GUIADENORMALIZACIÓNDEENTIDADESMÉDICAS
DELCORPUSDELALISTADEESPERANO-GESCHILENA
.1.2
An onia Paz A ancibia
Ma ías Ignacio Chapa o
Tomás Ignacio Buca ey
Pablo Báez Bena ides
2022
Financiación: El desa ollo de es as guías ue apoyado po los p oyec os FONDECYT Pos doc o al
3210395, FONDECYT 11201250, y el P oyec o Basal FB210005 (CMM) de ANID.
Índice
1.In oducción.............................................................................................................................................................2
2.En idadesano maliza ..........................................................................................................................................2
3.Ope a i a..................................................................................................................................................................3
4.C i e ios de No malización...................................................................................................................................4
4.1. Reglas Gene ales (Reglas-G)..................................................................................................................................4
G1. Uso de ecu sos de conocimien o ex e nos..............................................................................................4
G2. Can idad de códigos po en idad.................................................................................................................5
G3. En idades y/o códigos que no es én cla os..............................................................................................5
G4. Modificado es en las ano aciones...............................................................................................................5
G5. Re isión de las eglas de no malización....................................................................................................6
4.2. Reglas Posi i as (Reglas-P): Qué no maliza ....................................................................................................6
4.3. Reglas Nega i as ( eglas-N): Qué no se debe no maliza .............................................................................6
4.4. Ope ado es u ilizados:...........................................................................................................................................6
5.Re e encias..............................................................................................................................................................7
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1. In oducción
El Co pus de la Lis a de Espe a Chilena (CWLC, h ps://zenodo.o g/ eco ds/7555181) cons a de 10.000
in e consul as de a ención p ima ia de salud, las cuales ue on ano adas manualmen e con 7 g upos de
en idades médicas, que se de allan en la sección 2. La figu a 1 mues a un ejemplo de una in e consul a
ano ada de es e co pus, el cual se. A pa i del CWLC, se seleccionó un subconjun o de 2.000 ex os
médicos no malizados de mane a au oma izada con MedLexSp y que ue on e isados manualmen e
siguiendo es as guías de no malización.
Figu a 1. In e consul a ano ada del Co pus de la Lis a de Espe a Chilena.
2. En idades a no maliza
El obje i o es asigna códigos de iden ificado es únicos de concep o (Concep Unique Iden ifie s o CUIs)
del UMLS a las en idades p e iamen e ano adas y p e-no malizadas con MedLexSp.
●Hallazgos (findings): ej. au o alen e (C2229477)
○Resul adode labo a o io de es (Labo a o yo Tes Resul ):ej. bloqueo bi ascicula al
ECG (C2919780).
○Signososín omas(Signo Symp om):ej. pa es esia acial (C0239517)
●En e medades(Disease):ej. diabe es (C0011847)
●Pa es del cue po (BodyPa ):ej. b azo (C1140618)
●Medicamen os(Medica ion)ej. me o mina (C0025598)
●Ab e iación(Abb e ia ion):ej. APS (C0033137)
●Familia es (FamilyMembe ): ej, mad e (C0026591)
●P ocedimien os(P ocedu e)
○P ocedimien osdelabo a o io(Labo a o yP ocedu e)ej. Hemog ama (C0009555)
○P ocedimien osdiagnós icos(Diagnos icP ocedu e)ej. Espi ome ía (C0037981)
○P ocedimien os e apéu icos(The apeu icP ocedu e) ej. Ac omioplas ia de homb o
(C0186663).
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3. Ope a i a
En es a a ea, se no maliza án las en idades enume adas en el apa ado 2, siguiendo las eglas
enume adas en el apa ado 4. Pa a ealiza es a a ea, se disponen de las siguien es he amien as:
●BRAT: u ilizado pa a la ano ación de las in e consul as y sus códigos espec i os. Los códigos se
ag egan a mane a de comen a ios en las ano aciones espec i as.
●MedLexSp: u ilizado pa a asigna códigos au omá icamen e a cie as en idades, los que deben
se e isados y modificados manualmen e an e posibles e o es.
