Neumonía adquirida en la comunidad de etiología viral: diversidad, especificidad diagnóstica y factores pronósticos

TESIS DOCTORAL Neumonía adquirida en la comunidad de etiología viral: diversidad, especificidad diagnóstica y factores pronósticos Judith Berastegui Cabrera Graduada en Biología Directores de tesis Jerónimo Pachón Díaz Javier Sánchez Céspedes Tutora de tesis María Elisa Cordero Matía Programa doctoral Biología Molecular, Biomedicina e Investigación Clínica Departamento de Medicina Universidad de Sevilla 2022 La Dra. María Elisa Cordero Matía, Profesora de Medicina de la Universidad de Sevilla e Investigadora Responsable del Grupo de Infecciones Víricas y en Pacientes Inmunodeprimidos, como Tutora de la Tesis Doctoral, el Dr. Jerónimo Pachón Díaz, Profesor Emérito de Medicina de la Universidad de Sevilla, como Director de la Tesis Doctoral, y el Dr. Javier Sánchez Céspedes, Investigador Posdoctoral “Nicolás Monardes”, como Director de la Tesis Doctoral. CERTIFICAN: Que el trabajo de investigación que lleva por título “Neumonía adquirida en la comunidad de etiología viral: diversidad, especificidad diagnóstica y factores pronósticos” ha sido realizado bajo su dirección por la Graduada en Biología Dña. Judith Berastegui Cabrera, y reúne las condiciones necesarias para ser leído y defendido como Tesis Doctoral para optar al grado de Doctor por la Universidad de Sevilla. Para que conste a los efectos oportunos, expiden el presente certificado en Sevilla a 29 de abril de 2022. María Elisa Cordero Matía Jerónimo Pachón Díaz Javier Sánchez Céspedes “Lo importante es no tener arrugas en el cerebro” Margarita Salas “Cuando emprendas tu viaje a Ítaca pide que el camino sea largo, lleno de aventuras, lleno de experiencias, y hazte con hermosas mercancías. Así, sabio como te has vuelto, con tanta experiencia, entenderás ya qué significan las Ítacas” Gracias, Amelia AGRADECIMIENTOS Una vez alcanzada esta meta, llega el momento de mirar atrás, de ver todo el camino recorrido y de agradecer a todas las personas que han estado acompañándome durante esta travesía. En primer lugar a quien le agradezco haber conseguido esta tesis es a quien ha sido mi primer tutor y actual director, a Jerónimo Pachón, quien me ha dado la oportunidad de formar parte de este grupo de investigación y ha estado dispuesto a descolgar el teléfono cada vez que surgía la más mínima duda al escribir este manuscrito. Y, por supuesto, a Javi, mi director de tesis, por enseñarme a ser científica, por pedir cada vez más de mí porque, pese a las posibles dificultades, sabías que podía con ello, pero sobre todo, por haberme abierto la puerta tanto a una investigación molecular básica como a una investigación clínica aplicada; gracias por tu confianza en mí. Gracias también a ti, Elisa, mi actual tutora, por haber aceptado esta tesis como tuya, siendo además la actual responsable de este gran grupo. Por supuesto tengo que reconocer que este trabajo no hubiera sido posible sin todos mis compañeros de laboratorio, porque, de una u otra forma, también están en esta tesis. A Menia y Younes, por estar ahí para resolver mis dudas con su experiencia, sobre todo en modelos animales. A Gema, Andrea, Rafa y Ángel por animarme cada día con su personalidad, sus comentarios y la experiencia de pre-docs. A Tania, Soraya, Silvia y Andrea, por su predisposición a ayudarme siempre y por su sentido del humor que anima a cualquiera; estoy segura de que los ratones y las bacterias son más felices si saben que sois vosotras quienes las cuidáis. A “mis virus”: A Josan, por abrirme camino y enseñarme todo lo necesario para manejarme en el laboratorio. A Marta, la chica de la eterna sonrisa, porque sin su apoyo el coronavirus me habría inundado en el laboratorio. A Cristina, por su predisposición constante a trabajar y a ayudarme con cualquier experimento, siendo unas “manos” más desde que llegó. A María, quien espero que siga mis pasos y sea la próxima pre-doc, por todo tu potencial, tu organización, tu implicación y tus ganas y esfuerzo constante, y, por supuesto, por transmitirlo y compartirlo conmigo en el trabajo diario, no tengo duda de que todo ello te llevará a alcanzar lo que te propongas. A toda la gente de documentación, a Juan Carlos por su implicación en la inclusión de pacientes y de datos, y a Macarena por su predisposición a llegar siempre a cada paciente para la toma de muestras. Esta tesis también es el fruto de vuestro incesante trabajo. A Carmen, que junto a Macarena, se han convertido no sólo en compañeras de trabajo, sino en amigas en las que poder confiar y con quienes poder contar para todas aquellas aventuras que ocurren fuera del trabajo. A Ángel y a Ana por esos desayunos de risas y ciencia, por los lab-meeting alternativos, pero en especial a ti, Ana, por ir mucho más allá, por ser una amiga, una confidente, un punto de apoyo, una mentora y porque, aunque “todo es mentira”, por no perder nunca las ganas de intentarlo y de demostrar todos tus conocimientos adquiridos desde la experiencia en tantos laboratorios. A mis compañeros de la escuela de idiomas, en especial a Mariló y María José, por ayudarme a aprender inglés, por compartir conmigo los nervios de las certificaciones y, sin duda, por acompañarme cada curso para recordarme que lo más importante de estar allí, es divertirse. A Mery, mi mejor amiga, porque siempre la llevo en mi maleta allá donde vaya, porque ha estado en todos los momentos relevantes de mi vida y sigue a mi lado, porque siempre la noto cerca y porque sé que sólo me hace falta pedirle el “informe de supervivencia” para que mantengamos conversaciones eternas. Gracias, amiga, por hacerme saber que la distancia nunca existe si tienes ganas tener a alguien en tu vida. A Esther y al recién estrenado Dr. José, por ser los “microbichólogos” en los que puedo confiar plenamente tanto para reírnos de cosas insulsas como para tener conversaciones profundas de apoyo y desahogo, por buscar siempre fechas para coincidir, por haber hecho de este camino un disfrute constante y por expresarme vuestra visión del mundo y de todo lo que seremos capaces de hacer. Ya sabéis, “lo que ha unido el máster, que no lo separe la micro”. Me gustaría terminar agradeciendo a otro importante pilar de apoyo como es mi familia. Especialmente a mi madre, por su fuerza, por creerme siempre capaz de todo y por trasmitirse su capacidad de esfuerzo y tenacidad para lograr lo que uno desea. Gracias, mamá, por ir siempre de mi mano en cada paso que he ido dando. Por último, esa persona especial, mi compañero de vida, gracias, Iker, por alegrar mis días, por secar mis lágrimas, por ser mi apoyo con tus palabras y con tus abrazos de fuerza e impulso para seguir adelante. Simplemente, gracias por hacerme sentir la persona más afortunada de este mundo durante 10 años y por demostrar que cualquier cambio de hogar merece la pena, si es a tu lado y al de Kove. as potent human adenovirus inhibitors. J Med Chem. 12 Nov 2020; 63(21):12830- 12852. