Le circuit de la publication en sciences et techniques

Document confidentiel – ne peut être reproduit ni diffusé sans l'accord préalable de Sorbonne Université. Le circuit de la publication en sciences et techniques 2025 BIBLIOTHÈQUE DE SORBONNE UNIVERSITÉ 2 Sommaire INTRODUCTION ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE PRÉPARATION DU MANUSCRIT DROIT D’AUTEUR EN SCIENCE MODÈLES DE DIFFUSION 1 0 2 3 4 3 0 INTRODUCTION 4 Qu’est-ce qu’une publication scientifique ? ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE 5 Qu’est-ce qu’une publication scientifique ? ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE •Travail de recherche •Produit par des scientifiques • Validé par d’autres scientifiques •Publié via un support par une instance spécialisée 6 Qu’est-ce qu’on inclut dans la publication scientifique ? ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Article de recherche Article de review Data paper Notebook Chapitre d’ouvrage Livre Communication 7 La publication scientifique en chiffres ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE de publications scientifiques dans le monde par an (2022) (1) des publications mondiales comptent une signature française (2022) (1) (1) OST (2024), La position scientifique de la France dans le monde et en Europe, 2005-2018, Hcéres, Paris 2,9 millions 2,1 % 8ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE des publications scientifiques mondiales relèvent des SHS (2022)(1) des publications scientifiques mondiales sont en anglais (2) (1) OST (2024), La position scientifique de la France dans le monde et en Europe, Hcéres, Paris (2) Iturralde-Pólit, Safa Fanaian, Diego Peralta, Julie Teresa Shapiro, Katharine Owens, Rebecca Tarvin, Paula. « Promouvoir la science en supprimant les barrières linguistiques ». Globaldev Blog, 11 avril 2022, https://globaldev.blog/fr/promouvoir-la-science-en-supprimant-les-barrieres-linguistiques/ 13,3 % 90 % + La publication scientifique en chiffres 9 1 ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE 16 Comment choisir sa revue ? 1. Quel périmètre ? (cf. aims and scope) 2. Quelle qualité éditoriale ? (évaluation par les pairs, comité de rédaction, etc.) 3. Quelle visibilité ? (cf. indexing, abstracting) 4. Quelle politique de diffusion ? (libre accès ou non, avec ou sans frais de publication) Lien utile Sélecteur de revues JANE (basé sur les revues indexées dans PubMed) Lien utile Test Compass to Publish : est-ce une revue prédatrice ? Attention aux revues prédatrices ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Chercheur.se.s Choix de la revue ? Editeur.rice.s Étudiants Jeunes chercheurs Titulaires LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Chercheur.se.s Choix de la revue Editeur.rice.s Étudiants Jeunes chercheurs Titulaires LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Evaluation ⚫Originalité ⚫Cohérence éditoriale ⚫Contenu scientifique Chercheur.se.s Choix de la revue Editeur.rice.s (editorial board) Professionnel.le.s issu.e.s du milieu de l’édition LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Evaluation ⚫Originalité ⚫Cohérence éditoriale ⚫Contenu scientifique Chercheur.se.s Choix de la revue Editeur.rice.s (editorial board) Évaluation par les pairs ⚫Originalité ⚫Cohérence éditoriale ⚫Contenu scientifique Chercheurs reviewers Expert.e.s scientifiques mandaté.e.s par l’éditeur.rice scientifique (non payé.e.s pour cette tâche) 21 Types de peer-review Pas d’anonymat Anonymat simple Anonymat double - Anonymat des reviewers - Anonymat des reviewers - Anonymat des auteurs Open peer-review Pas d’open peer-review Transparence - Identité des acteurs - Publication des reviews - Publication des réponses aux auteurs ACTEURS ET CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Chercheur.se.s Editeur.rice.s Décision Refus Acceptation Relecture par les pairs / Révision / Révision 24 HTTPS://WWW.NATURE.COM/NATURE/FOR-AUTHORS/EDITORIAL-CRITERIA-AND-PROCESSES 8% 200 articles soumis par semaine « Many submissions are declined without sent for review » 25 Mode de publication alternatif : les épi-revues (overlay