●UMLS Me a hesau us B owse : u ilizado pa a busca los códigos co espondien es de las
en idades del CWLC p e-no malizadas o que no ue on no malizadas con el mé odo au omá ico.
Du an e el p oceso de e isión manual de cada mención, el pe sonal puede en en a cualquie a de los
siguien es escena ios posibles:
●Caso 1: La no malización de MedLexSp pa a dicha mención es co ec a. El codificado no ealiza
ninguna acción adicional.
●Caso 2: La en idad no se ha no malizado au omá icamen e y el codificado ampoco ha
iden ificado códigos aplicables manualmen e. Es os casos co esponden a en idades sin CUI
(CUI-less). El codificado no ealiza ninguna acción adicional.
●Caso 3: La no malización au omá ica no ue co ec a. Exis en dos sub ipos:
○Caso 3.1 La no malización au omá ica ue pa cialmen e co ec a: El codificado añade
uno o más códigos que ambién e an aplicables y se omi ie on, o uno o más códigos
que se añadie on au omá icamen e no se aplicaban a la mención y po lo an o el
codificado los elimina.
○Caso 3.2 La no malización e a inco ec a y el codificado la modifica po comple o.
●Caso 4: La no malización au omá ica no iden ificó códigos aplicables pa a las menciones, pe o
el codificado du an e su e isión manual sí los iden ifica.
4.C i e ios de No malización
La he amien a de no malización au omá ica MedLexSp asigna al a chi o S ando de ano ación un
comen a io que puede se modificado en BRAT. Pa a la asignación o co ección de códigos se emplea la
siguien e con ención: se debe usa el código de concep o más p eciso semán icamen e espec o a la
en idad ano ada. Cuando exis an o os códigos ambién álidos pa a la en idad, se pueden sepa a
empleando una coma (,). Sin emba go, solo se deben inclui los concep os más p óximos, excluyendo
los que son demasiado gene ales así como las subca ego ías.
Ejemplo:
3
Pa a la en idad silicosis se u ilizó el código C0037116 (silicosis) y se excluye on códigos
co espondien es a sub-ca ego ías como Complica ed silicosis (C0264426), Simple silicosis (C0264425),
Subacu e silicosis (C0340191), Acu e silicosis (C0340190).
Pa a la en idad displasia ce ical se u ilizó el código C0007868 (ce ical dysplasia) y se excluye on
códigos gene ales como po ejemplo: Dysplasia (C0334044).
4.1. Reglas Gene ales (Reglas-G).
G1. Uso de ecu sos de conocimien o ex e nos
El p incipal ecu so pa a la no malización es el UMLS Me a hesau us B owse
(h ps://u s.nlm.nih.go /u s/umls/home). La consul a se puede ealiza inicialmen e en español, pe o
dado que la cobe u a de los ecu sos en inglés es mayo que la del español, se puede op a po
emplea las aducciones en inglés de las menciones pa a ealiza la búsqueda. Además, se puede en
caso de conside a lo necesa io, puede fil a la búsqueda, es ingiendo los esul ados a una ca ego ía
semán ica específica. En caso de duda del codificado sob e si co esponde o no un código a una
mención, se puede además consul a o os ecu sos ex e nos, los cuales se lis an a con inuación:
●MedlinePlus: h ps://medlineplus.go /spanish/
●Manual de codificación CIE-10-ES Diagnós icos. Edición 2020.
●Edición elec ónica de la CIE-10-ES: h ps://www.eciemaps.sanidad.gob.es
●Dicciona io de siglas médicas h p://sedom.es/dicciona io/
●PubMED
●Wikipedia
También se pueden consul a o os ecu sos que acili en la comp ensión del é mino o que se puedan
mapea a UMLS como: SNOMED-CT, OMIM, u o as bases de da os.
G2. Can idad de códigos po en idad
Pa a cada en idad se ano an los códigos que co espondan, sepa ados po coma (,). Ejemplos:
Pe sis e con coxalgia y gonalgia de echas [C2202100, C2202235]
En es a en idad ano ada como “Sign o Symp om”, se ano an los códigos pa a coxalgia de echa y
gonalgia de echa espec i amen e.