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c01226. * Los autores contribuyeron igualmente. 7. Salto-Alejandre, S.; Berastegui-Cabrera, J.; Camacho-Martínez, P.; Infante- Domínguez, C.; Carretero-Ledesma, M.; Crespo-Rivas, J. C.; Márquez, E.; Lomas, J. M.; Bueno, C.; Amaya, R.; Lepe, J. A; Cisneros, J. M.; Pachón, J.; Cordero, E.; Sánchez-Céspedes, J.; Virgen del Rocío Hospital COVID-19 Working Team. SARS- CoV-2 viral load in nasopharyngeal swabs is not an independent predictor of unfavorable outcome. Sci Rep. 21 Jun 2021; 11(1):12931. DOI: 10.1038/s41598- 021-92400-y. 8. Berastegui-Cabrera, J.*; Salto-Alejandre, S.*; Valerio, M.; Pérez-Palacios, P.; Revillas, F. A. L.; Abelenda-Alonso, G.; Oteo-Revuelta, J. A.; Carretero-Ledesma, M.; Muñoz, P.; Pascual, Á.; Gozalo, M.; Rombauts, A.; Alba, J.; García-Díaz, E.; Rodríguez-Ferrero, M. L.; Valiente, A.; Fariñas, M. C.; Carratalà, J.; Santibáñez, S.; Camacho-Martínez, P.; Pachón, J.; Cisneros, J. M.; Cordero, E.; Sánchez-Céspedes, J. SARS-CoV-2 RNAemia is associated with severe chronic underlying diseases but not with nasopharyngeal viral load. J Infect. Mar 2021; 82(3):e38-e41. DOI: 10.1016/j.jinf.2020.11.024. * Los autores contribuyeron igualmente. 9. Xu, J.*; Berastegui-Cabrera, J.*; Carretero-Ledesma, M.; Chen, H.; Xue, Y.; Wold, E. A.; Pachón, J.; Zhou, J.; Sánchez-Céspedes, J. Discovery of a small molecule inhibitor of human adenovirus capable of preventing escape from the endosome. Int J Mol Sci. 5 Feb 2021; 22(4):1617. DOI: 10.3390/ijms22041617. * Los autores contribuyeron igualmente. 10. Salto-Alejandre, S.; Berastegui-Cabrera, J.; Camacho-Martínez, P.; Infante- Domínguez, C.; Carretero-Ledesma, M.; Crespo-Rivas, J. C.; Márquez, E.; Lomas, J. M.; Bueno, C.; Amaya, R.; Lepe, J. A; Cisneros, J. M.; Pachón, J.; Cordero, E.; Sánchez-Céspedes, J.; Virgen del Rocío Hospital COVID-19 Working Team. SARS- CoV-2 viral load in nasopharyngeal swabs is not an independent predictor of unfavorable outcome. Sci Rep. 21 Jun 2021; 11(1):12931. DOI: 10.1038/s41598- 021-92400-y. 11. Mazzotta, S.*; Berastegui-Cabrera, J.*; Vega-Holm, M.; García-Lozano, M. D. R.; Carretero-Ledesma, M.; Aiello, F.; Vega-Pérez, J. M.; Pachón, J.; Iglesias-Guerra, F.; Sánchez-Céspedes J. Design, synthesis and in vitro biological evaluation of a novel class of anti-adenovirus agents based on 3-amino-1,2-propanediol. Bioorg Chem. Sep 2021; 114:105095. DOI: 10.1016/j.bioorg.2021.105095. * Los autores contribuyeron igualmente. Comunicaciones a congresos 1. Sánchez-Céspedes, J.; Berastegui-Cabrera, J.; Martín-Gutiérrez, G; García-Díaz, E.; Valerio, M.; Pérez-Palacios, P.; Arnáiz-De las Revillas, F.; Abelenda-Alonso, G.; Alba-Fernández, J.; Cordero-Matía, E. Asociación de SARS-CoV-2 ARNemia con los síntomas y el pronóstico de la COVID-19. I Congreso Nacional COVID-19. 13- 19 Septiembre 2020, Madrid, España. 2. Sánchez-Céspedes, J.; Berastegui-Cabrera, J.; Carretero-Ledesma, M.; Salto- Alejandre, S.; Valerio, M.; Pérez-Palacios, P.; Arnáiz-De las Revillas, F.; Abelenda- Alonso, G.; Oteo-Revuelta, F.; Muñoz, P.; Pascual, Á.; Linares, L.; Ramos-Martínez, M.; Fernández-Ruiz, M.; Rombauts, A.; Giokoetxea-Aguirre, J.; Rodríguez-Ferrero, M.L.; Alba-Fernández, J.; González-Rico, C.; Valiente, M. A.; Marcos, J.; Calderón- Parra, J.; Aguado, J. M.; García-Díaz, E. Carratalà, J.; Blanco-Vidal, M. J.; Muñoz, P.; Santibáñez, S.; Fernández-Martínez, M.; Bodro, M.; Roca, C.; Praena, J.; Navarro-Amuedo, M. D.; Camacho-Martínez, P.; Cordero-Matía, E. Sánchez- Céspedes, J. SARS-CoV-2 RNAaemia in COVID-19 adult patients and its association to clinical findings and outcomes. 1st European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Conference on Coronavirus Disease. 23-25 Septiembre 2020, Basel, Suiza. 3. Berastegui-Cabrera, J.; Xu, J.; Chen, H.; Pachón, J.; Zhou, J.; Sánchez-Céspedes, J. Optimization of a series of salicylamide derivatives of niclosamide as potent antiviral agents against human adenovirus. 14th International Adenovirus Meeting. 18-21 Abril 2021, Toledo, España. 4. Carretero-Ledesma, M.; Camacho-Martínez, P.; Sánchez-Céspedes, J.; Berastegui- Cabrera, J.; Abelenda-Alonso, G.; Giokoetxea-Aguirre, J.; Arnáiz-De las Revillas, F.; Pérez-Palacios, P.; Santibáñez, S.; Rombauts, A.; Blanco-Vidal, M. J.; González- Rico, A.; Valiente, A.; Alba, J.; García-Díaz, E.; Carratalà, J.; Rodríguez-Álvarez, R.; Fernández-Martínez, M.; Pascual, Á.; Oteo-Revuelta, F.; Pachón, J.; Lepe, J. A.; Cisneros, J. M.; Cordero-Matía, E.; Sánchez-Céspedes, J. Impacto clínico de las coinfecciones virales y bacteriana en pacientes con COVID-19 hospitalizados. 17-18 Junio 2021, Sevilla, España. Patentes 1. Zhou, J.; Xu, J.; Sánchez-Céspedes, J.; Berastegui-Cabrera, J.; Pachón-Ibáñez, M. E.; Pachón, J.; Chakrabarti, M. Salycilamide derivatives and related methods of making. PCT/US2021/015072 2. Pech-Puch, D. J.; Jiménez-González, C.; Rodríguez-González, J.; Pachón, J.; Berastegui-Cabrera, J.; Sánchez-Céspedes, J. Furan, thiophene or gamma-lactam sesterterpene tetronic acids useful as antiviral compounds against infections caused by human adenovirus. PCT/EP2020/071980. INDICE DE CONTENIDOS ABREVIATURAS ........................................................................................................ 24 RESUMEN .................................................................................................................... 29 INTRODUCCIÓN ........................................................................................................ 33 1. Antecedentes ...................................................................................................... 35 2. Impacto global de la NAC ................................................................................. 36 2.1. Epidemiología .............................................................................................. 