journals) Exemple d’Episciences 1. Soumission du preprint dans une archive ouverte (HAL, arXiv, etc.) 2. Peer-review en simple aveugle ou en open peer-review 3. Dépôt de la nouvelle version du manuscrit auteur dans l’archive ouverte 4. Publication de la version finale dans la revue / archive ouverte Lien utile Liste des revues Episciences 26 Mode de publication alternatif : l’exemple de PCi Plateforme de peer-review 1. Dépôt du preprint dans une archive ouverte (HAL, SOF, bioRxiv, arXiv, etc.) 2. Open peer-review 3. Puis, éventuellement, au choix, publication dans : •PCi journal •PCi –friendly journal •Autres revues Lien utile Liste complète des communautés PCi 33 Langage, conventions, nomenclatures Nomenclatures particulières ⚫Noms d’espèces ⚫Gènes et protéines ⚫Molécules ⚫Etc. PRÉPARATION DU MANUSCRIT Liens utiles Chimie organique : Blue Book Gènes (être humain) : HGNC Guidelines Protéines : International Protein Nomenclature Guidelines Exemple 34 Déclarations légales et éthiques Liste des auteurs ⚫Noms ⚫Ordre ⚫Affiliations (laboratoire, université, institut) ⚫Contribution (varie selon les journaux) PRÉPARATION DU MANUSCRIT Exemple 35 Règles de signature à SU Doctorants SU effectuant leur thèse dans des structures dont SU est tutelle Sorbonne Université, autre(s) tutelle(s) universitaire(s), autre(s) tutelle(s) établissement(s), nom de la structure en toutes lettres, sigle de la structure, F-75XXX Paris, France Ex : Sorbonne Université, CNRS, Laboratoire de Réactivité de Surface, LRS, F-75005 Paris, France Pas de numéro d’UMR Pas de « ; » Liens utiles Règles de signature de SU Doctorants SU effectuant leur thèse dans des structures dont SU n’est pas tutelle 1 - Sorbonne Université, Collège Doctoral, F-75005 Paris, France 2 - Structure sans tutelle Sorbonne Université Exercice Quelle est votre signature ? 3 min PRÉPARATION DU MANUSCRIT 36 Déclarations légales et éthiques Liste des auteurs ⚫Noms ⚫Ordre ⚫Affiliations (laboratoire, université, institut) ⚫Contribution (varie selon les journaux) Financements ⚫Bourse de thèse ⚫ANR ⚫ERC ⚫Etc. Ethique et intégrité scientifique ⚫Déclaration de conflit d’intérêt PRÉPARATION DU MANUSCRIT Exemple Liens utiles International ethical guidelines for health-related research involving humans, 2016 Animal use alternatives (3R) and guidelines Comité d’éthique pour la recherché de SU 37 Matériel, données, images Traitement des images ⚫Manipulations autorisées ou non ⚫Logiciels et outils ⚫Dépôt des images brutes Conservation au laboratoire ⚫Carnets de labo ⚫Échantillons ⚫Images et données brutes PRÉPARATION DU MANUSCRIT Exemple 38 Matériel, données, images Traitement des images ⚫Manipulations autorisées ou non ⚫Logiciels et outils ⚫Dépôt des images brutes Conservation au laboratoire ⚫Carnets de labo ⚫Échantillons ⚫Images et données brutes PRÉPARATION DU MANUSCRIT Liens utiles Article : Rossner M, Yamada KM. What's in a picture? The temptation of image manipulation. J Cell Biol. 2004 Jul 5;166(1):11-5. doi: 10.1083/jcb.200406019. PMID: 15240566; PMCID: PMC2172141. CSE White Paper on Publication Ethics > 3.4 Digital Images and Misconduct 39 Référencement Matériel et méthodes ⚫Listing des réactifs utilisés (nom, marque, référence etc.) Citations et bibliographie ⚫Attention au plagiat ⚫Norme bibliographique (imposée par le journal) Mise à disposition de données et de matériel ⚫Séquence de ADN, ARN et protéines ⚫Échantillons (plasmides etc.) ⚫Structures moléculaires ⚫Code informatique ⚫Essais cliniques ⚫Protocoles ⚫Datasets (> open data) PRÉPARATION DU MANUSCRIT 40 Exercice •Trouver les pages web des revues pertinentes pour vous •Identifier les informations relatives à la revue •Quelle est sa thématique, son public cible ? •Quelle indexation dans les bases internationales ? •Quel(s) type(s) de peer-review ? •Identifier les consignes utiles aux auteur-trices •Types de publications acceptés ? • Présence d’un template ? •Rubrique sur la nomenclature ? • Rubriques sur l’éthique et l’intégrité scientifique ? •Rubrique sur les références ? ➢Quelle norme bibliographique ? •Rubrique sur les « supplementary materials » ? ➢Image : quelles consignes relatives aux manipulations ? ➢Formats de fichier acceptés ? ➢Taille et stockage ? 