COXA CONGÉNITA: VARA O VALGA [C0152431, C0152430]
4
En es a en idad ano ada como “Disease”, se ano an los códigos pa a Coxa a a congéni a yCoxa alga
congéni a, espec i amen e.
dificul ad pa a e obje os lejanos y ce canos [C0237249, C0237250]
G3. En idades y/o códigos que no es én cla os
Es posible que algunas menciones gene en dudas cuando la ano ación con iene po ejemplo la
la e alidad. En es as si uaciones no se debe modifica la en idad ni su alcance, pe o se egis an los
casos pa a discu i los en las euniones de consolidación de c i e ios que end án una pe iodicidad
semanal. Po ejemplo, cuando no exis a un código que incluya la la e alidad se puede op a po co egi
la ano ación pa a que sea adecuada al código UMLS disponible, si es que el c i e io médico lo conside a
pe inen e.
G4. Modificado es en las ano aciones.
Los modificado es deben es a excluidos de las en idades (y no malizaciones), sal o que la en idad
enga un código que incluye el modificado . Ejemplo: Ag a amien o de en e medad de la a e ia
co ona ia [C0856171]. En algunos casos, cuando la en idad de una en e medad incluya la palab a
c ónico/agudo, e c., y no exis a código, pe o a c i e io médico sea conside ado ele an e, se man iene el
modificado en la en idad (no se modifica), pe o se usa el código más gené ico.
G5. Re isión de las eglas de no malización.
Las eglas de no malización se án ac ualizadas pe manen emen e en la medida en que nue os casos y
ejemplos complejos se ayan esol iendo.
4.2. Reglas Posi i as (Reglas-P): Qué no maliza
Ab e iaciones:
- No maliza ab e iaciones que se efie en a símbolos de palab as cien íficas o écnicas que
ienen alidez in e nacional (Na, Ag)
- An eceden es gineco-obs é icos como ab e ia u as (G0 co esponde al núme o de
ges aciones):
- G3: C1277583
- P3: C0233072
5
- A0: C0233107
- P uebas de labo a o io, medicamen os y o as en idades que es én ab e iadas
- SOS: Eme gency adminis a ion o medica ion (C0204890)
4.3. Reglas Nega i as ( eglas-N): Qué no se debe no maliza .
Ab e iaciones:
- No no maliza ab e iaciones e e idas a apellidos, o nomb es.
- No no maliza ab e iaciones numé icas o dinales, incluso si es as ienen un código UMLS.
Ejemplo: La ab e iación “3e ” iene asociado un código: C0205437 (Thi d).
4.4. Ope ado es u ilizados:
●“,”:U ilizado pa a sepa a códigos que se efie en a la misma en idad. Ejemplo: ECG → C1623258,
C0013798.
●“|”: U ilizado pa a sepa a los códigos de comen a ios ealizados po el ano ado y/o
codificado .
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5. Re e encias
Báez P., Villena F., Du án M., Duns an J. (2021) Guía de Ano ación de En idades en Tex os Médicos.
h ps://plncmm.gi hub.io/annodoc/
Campillos-Llanos L., Capllonch A., Val e de A. (2021). Guía de no malización de concep os médicos del
co pus NLPMEDTERM.
Boden eide , O. (2004) The Unified Medical Language Sys em (UMLS): in eg a ing biomedical
e minology. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1; 32(Da abase issue): D267–D270. doi: 10.1093/na /gkh061
Mas T., Villa ubia A., Vi ini N., Gonzalez-Agi e A., & K allinge M. (2020). CodiEsp guidelines (Ve sión 1).
Zenodo. h ps://doi.o g/10.5281/zenodo.3730567
Luo YF, Sun W, Rumshisky A. MCN: A comp ehensi e co pus o medical concep no maliza ion. J Biomed
In o m. 2019 Ap ;92:103132. doi: 10.1016/j.jbi.2019.103132 . Epub 2019 Feb 22. PMID: 30802545.
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