic examina ion