36 2.2. Principales etiologías ................................................................................... 37 3. Etiologías virales específicas ............................................................................. 39 3.1. Rinovirus ...................................................................................................... 39 3.2. Virus influenza.............................................................................................. 39 3.3. Virus respiratorio sincitial ........................................................................... 41 3.4. Coronavirus .................................................................................................. 41 3.5. Adenovirus .................................................................................................... 43 3.6. Otros virus .................................................................................................... 44 4. Etiologías mixtas en pacientes con NAC.......................................................... 44 5. Manifestaciones clínicas de la NAC ................................................................. 46 6. Índices pronósticos en la NAC viral ................................................................. 48 7. Diagnóstico etiológico de la NAC ..................................................................... 52 7.1. Etiología bacteriana ..................................................................................... 52 7.2. Etiología viral .............................................................................................. 53 8. Biomarcadores predictores de la NAC viral ................................................... 55 9. Tratamiento y prevención de las principales etiologías virales de la NAC .. 56 9.1. Tratamientos antivirales .............................................................................. 56 9.2. Vacunas ........................................................................................................ 58 FUNDAMENTOS ......................................................................................................... 61 HIPÓTESIS ................................................................................................................... 65 OBJETIVOS ................................................................................................................. 70 MATERIAL Y MÉTODOS ......................................................................................... 75 1. Diseño y ámbito del estudio .............................................................................. 77 2. Sujetos de estudio. Criterios de inclusión y exclusión .................................... 77 3. Definiciones ........................................................................................................ 78 4. Monitorización y seguimiento de los pacientes ............................................... 78 INDICE DE CONTENIDOS 5. Recogida de datos clínicos ................................................................................. 79 6. Determinación de la etiología de los pacientes con NAC ............................... 80 6.1. Etiología bacteriana ..................................................................................... 80 6.2. Etiología viral .............................................................................................. 80 7. Determinación de la carga viral ....................................................................... 81 8. Análisis estadístico ............................................................................................. 81 9. Consideraciones éticas ....................................................................................... 83 RESULTADOS ............................................................................................................. 85 Características de los pacientes incluidos en las cohortes prepandémica y pandémica .................................................................................................................................... 87 Objetivos referentes a la diversidad etiológica, la carga viral en muestras respiratorias y la presencia de viremia en la NAC en adultos ......................................................... 91 Objetivos referentes a la sensibilidad y especificidad de las diferentes muestras en el estudio etiológico de la neumonía adquirida en la comunidad en pacientes adultos, en el periodo prepandémico de la COVID-19 ............................................................... 106 Objetivos referentes al valor de los índices de gravedad para la NAC de diferentes etiologías en pacientes adultos hospitalizados.......................................................... 108 DISCUSIÓN ................................................................................................................ 122 Diversidad etiológica, carga viral en muestras respiratorias y presencia de viremia en la NAC en adultos .................................................................................................... 124 Sensibilidad y especificidad de las diferentes muestras en el estudio etiológico de la neumonía adquirida en la comunidad en pacientes adultos, en el periodo prepandémico de la COVID-19 ....................................................................................................... 129 Valor de los índices de gravedad para la NAC de diferentes etiologías en pacientes adultos hospitalizados ............................................................................................... 131 CONCLUSIONES ...................................................................................................... 136 ANEXOS ..................................................................................................................... 141 ANEXO 1. Consentimiento informado del proyecto “Desarrollo e implementación de criterios diagnósticos con elevada especificidad para la identificación de la etiología viral de la neumonía adquirida en la comunidad (PI17/01055)” .............................. 143 ANEXO 2. Consentimiento informado del proyecto “Estudio de la carga viral de SARS-CoV-2 en vías respiratorias y sangre como factor asociado al pronóstico de la COVID-19 en adultos (COV20_00580)” ................................................................. 