15 min LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Décision Evaluation ⚫Originalité ⚫Cohérence éditoriale ⚫Contenu scientifique Chercheur.se.s Editeur.rice.s scientifique Refus Acceptation Exigence des éditeurs LE CIRCUIT DE LA PUBLICATION SCIENTIFIQUE Production des données Rédaction Soumission Chercheur.se.s Editeur.rice.s Décision Refus Acceptation Relecture par les pairs / Révision / Révision 49 Cession des droits de diffusion Exemple 50 Non-cession exclusive des droits de diffusion Exemple 51 Exercice : contrat Elsevier https://tinyurl.com/contratediteur En signant ce contrat d’édition ➢Cédez-vous vos droits de diffusion de manière exclusive ou non exclusive ? ➢Pouvez-vous déposer votre preprint dans une archive ouverte ? Dans l’affirmative, avec ou sans embargo ? ➢Pouvez-vous déposer votre postprint dans une archive ouverte ? Dans l’affirmative, avec ou sans embargo ? ➢Pouvez-vous déposer le PDF éditeur dans une archive ouverte ? Dans l’affirmative, avec ou sans embargo ? ➢Pouvez-vous traduire et diffuser librement la version traduite de votre article ? 15 min DROIT D’AUTEUR EN SCIENCES 53 Contrat, Consent, Author agreement, Copyright agreements… Un contrat ça se négocie, y compris avec les éditeurs Vous pouvez demander la modification de votre contrat de publication, notamment pour conserver certains droits de diffusion ou de réutilisation ultérieures de vos travaux. Des personnels de la bibliothèque sont là pour vous accompagner dans ces démarches au département « Publications et Open Access » [email protected] DROIT D’AUTEUR EN SCIENCES 54 4 MODÈLES DE DIFFUSION 55 Envolée des coûts d’abonnement 2018, Université de Liège : perte de l’équivalent de 3 postes de chercheurs / an à cause de l’augmentation des frais d’abonnements aux revues 105 111 118 95 100 105 110 115 120 Année 2014 Année 2019 Année 2021 Coût des abonnements aux ressources électroniques en France (millions € / an) Sources •Académie des Sciences, 2014 •ESGBU 2019 •ESGBU 2021 MODÈLES DE DIFFUSION 56 Inégalité d’accès aux publications scientifiques Source : Worldwide inequality in access to full text scientific articles: the example of ophthalmology 57 Voies du libre accès Qui paie ? Publication GOLD DIAMOND GREEN Archive ouverte MODÈLES DE DIFFUSION 58 Qui paie ? Publication GOLD DIAMONDGREEN Publier en libre accès chez l’éditeur L’auteur publie dans une revue à abonnement / une plateforme payante L’université paie l’abonnement / un particulier paie l’article Archive ouverte MODÈLES DE DIFFUSION 59 Qui paie ? Publication GOLD DIAMONDGREEN Publier en libre accès chez l’éditeur L’auteur publie dans une revue à abonnement / une plateforme payante L’université paie l’abonnement / un particulier paie l’article L’auteur sauvegarde l’article dans une archive ouverte (6 mois d’embargo maximum) Archive ouverte MODÈLES DE DIFFUSION 66 Qui paie ? Publication GOLD DIAMONDGREEN L’auteur publie dans une revue à abonnement / une plateforme payante L’université paie l’abonnement / un particulier paie l’article Archive ouverte L’auteur publie en libre accès dans une revue / sur une plateforme Les auteurs ou leur institution paient les APC/BPC à l’éditeur L’auteur sauvegarde l’article dans une archive ouverte (6 mois d’embargo maximum) L’auteur sauvegarde l’article dans une archive ouverte (sans embargo) L’auteur publie en libre accès dans une revue / sur une plateforme Aucun APC/BPC ; subvention de l’institution pour des services supplémentaires L’auteur sauvegarde l’article dans une archive ouverte (sans embargo) Récapitulatif : 3 voies du libre accès MODÈLES DE DIFFUSION 67 Archive ouverte HAL Française. Née en 2001 CCSD, unité mixte de service (INRIA, CNRS) 1 base derrière les portails institutionnels Pour déposer et diffuser vos publications Portail HAL de Sorbonne Université http://hal.sorbonne-universite.fr MODÈLES DE DIFFUSION 68 Open Policy Finder HTTPS://OPENPOLICYFINDER.JISC.AC.UK MODÈLES DE DIFFUSION Plateforme de recensement des politiques éditoriales des journaux académiques ⚫Diffusion (Open Access) ⚫Archivage (plateforme institutionnelle type HAL, site web institutionnel ou personnel etc.) ⚫Politique accords transformants 69 Loi pour une République numérique (1/3) But : possibilité pour les chercheurs financés par des fonds publics (50% au moins) de mettre leurs publications en libre accès dans une archive ouverte… Conditions : …quelle que soit la politique de l’éditeur •Quel type de publication ? •Quelle version ? •Quand ? Publié dans un périodique qui paraît au moins 1x/an Postprint (manuscrit auteur accepté) Embargo de 6 mois (Sciences) 70 Loi pour une République numérique (2/3) Article 30 Le chapitre III du titre III du livre V du code de la recherche est complété par un article L. 533-4 ainsi rédigé : «Art. L. 533-4.-I.-Lorsqu'un écrit scientifique issu d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales ou des établissements publics, par des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne est publié dans un périodique paraissant au moins une fois par an, son auteur dispose, même après avoir accordé des droits exclusifs à un éditeur,du droit de mettre à disposition gratuitement dans un format ouvert, par voie numérique, sous réserve de l'accord des éventuels coauteurs, la version finale de son manuscrit acceptée pour publication, dès lors que l'éditeur met lui-même celle-ci gratuitement à disposition par voie numérique ou, à défaut, à l'expiration d'un délai courant à compter de la date de la première publication. Ce délai est au maximum de six mois pour une publication dans le domaine des sciences, de la technique et de la médecine et de douze mois dans celui des sciences humaines et sociales. «La version mise à disposition en application du premier alinéa ne peut faire l'objet d'une exploitation dans le cadre d'une activité d'édition à caractère commercial. «II.-Dès lors que les données issues d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics, des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne ne sont pas protégées par un droit spécifique ou une réglementation particulière et qu'elles ont été rendues publiques par le chercheur, l'établissement ou l'organisme de recherche, leur réutilisation est libre. «III.-L'éditeur d'un écrit scientifique mentionné au Ine peut limiter la réutilisation des données de la recherche rendues publiques dans le cadre de sa publication. «IV.-Les dispositions du présent article sont d'ordre public et toute clause contraire à celles-ci est réputée non écrite. » 71 Loi pour une République numérique (3/3) Lien utile : FAQ de l’article 30 de la loi Pour une République Numérique MODÈLES DE DIFFUSION 72 GOLD DIAMOND GREEN Stratégie de non cession des droit Étape 1 : apposer une licence CC-BY 73 Stratégie de non cession des droits Étape 1 : apposer une licence CC-BY …sur chaque version du manuscrit (de la soumission à la version relue et corrigée par les pairs) : du preprint au postprint Comment apposer une licence ? •Indiquer la version de la licence (actuellement : v4) •Ajouter une URL de renvoi vers la description de la licence •Optionnel : ajouter le logo de la licence Exemple : Paternité -CC-BY 4.0 Lien utile : Initialement, la stratégie de non cession des droits a été mise en avant par des financeurs de la recherche (cOAlition S – dont font partie l’ANR et Horizon Europe) 74 Stratégie de non cession des droit Étape 2 : informer l’éditeur Phrase-type (hors financement cOAlition S) « À des fins de diffusion en accès ouvert, une licence CC-BY a été appliquée par les auteurs au présent document et le sera à toute version ultérieure jusqu’au manuscrit auteur accepté pour publication résultant de cette soumission. » Où l’ajouter ? •Dès la première page du manuscrit •Dans la partie des remerciements (acknowledgement section) •Cover letter 75 Étape 3 : signature du contrat avec l’éditeur La licence CC-BY dès l’étape de soumission prime sur les conditions posées ultérieurement par l’éditeur Étape 4 : déposer dans une archive ouverte Exemple : HAL Préciser la licence ouverte lors du dépôt Lien utile : Guide de la stratégie de non cession des droits Stratégie de non cession des droit