Hacia la publicación del futuro: Retos y oportunidades en la interoperabilidad de metadatos para Objetos Digitales

Hacia la publicación del futuro: Retos y oportunidades en la interoperabilidad de metadatos para Objetos Digitales Daniel Garijo, Ontology Engineering Group, Universidad Politécnica de Madrid, Spain Conferencia Internacional sobre Bibliotecas Universitarias 15 Octubre, 2025 [email protected] @dgarijov Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Las bibliotecas digitales son un pilar para la investigación 2 -Publicaciones en acceso abierto -Ayudan a cumplir requisitos de las organismos de financiación -Por. ej: agradecimientos a proyectos -Garantía de preservación Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Es suficiente? La crisis de reproducibilidad en Ciencia 3 https://www.nature.com/articles/533452a Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Es suficiente? La crisis de reproducibilidad en Ciencia 4 https://www.nature.com/articles/533452a Qué rol tienen las bibliotecas digitales aquí? Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Resumen 5 -Los nuevos requisitos de Ciencia Abierta -Las publicaciones del futuro y los principios FAIR -Nuevos retos para bibliotecas: Interoperabilidad de Objetos Digitales Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Resumen 6 -Los nuevos requisitos de Ciencia Abierta -Las publicaciones del futuro y los principios FAIR -Nuevos retos para bibliotecas: Interoperabilidad de Objetos Digitales Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Mejorando el crédito a los científicos 20252010 20122013 https://sfdora.org/read/ 7 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 DORA: Las métricas basadas en artículos no son suficientes https://sfdora.org/read/ 8 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Otras cartas de la comunidad: Leiden Manifesto, Barcelona declaration 9 2013 2024 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Las múltiples interpretaciones de FAIR 16 Otras guías: ●Guidelines for Transparency and Openness Promotion (TOP) [2] ●Reproducibility Enhancement Principles (REP) [3] ●... Datos (inicialmente) [1] Research Software (FAIR4RS) Métodos (FAIR Workflows) Ontologías [1] Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci Data 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18 [2] https://www.cos.io/initiatives/top-guidelines [3] Stodden, V et al Enhancing reproducibility for computational methods https://www.science.org/lookup/doi/10.1126/science.aah6168 … Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Dando soporte a los principios FAIR: Algunos ejemplos 17 Evaluador FAIR para datos: https://f-uji.net/ Librería para evaluar Software científico: https://github.com/oeg-upm/rsfc, https://github.com/fair-software/howfairis/ Evaluador para ontologías: https://w3id.org/foops/ Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Ejemplo en detalle 18 Resumen de metadatos Puntuación FAIR por categoría Puntuación FAIR Categoría FAIR Test Descripción del test Cobertura del test Explicaci de resultados Demo: https://w3id.org/foops/ Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Resumen 19 -Los nuevos requisitos de Ciencia Abierta -Las publicaciones del futuro y los principios FAIR -Nuevos retos para bibliotecas: Interoperabilidad de Objetos Digitales Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Cómo interoperar estos metadatos? 20 Reto: existen múltiples tipos de Objetos Digitales! Qué estándares de metadatos está discutiendo la comunidad? Ejemplos: -Datos -Software -Machine Learning -Research Objects Publicaciones “reproducibles” Texto: Narrativa con los métodos, datos en figuras el software utilizado se menciona Datos: Suplementos, punteros a repositorios de datos Software: Herramientas, preparación de datos análisis y visualización Provenance y métodos: Workflow, diagrama de flujo, parámetros, configuración, logs Adaptado de: Yolanda Gil (Ed). (2016, October 3). The Scientific Paper of the Future: OntoSoft Training. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.159206 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Estándares de metadatos para Datos: W3C DCAT 21 https://www.w3.org/TR/vocab-dcat-3/ Ejemplo: https://data.europa.eu Estándar del W3C para describir datos y catálogos de datos Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Estándares de metadatos para Datos: Schema.org 22 Más de un tercio de la web está anotada con Schema.org https://datasetsearch.res earch.google.com Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Cómo interoperar estos metadatos? Software 23 Reto: existen múltiples tipos de Objetos Digitales! Qué estándares de metadatos está discutiendo la comunidad? Ejemplos: -Datos -Software -Machine Learning -Research Objects Publicaciones “reproducibles” Texto: Narrativa con los métodos, datos en figuras el software utilizado se menciona Datos: Suplementos, punteros a repositorios de datos Software: Herramientas, preparación de datos análisis y visualización Provenance y métodos: Workflow, diagrama de flujo, parámetros, configuración, logs Adaptado de: Yolanda Gil (Ed). (2016, October 3). The Scientific Paper of the Future: OntoSoft Training. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.159206 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Vocabularios de metadatos para Software 24 Credit: Gruenpeter M. and Thornton K. (2018) Pathways for Discovery of Free Software (slide deck from LibrePlanet 2018). https://en.wikipedia.org/wiki/File:Pathways-discovery-free.pdf accessed on 6.11.2020. Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Hacia un estándar de metadatos: El proyecto CodeMeta 25 “The goal of CodeMeta is to create a concept vocabulary that can be used to standardize the exchange of software metadata across repositories and organizations” - https://github.com/codemeta/codemeta Página web: https://codemeta.github.io/ legible por humanos legible por máquinas Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 FAIR4ML como una guía de traducción 32 Al igual que en software, otros esquemas existen -Mapeado a FAIR4ML ○Ejemplos: ■ Modelos: Schema.org, Hugging Face, Bioimage.io, ONNX, DOME recommendations ■ Datasets (usando Croissant): Hugging Face, Bioimage.io, DOME recommendations Castro, L. J., Beuttenmüller, F., Chen, Z., Efeoglu, S., Garijo, D., Psomopoulos, F., Serrano-Solano, B., Shiferaw, K. B., Solanki, D., Wentzel, B., & Zhang, Y. (2023). Towards metadata for machine learning - Crosswalk tables [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.10407320 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Cómo interoperar estos metadatos? 33 Reto: existen múltiples tipos de Objetos Digitales! Qué estándares de metadatos está discutiendo la comunidad? Ejemplos: -Datos -Software -Machine Learning -Research Objects Publicaciones “reproducibles” Texto: Narrativa con los métodos, datos en figuras el software utilizado se menciona Datos: Suplementos, punteros a repositorios de datos Software: Herramientas, preparación de datos análisis y visualización Provenance y métodos: Workflow, diagrama de flujo, parámetros, configuración, logs Adaptado de: Yolanda Gil (Ed). (2016, October 3). The Scientific Paper of the Future: OntoSoft Training. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.159206 Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Research Objects: agregaciones de objetos digitales 34 Qué ocurre cuando queremos describir el contexto de un artículo? Data Software Ontology Data Image RO https://www.researchobject.org/ro-crate/ Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Las bibliotecas digitales deberían ser parte de un ecosistema FAIR 35 Reto: Las bibliotecas han de enlazar con repositorios / agregadores para que todos los recursos de los investigadores sean encontrables Dataset search Repositorios Agregadores Conferencia Internacional Bibliotecas Universitarias, Octubre 2025 Conclusiones 36 Un artículo es mucho más que simple texto: -Propone datos -Usa software -Contiene contexto sobre cómo combinar ambos en experimentos Cómo dar soporte a la Ciencia Abierta y los principios FAIR? -Nuevos estándares de metadatos para datos, software, etc. -El ecosistema FAIR como un paradigma para diseminar metadatos Las bibliotecas digitales son el pilar de la investigación científica. -Podrán ser el pilar de las publicaciones del futuro? Hacia la publicación del futuro: Retos y oportunidades en la interoperabilidad de metadatos para Objetos Digitales Daniel Garijo, Ontology Engineering Group, Universidad Politécnica de Madrid, Spain Conferencia Internacional sobre Bibliotecas Universitarias 15 Octubre, 2025 [email protected] @dgarijov