145 INDICE DE CONTENIDOS ANEXO 3. Cuaderno de recogida de datos del proyecto “Desarrollo e implementación de criterios diagnósticos con elevada especificidad para la identificación de la etiología viral de la neumonía adquirida en la comunidad (PI17/01055)” .............................. 147 ANEXO 4. Cuaderno de recogida de datos del proyecto “Estudio de la carga viral de SARS-CoV-2 en vías respiratorias y sangre como factor asociado al pronóstico de la COVID-19 en adultos (COV20_00580)” ................................................................. 151 BIBLIOGRAFÍA ........................................................................................................ 157 ABREVIATURAS INTRODUCCIÓN INTRODUCCIÓN 35 1. Antecedentes La etiología viral de la neumonía adquirida en la comunidad (NAC) en pacientes adultos inmunocompetentes continúa siendo un tema controvertido debido, fundamentalmente, a la falta de métodos diagnósticos lo suficientemente sensibles y, especialmente, específicos para la detección de la mayoría de los virus respiratorios en muestras representativas del tracto respiratorio superior (TRS) [1], lo cual implica una falta de diagnóstico etiológico en, aproximadamente, el 50% de los casos [2]. Por ello, hasta la coincidencia en el tiempo de la disponibilidad de la PCR en tiempo real para la detección de los virus de la gripe y la pandemia por el virus de la gripe A (H1N1)pdm09 en 2009, no se empezó a considerar la neumonía primaria por este virus como un agente causal de la misma con una incidencia significativa y no, como hasta entonces, como una infección respiratoria previa no relevante, facilitadora de una neumonía bacteriana secundaria [3]. La mejora e introducción en la práctica clínica de la PCR en tiempo real para la detección de los virus respiratorios ha ampliado el diagnóstico etiológico de la NAC. Gracias a ello, virus respiratorios como el rinovirus humano (RVH), los virus influenza (VI) y parainfluenza (VPI), el virus respiratorio sincitial (VRS), el metapneumovirus humano (MPVh), el adenovirus humano (AdVH) y los coronavirus humanos (CoVH) endémicos, han sido reconocidos como agentes causales de infecciones del tracto respiratorio inferior (TRI) y de la consecuente hospitalización [4-6]. No obstante, aunque en la práctica clínica actual el diagnóstico de la neumonía viral es habitual, especialmente desde la aparición del síndrome respiratorio agudo grave (SARS), la gripe aviar causada por al virus A (H5N1) virus, la pandemia por el virus influenza A (H1N1)pdm09 [3], y la pandemia por el virus SARS-CoV-2 [7], la especificidad del diagnóstico sigue siendo incierta, ya que se basa mayoritariamente en la detección en exudados nasofaríngeos y no en la detección en muestras respiratorias de vías bajas [8]. Esta falta de especificidad en el diagnóstico de la neumonía viral no ha sido resuelta por estudios recientes, asumiéndose que la simple detección en muestras de vías respiratorias superiores no es suficiente para el diagnóstico etiológico en la NAC, aunque la ausencia de patógenos específicos en estas muestras sí podría excluirlos efectivamente como agentes etiológicos [9]. INTRODUCCIÓN 36 2. Impacto global de la NAC 2.1. Epidemiología El último estudio del Espectro Global de Enfermedades realizado por la Organización Mundial de la Salud (OMS) en 2019 ha confirmado una mejora de la salud mundial en los últimos 30 años [10], y señalando, como las causas principales de defunción en el mundo, en base al número total de vidas perdidas, tres grupos de enfermedades: cardiovasculares, respiratorias y afecciones neonatales [11]. En 2019, las infecciones de las vías respiratorias inferiores, incluyendo la neumonía y la bronquiolitis, continuaron siendo las enfermedades transmisibles más mortales del mundo, afectando por igual a ambos géneros y situándose como la cuarta causa de defunción desde el año 2000 [11]. En 2019, la incidencia declarada fue de 489 millones (IC 95%, 458-523) de casos y la prevalencia, de 11 millones (IC 95%, 10,3 – 11,6), cobrándose 2,49 (IC 95% 2,27 – 2,74) millones de vidas, lo que supuso una tasa de mortalidad del 1,22% (IC 95%, 1,12-1,32). Los grupos poblacionales más afectados fueron los mayores de 70 años, con un aumento del número de fallecidos y una tasa de mortalidad mantenida del 4,32% (IC 95%, 3,80 – 4,63) (Figura 1), y los niños menores de 10 años, para los cuales disminuyó el número de fallecimientos, así como su tasa de mortalidad, que fue del 12,90% (IC 95%, 11,74 – 13,88) (Figura 2) [10, 12]. Figura 1. Número de fallecimiento y tasa de mortalidad global de las infecciones del TRS en los grupos poblacionales más vulnerables, divididos por sexos [10]. INTRODUCCIÓN 37 Figura 2. Tasa de incidencia y número de casos globales de las infecciones del TRS en los grupos poblacionales más vulnerables, divididos por sexos [10]. Este mismo informe mostró que estas infecciones supusieron la segunda causa de mortalidad en Europa, con una incidencia de 40,2 millones (IC 95% 37,8 – 43,0) y una tasa de mortalidad del 2,89 (IC 95%, 2,61 – 3,06), y la séptima causa de mortalidad en España, donde la incidencia fue de 1,50 (IC 95% 1,38 – 1,61) millones, falleciendo el 3,31% (IC 95%, 2,74 – 3,75) de las personas afectadas [10, 11]. 2.2. Principales etiologías Periódicamente se publican diferentes y prestigiosas Guías de Consenso sobre el manejo de la NAC en adultos [13, 14], para recopilar los datos de evidencia científica disponibles para la mejora en la atención de estos pacientes. Las bacterias se identifican como la causa principal de la NAC en adultos, pero más de 100 microorganismos distintos, entre ellos bacterias atípicas, virus y hongos, también han sido identificados como agentes etiológicos característicos [15]. Entre los agentes bacterianos, Streptococcus pneumoniae es el principal agente etiológico, seguido por otros patógenos como Haemophilus influenzae, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella pneumophila o Moraxella catarrhalis [16, 17]. INTRODUCCIÓN 38 La neumonía viral está causada principalmente por la inhalación de partículas virales que son transportadas por el aire a los pulmones, donde su lugar de deposición depende de su tamaño y forma y se rige por varios mecanismos físicos, aunque también se produce su difusión a través de fómites o manos contaminadas, como es el caso de los virus de la gripe o del SARS-CoV-2, en una