Ibridazione a punto inverso per identificare rapidamente le specie di micobatte

Katja Christine Benz

Dr. med. Reverse dot-blot-hybridization per l'identificazione rapida di una specie di micobatteria nato il 13 gennaio 1970 a Stuttgart esame di maturità il 25 maggio 1989 a Ludwigsburg corso di studi della facoltà di medicina dalla SS 1990 alla WS 1997 fisica nel marzo 1992 presso l'università di Heidelberg studio clinico a Heidelberg/Mannheim anno di pratica presso la diakonissenklinikhaus in Mannheim esami statali il 4 novembre 1997 presso l'università di Heidelberg dottorato di dottorato di ricerca: chirurgia Prof. Dr. med. Schmidt-Gayk Il numero di malattie e di tubercolosi causate dalla ecobacteria uberosis (MOTT) è aumentato negli ultimi anni.

Questa evoluzione è strettamente correlata al drastico aumento di malattie come l'AIDS o le malattie tumorali e alle terapie che accompagnano un indebolimento del sistema immunitario. A differenza della micobatteria (M.) tubercolosi, i patogeni MOTT, che rappresentano tutte le specie di micobatteria, tranne M.tuberculosis, M.bovis, M.africanum e M.leprae, sono ubiquiti nell'ambiente e rappresentano potenziali fonti di infezione ovunque attraverso l'acqua, la polvere o gli animali.

La diagnosi di una micobatteria è difficile. I sintomi clinici sono:

L'esame del contenuto di tubercolosi utilizzato come metodo di screening per la tubercolosi e le procedure serologiche diffuse in altre infezioni si sono rivelate poco soddisfacenti per le infezioni da MOTT.

Il metodo tradizionale più diffuso per l'indicazione dei micobatteri è il

La coltivazione di colture batteriche con ulteriore interpretazione della morfologia e della natura

La crescita culturale è necessaria nei paesi in via di sviluppo.

I micobatteri di un periodo di 3-6 settimane e quelli necessari per l'identificazione

I test biochimici sono impegnativi e spesso riservati a pochi laboratori specializzati.

La base dei metodi di diagnosi convenzionali sono le caratteristiche fenomeniche comparativamente poco variabili dei microrganismi, che possono essere codificate da numerose sequenze nucleotide diverse.

Un altro punto di partenza, quindi, sono i metodi di diagnosi genetica molecolare.

La tecnica di ricerca che utilizza queste tecniche è quella di identificare le varie specie di micobatte.

Le segnalazioni di sequenza sono selezionate in base a sequenze caratteristiche, chiamate segnalazioni di sequenza.

Una molecola ideale come sequenza di destinazione di queste sonde genetiche è l'rRNS e il rDNS che le codifica. Si trova universalmente in tutti gli organismi e possiede, oltre alle regioni conservate, aree altamente variabili. Queste sono ottimamente adatte per la costruzione di sonde genetiche specifiche, mentre le sezioni conservate sono utilizzate come punto di legame per l'amplificazione di sezioni di DNA definite in vitro con l'aiuto del PCR.

Una sezione rDNS ottimamente appropriata per la costruzione e la differenziazione delle specie della sonda

è l'inserimento altamente variabile del 23S rDNS in Helix 54 del dominio III, che è specifico per i batteri gram-positivi con un elevato contenuto di G+C nel loro DNA. Questa inserzione consente di differenziare un gran numero di tribù di micobatterie su un frammento di DNA di soli 100 coppie di base di lunghezza.

In questo lavoro è stata elaborata la struttura primaria, finora sconosciuta, dell'inserimento 23S rDNS di cinque tribù di micobatte e sono state corrette alcune sequenze già conosciute. Per le specie di micobatte più isolate o clinicamente rilevanti, è stata progettata una sequenza alignamento rispetto a 29 diversi tipi di micobatte Oligo nucleotidi sonde. Da questi, sono stati sviluppati otto nuovi genotidi e sono stati testati sulla crossreattività, insieme ad otto già conosciuti oligonucleotidi sonde.

In questo modo, se si rilevano stiche più acide nella coltura liquida dopo una breve crescita della coltura, l'identificazione delle specie di micobatteri può avvenire entro un solo giorno, con un risparmio di tempo di 2-6 settimane rispetto ai metodi tradizionali.