transmisión de persona a persona [18, 19]. Entre los virus respiratorios, los VI causantes de la gripe son los más frecuentemente reconocidos en la etiología de la NAC, aunque otros como el VRS, el AdVH, los PIV, el MPVh y los CoVH son también etiologías virales bien reconocidas [20]. Sin embargo, con la aparición del segundo síndrome respiratorio agudo severo, por el SARS-CoV-2, en Wuhan (China) a finales de diciembre de 2019 y de la enfermedad causada por el mismo (COVID-19), el espectro de agentes etiológicos virales causantes de la neumonía viral cambió, así como su frecuencia, superando los datos de incidencia y transmisión de los virus de la gripe y situándose a la cabeza con 118.629 casos confirmados y 4.292 fallecidos el 11 de Marzo de 2020, cuando la OMS declaró la COVID-19 como una pandemia [21]. Teniendo en cuenta el amplio espectro de agentes etiológicos posibles, varios autores han reportado la presencia de etiologías mixtas causadas por agentes etiológicos del mismo tipo (bacteria-bacteria, virus-virus) o de tipos diferentes (bacteria-virus). En esta línea, Gadsby et al. [22] encontraron un 56,3% de casos de coinfección en muestras de esputo y aspirado endotraqueal, aunque este porcentaje tan elevado podría explicarse por el uso de métodos moleculares, tanto para el diagnóstico de las etiologías bacterianas como de las víricas; de este modo, las coinfecciones bacteria-bacteria se produjeron en el 31,6% de los casos, mientras que las coinfecciones bacteria-virus se detectaron en el 24,8%, porcentaje ligeramente superior al 22,1% encontrado por Zhou et al. [23], quien además encontró un 7,21% de coinfecciones virus-virus, realizando sus identificaciones mediante PCR múltiple de exudados nasofaríngeos para todos los casos incluidos (N=2332), y de esputo representativo y aspirado endotraqueal para, aproximadamente, la mitad de ellos (N=1229). Además, estos autores [23] consideraron como etiología viral cierta aquellos casos que tenían una detección positiva en al menos una de las muestras respiratorias tomadas. INTRODUCCIÓN 39 3. Etiologías virales específicas 3.1. Rinovirus El RVH se descubrió en la década de 1950 en un esfuerzo por identificar la etiología del resfriado común. Nuestra mejor comprensión del espectro de enfermedades por el RVH se debe en gran medida a los avances en los métodos moleculares que han facilitado la detección y caracterización de sus grupos y cepas. Hasta la fecha, se han descrito 170 cepas basadas en el serotipado y/o la secuenciación genética, clasificándose en tres especies (A, B, C) en función de las secuencias genéticas [24, 25]. En todo el mundo, y durante casi todo el año, son la causa más común de infección del TRS, y el pensamiento tradicional sobre su causalidad benigna ha cambiado. El RVH están actualmente relacionado con exacerbaciones de enfermedades pulmonares crónicas, desarrollo de asma y, más recientemente, bronquiolitis grave en bebés y niños, así como NAC mortal en adultos mayores e inmunodeprimidos [24, 26], encontrándose en algunos estudios en más del 9% de los pacientes diagnosticados con NAC [4, 27]. 3.2. Virus influenza Los VI son otros patógenos predominantes en los pacientes adultos con NAC viral en todo el mundo, ocasionando una mortalidad anual de entre 250.000 y 500.000 personas, especialmente entre los adultos mayores de 65 años [28]. Existen cuatro tipos de VI, los tipos A, B, C y D aunque los tipos A y B son los principales patógenos humanos, causantes de las epidemias de gripe estacional en todo el mundo. A su vez, los VI A pueden clasificarse en subtipos en función de la combinación de hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA) en la superficie del virus, siendo H1N1 y H3N2 los subtipos dominantes. Por otro lado, los VI B se clasifican en dos linajes, B/Yamagata y B/Victoria [29]. Su transmisión tiene lugar durante los meses de invierno en el hemisferio norte, aunque la época varía según el país y el año. En las regiones templadas, suele comenzar en octubre, alcanza su punto álgido en enero o febrero y terminar en abril o mayo [30]. Es bien sabido que los virus de la gripe causan epidemias estacionales anuales, con afectación de las vías respiratorias superiores e inferiores, y que al menos, desde 1889 hasta 2009, se han producido siete pandemias, algunas de ellas con morbilidad y mortalidad muy elevadas, como la pandemia de 1918 [31, 32]. Sin embargo, a pesar de INTRODUCCIÓN 40 conocerse la capacidad del virus de la gripe para causar neumonía vírica primaria, se pensaba que era menos frecuente que la neumonía secundaria bacteriana, facilitada por el profundo daño del epitelio respiratorio causado por la infección vírica. La gripe estacional es causada predominantemente por el VI A la mayoría de los años, mientras que el VI B se alternan cada varios años [30, 33]. En 2009, la coincidencia de la pandemia por el VI A (H1N1)pdm09 (Figura 3) [34] y el uso de métodos de detección molecular para detectar VI A y B en las secreciones respiratorias, con alta sensibilidad y especificidad, en los laboratorios de microbiología clínica, cambiaron radicalmente la concepción que hasta entonces se tenía sobre la incidencia de la neumonía viral primaria por gripe. En la encuesta nacional realizada en los servicios de urgencias de Estados Unidos, la pandemia de gripe de 2009 se asoció con 180.560 visitas a los servicios de urgencias por neumonía, correspondiendo a 0,59 visitas por neumonía por cada 1000 habitantes de los Estados Unidos (IC 95%: 0,55 – 0,62); este número de visitas representó el 7,0% de todas las visitas a los servicios de urgencias por neumonía durante el año de la pandemia [35]. Por lo tanto, se considera que los virus de la gripe son la causa predominante de la NAC viral en los meses de gripe estacional anual [36, 37]. Figura 3. Representación esquemática de los eventos genéticos reordenados que condujeron al desarrollo del (H1N1)pdm09 [34]. INTRODUCCIÓN 41 3.3. Virus respiratorio sincitial El VRS es una de las causas más comunes de bronquiolitis y neumonía en niños menores de 1 año que requieren hospitalización, aunque también pueden causar enfermedades respiratorias graves en ancianos y adultos inmunocomprometidos [38, 39]. Existen dos serotipos, el VRS-A y el VRS-B, que a su vez se subdividen en más de 30 genotipos, los cuales circulan a nivel global y tienen su pico de infectividad en climas templados entre diciembre y febrero [40]. Se estima que en 2015 se produjeron 1,5 (IC 95% 0,3 – 6,9) millones de episodios de enfermedades respiratorias agudas en adultos relacionadas con el VRS en todo el mundo y que, de estos episodios, aproximadamente el 14,5% implicaron un ingreso hospitalario. Los adultos pueden presentar evoluciones clínicas variables en gravedad, desde síntomas respiratorios leves hasta infecciones graves del TRI [41]. Aunque estos virus son una etiología bien descrita de la NAC, representan la causa principal en <5% de los casos [40, 42]. 3.4. Coronavirus Los CoVH son causantes de infecciones respiratorias y los nuevos CoVH emergentes son una causa importante de morbilidad y mortalidad [43]. Antes de diciembre de 2019, se conocía la existencia de 6 especies de CoVH que causaban enfermedades respiratorias (Figura 4), cuatro de las cuales se corresponden con los CoVH endémicos conocidos 229E, NL63, pertenecientes al género alfacoronavirus, y HKU1, y OC43, perteneciente al género betacoronavirus. La infección por estos CoVH endémicos cursa con enfermedades respiratorias superiores leves y en escasas ocasiones con infecciones graves en bebés, niños pequeños y ancianos, aunque su impacto clínico está poco descrito en la literatura [21, 43, 44]. En el estudio realizado por Jain et al. [4] en Estados Unidos con un periodo de inclusión desde enero de 2010 hasta junio de 2012, los CoVH endémicos representaron el 6,2% de las etiologías de los pacientes con NAC, siendo identificados mediante PCR múltiple en exudados nasofaríngeos y orofaríngeos. Un porcentaje similar fue encontrado por Lieberman et al. [45] en Oriente Medio, donde OC43 y 229E representaron el 7,1% y el 2,7%, respectivamente, del 13,1% de los casos de NAC incluidos en dos periodos invernales (el primero, desde noviembre de 2004 hasta marzo de 2005, y el segundo, desde noviembre de 2005 hasta abril de 2006) en los que se INTRODUCCIÓN 48 de tórax estándar suele ser normal, aunque puede mostrar cambios consistentes con la neumonía cuando el virus pasa al TRI [40, 41]. La NAC por MPVh en adultos inmunocompetentes se produce sobre todo en invierno y primavera [54]. En los adultos jóvenes, el MPVh generalmente se presenta con síntomas parecidos a los de la gripe, sin embargo, la infección puede ser más grave en pacientes de edad avanzada o inmunodeprimidos, mostrando fiebre, insuficiencia respiratoria, con taquipnea e hipoxia, que requiere ventilación mecánica, y con radiografías de los pulmones que muestran infiltrados intersticiales unilaterales o bilaterales [80, 81]. 6. Índices pronósticos en la NAC viral Los índices pronósticos de gravedad son herramientas de gran utilidad clínica para predecir la evolución de los pacientes con NAC en una primera evaluación y, guiar así las decisiones clínicas. Los dos índices más utilizados son el PSI y el CURB-65 [13]. El PSI [82], fue desarrollado en 1997 por Fine et al., como parte del proyecto realizado por el equipo de investigación de desenlace clínico de pacientes con neumonía (PORT), cuyo objetivo era generar una regla de predicción clínicamente aplicable, para la mortalidad a corto plazo entre los pacientes con NAC [82]. La hipótesis subyacente era que los pacientes con NAC que tenían un bajo riesgo de mortalidad podían ser identificados en el momento de la presentación mediante el uso de información clínica de fácil acceso. Para ello, se analizaron los datos de 14.199 pacientes adultos hospitalizados con un diagnóstico principal de neumonía a partir de 1250 características demográficas y variables clínicas de referencia de pacientes dados de alta en 78 hospitales de 23 estados de Estados Unidos [82]. En la derivación, se identificaron 20 variables pronósticas que se asociaban de forma independiente con la mortalidad y que estaban disponibles de forma rutinaria para los médicos en el momento de la presentación del paciente: 3 características demográficas (edad, sexo y residencia en un centro socio-sanitario), 5 enfermedades coexistentes (enfermedad neoplásica activa, insuficiencia cardiaca congestiva, enfermedad cerebrovascular, enfermedad renal y enfermedad hepática), 5 resultados de la exploración física (frecuencia cardiaca, frecuencia respiratoria, presión arterial sistólica, temperatura y estado mental), 6 mediciones de laboratorio (nitrógeno ureico en INTRODUCCIÓN 49 sangre, glucosa, hematocrito y niveles de sodio; presión parcial de oxígeno arterial y pH arterial) y 1 resultado radiológico (derrame pleural). La variable de punto final fue la mortalidad intrahospitalaria en los 30 días siguientes al ingreso [82]. Además, para hacerlo más ajustado a los procesos de toma de decisiones clínicas de los profesionales sanitarios en la consulta o en el servicio de urgencias, el PSI se desarrolló en dos pasos: en el paso 1 (Figura 5a), el índice indica un subgrupo de pacientes con muy bajo riesgo de muerte (clase de riesgo I) basándose en la presencia o ausencia de 11 hallazgos de la historia clínica y la exploración física, y en el paso 2 (Figura 5b), se cuantifica el riesgo de muerte para el resto de los pacientes no pertenecientes a la clase de riesgo I mediante el uso de los mismos hallazgos utilizados en el paso 1, además de las variables de laboratorio y radiológicas que componen el PSI. La puntuación total se obtiene sumando los pesos pronósticos basados en números enteros de cada variable pronóstica identificada para un determinado paciente. Figura 5. a) Paso 1 del índice PSI: identificación de los pacientes de clase de riesgo I mediante la regla predictiva. En este paso, los pacientes no presentan ninguna característica de edad, enfermedades subyacentes ni hallazgos en la exploración física para su clasificación en otro grupo de riesgo [82]. b) Paso 2 del índice PSI: puntuación de los pacientes para su clasificación en las clases de riesgo II, III, IV y V [82]. INTRODUCCIÓN 50 En base a la puntuación total, los pacientes se clasifican en 4 clases de riesgo adicionales (II-V), cada una de ellas con una mayor probabilidad de mortalidad (Figura 6) [82, 83]. Figura 6. Tasa de mortalidad a los 30 días por clase de riesgo del PSI en la cohorte utilizada para la derivación y validación [83]. El índice CURB-65 [84], fue desarrollado inicialmente por la Sociedad Torácica Británica y modificada posteriormente por Neill et al. [85] y Lim et al. [84]. Su objetivo era simplificar el uso del PSI, el cual requiere el cálculo de una puntuación basada en 20 variables, por lo que podía no resultar práctica su aplicación rutinaria en servicios de urgencias hospitalarios o en el ámbito de la atención primaria, además de estar mejor validado para evaluar pacientes con un bajo riesgo de mortalidad [84]. Este índice se obtuvo combinando retrospectivamente los datos de tres grandes estudios prospectivos sobre la NAC realizados en 4 hospitales de Reino Unido, Nueva Zelanda y Países Bajos, y de él se derivaron cinco características clínicas fácilmente medibles con el objetivo de identificar pacientes con NAC grave con alto riesgo de mortalidad [84]. Estas cinco variables fueron la edad (≥ 65 años), la confusión, la urea (> 7 nmol/L), la frecuencia respiratoria (≥ 30 respiraciones/minuto) y la presión arterial (presión sistólica < 90 mmHg o presión diastólica ≤60 mmHg) como medio práctico para estratificar a los pacientes con NAC en grupos de riesgo de mortalidad bajo (0 o 1), intermedio (2) y alto (3 o más) (Figura 7) [84]. INTRODUCCIÓN 51 Figura 7. Estrategia de un paso para estratificar a los pacientes con NAC en grupos de riesgo según el riesgo de mortalidad a 30 días en un entorno hospitalario según la puntuación del CURB-65 [84]. Sin embargo, cabe destacar, que el valor de los índices PSI y CURB-65 se desarrollaron originalmente para la NAC, independientemente del agente causal de la neumonía. Actualmente, se ha establecido que el pronóstico de la NAC está influenciado por el agente causal, pero la gravedad y la mortalidad de la NAC vírica no han sido validadas con el PSI [86] o el CURB-65 [22]. Algunos autores sugieren que los pacientes con una identificación negativa de patógenos virales tienen puntuaciones medias del PSI significativamente más bajas que los pacientes con una identificación positiva, en particular de neumonía viral o mixta [87]. Sin embargo, otros estudios no han encontrado diferencias en la puntuación del PSI al ingreso entre los distintos grupos etiológicos [88, 89]. Lo mismo ocurre con el CURB-65, donde varios estudios no han encontrado diferencias de gravedad entre la neumonía vírica y la no vírica en cuanto a la presentación clínica o los diferentes desenlaces clínicos (ingreso en la UCI, ventilación mecánica y mortalidad a los 30 días) [89, 90]. Uno de estos estudios [90] evaluó el valor diagnóstico INTRODUCCIÓN 52 de los datos clínicos para el diagnóstico de la neumonía vírica, incluyendo la sensibilidad, la especificidad y los valores predictivos positivo y negativo, identificando únicamente la rinorrea y la opacidad en vidrio esmerilado en las radiografías de tórax como indicadores útiles para el inicio de la terapia antiviral empírica. Por otro lado, no encontraron diferencias en el CURB-65 ni en el PSI, en términos de gravedad, entre los grupos con neumonía de origen vírico y no vírico. 7. Diagnóstico etiológico de la NAC Las exploraciones diagnósticas que deben practicarse a un paciente con NAC, dependen en gran medida de la gravedad estimada, y por tanto de si el manejo va a ser ambulatorio u hospitalario; asimismo variarán de acuerdo a la dificultad en orientar el caso y a la presencia o ausencia de complicaciones [91]. La NAC es una enfermedad extraordinariamente heterogénea, tanto por su epidemiología como por la respuesta del huésped. Por ello, la Sociedad Torácica Americana y la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de América desarrollaron una guía actualizada de la NAC en 2019 [13] abarcando un conjunto de preguntas centrales identificadas como de alta prioridad en el diagnóstico de esta afección mediante revisiones sistemáticas de los estudios de mayor calidad disponibles. 7.1. Etiología bacteriana El diagnóstico de la etiología bacteriana de la NAC está perfectamente definido. En los pacientes hospitalizados con NAC, deberá practicarse una analítica básica (bioquímica, hemograma), así como una gasometría arterial en la mayor parte de los casos. Se cursarán dos hemocultivos y se intentará obtener una muestra de esputo de buena calidad para proceder a una tinción de Gram y posterior cultivo. Además, se hará una tinción de Ziehl-Nielsen bajo sospecha razonada de tuberculosis. Después de iniciado el tratamiento, si las tinciones no han sido demostrativas, puede solicitarse la detección de antígeno neumocócico y/o de Legionella en la orina [13, 91]. Además, en los pacientes hospitalizados más graves, si existiera derrame pleural significativo, se realizará una toracocentesis y cuando el paciente necesite ser intubado, se procederá a realizar un INTRODUCCIÓN 53 examen directo de las secreciones, así como cultivos cuantitativos de la muestra extraída, ya sea broncoaspirado, cepillado bronquial o lavado alveolar [13, 91]. Posteriormente a los análisis de estas muestras, podrán solicitarse aquellos estudios serológicos u otras determinaciones que se estimen pertinentes [91]. Figura 8. Diferencias entre las Guías de Neumonía Adquirida en la Comunidad de la Sociedad Torácica Americana y la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de América de 2007 y 2019 [13]. 7.2. Etiología viral El diagnóstico etiológico de la NAC viral, a diferencia de la etiología bacteriana, sigue siendo controvertido. La mejora e introducción en la práctica clínica de herramientas moleculares basadas en la PCR en tiempo real para la detección de los agentes virales han mejorado el diagnóstico etiológico de la NAC [22, 92] pero, aunque la utilización de las técnicas moleculares ha incrementado la sensibilidad de los resultados obtenidos, una vez identificados los patógenos virales, sigue existiendo la incertidumbre de considerarlos como agentes causales de la neumonía. Por tanto, hay que resolver un INTRODUCCIÓN 54 nuevo reto en la especificidad del diagnóstico etiológico, debido a que el significado clínico de los virus detectados en los pacientes con NAC no está claramente definido. El primer problema que se debe resolver es la toma de muestras respiratorias representativas de alta especificidad. Las muestras respiratorias con alta especificidad para el diagnóstico del agente etiológico de la NAC viral deben proceder de las vías del TRI, como el esputo representativo o el lavado broncoalveolar, pero estas muestras son difíciles de obtener o necesitan procedimientos invasivos [93]. Por el contrario, obtener una muestra de las vías del TRS es sencillo, pero la identificación de un virus puede confundirse frecuentemente con contaminaciones durante la extracción de las muestras de las vías respiratorias superiores, porque alrededor del 7,1% de las personas sanas tienen colonización viral en el TRS [45, 93, 94]. Por lo tanto, los resultados deben interpretarse teniendo en cuenta que algunos de los patógenos aislados pueden ser colonizadores del TRS. En estos casos, sería de gran interés disponer de un mapa claro del viroma nasofaríngeo habitual, para que se puedan descartar identificaciones virales probablemente no relacionadas con la NAC. Aunque todavía hoy el diagnóstico de la NAC depende de los hallazgos clínicos y radiológicos, la incorporación de la PCR en tiempo real ha contribuido a aumentar la sensibilidad diagnóstica y a acelerar el tiempo de respuesta. El uso de la PCR para virus específicos (monoplex-PCR) suele aplicarse para confirmar una sospecha de infección por los VI o el VRS [95] durante su temporada de circulación por la comunidad. El principal problema de esta estrategia es que un resultado negativo no ofrece ventajas en cuanto al manejo del paciente. La aplicación de enfoques de PCR múltiple permite la identificación simultánea de múltiples patógenos con alta especificidad y en un periodo muy corto de tiempo (<2 horas) en las secreciones respiratorias, y puede ayudar a los profesionales médicos a evitar la prescripción de antibióticos innecesarios. Durante la última década, se han desarrollado muchas técnicas moleculares basadas en la PCR múltiple para identificar simultáneamente una gran variedad de patógenos virales respiratorios junto con las bacterias más frecuentes, tanto típicas como atípicas [92, 94, 96, 97]. Debido a su alta especificidad, la PCR múltiple se ha convertido en un método rutinario para la identificación de virus en el contexto de la NAC [98]. INTRODUCCIÓN 55 Al igual que ocurrió con los métodos basados en la PCR, los enfoques basados en la secuenciación genética están siendo cada vez más utilizados en el diagnóstico de la NAC [58, 99, 100]. La secuenciación no sólo permitirá la identificación de cualquier patógeno causante conocido asociado a la NAC a partir de una sola copia de ADN, sino que también acelerará el descubrimiento de nuevos patógenos implicados en su etiología [58, 101, 102], tal y como ha ocurrido con las actuales variantes del SARS-CoV-2 [103, 104]. Aun así, la duda clínica sobre la posible contaminación con la flora habitual del TRS no quedará resuelta. 8. Biomarcadores predictores de la NAC viral Los biomarcadores se han definido como "una característica que se mide y evalúa objetivamente como indicador de procesos biológicos normales, procesos patógenos o respuestas farmacológicas a una intervención terapéutica" [105]. Un biomarcador de diagnóstico ideal para la NAC viral debería elevarse o reducirse sólo cuando se ha producido una infección viral y no en otras infecciones, como las bacterianas y las fúngicas. Además, un biomarcador ideal debe ser sencillo de analizar sin ser excesivamente caro y sus resultados deben estar disponibles rápidamente [106]. Pocos estudios han investigado los predictores clínicos de la neumonía vírica, con resultados inconsistentes en general [3, 70, 90]. Sin embargo, la capacidad de diferenciar la neumonía bacteriana de la viral utilizando biomarcadores característicos puede tener importantes implicaciones en el manejo clínico, ya que el conocimiento de la probable etiología causante es fundamental para la elección de una terapia antimicrobiana adecuada y para reducir el uso inapropiado de antibióticos que conlleve a la aparición de microorganismos resistentes [3, 107]. Hasta ahora se han estudiado y utilizado muchos biomarcadores para el diagnóstico de la NAC bacteriana tales como el recuento de leucocitos, la velocidad de sedimentación globular, la proteína C reactiva, la procalcitonina, entre otros [107]. Sin embargo, estos biomarcadores no han demostrado ser específicos. Los recuentos de glóbulos blancos suelen ser más bajos en pacientes con neumonía vírica en comparación con la neumonía bacteriana [70, 108], pero el recuento de neutrófilos >8x106/L es un hallazgo común, que oscila entre el 67-94% de los casos en diferentes etiologías víricas (especialmente en la neumonía por RVH) [70, 109, 110]. Por otra parte, la neumonía vírica se ha asociado a INTRODUCCIÓN 56 recuentos de linfocitos en sangre más elevados [90], aunque la linfopenia es común en la infección por VI [111, 112]. Tanto la procalcitonina (PCT) como la proteína C reactiva (PCR) se han estudiado en niños y adultos con NAC, con el fin de discriminar entre la etiología bacteriana y la no bacteriana. La PCR y la PCT suelen estar elevadas en la neumonía bacteriana en contraste con la etiología no bacteriana [87, 113, 114]. La diferencia parece ser mayor cuando se comparan los pacientes con neumonía bacteriana con los pacientes con neumonía vírica y no típica, pero no hay diferencias significativas entre estos dos últimos grupos de pacientes [87, 88]. No obstante, el papel exacto de todos estos biomarcadores en el manejo de la NAC sigue sin estar claro, e incluso con la información de estos parámetros, debemos tener en cuenta que ninguno de ellos es, por sí solo, lo suficientemente sensible o específico para diferenciar la neumonía bacteriana de la viral. 9. Tratamiento y prevención de las principales etiologías virales de la NAC 9.1. Tratamientos antivirales El tratamiento de la NAC viral en adultos inmunocompetentes mediante antivirales se limita a muy pocas etiologías, fundamentalmente por la inexistencia de tratamientos antivirales eficaces aprobados por las autoridades sanitarias para la mayoría de estos patógenos, centrándose en las de mayor virulencia y complicaciones relacionadas. La mayoría de los fármacos antivirales aprobados para tratar las infecciones por virus respiratorios son inhibidores específicos de los VI [115, 116]. Esta limitación del arsenal terapéutico, la amplia capacidad de transmisión entre individuos y la aparición de nuevos patógenos, como el SARS-CoV-2, ha dado lugar en los últimos años al aumento de los esfuerzos de cribado para identificar nuevos antivirales para los virus respiratorios, a menudo dirigidos a nuevas dianas, combinaciones diseñadas para aumentar la potencia y reducir la aparición de resistencias, anticuerpos terapéuticos y agentes inmunomoduladores seleccionados para mitigar la respuesta inmunológica lesional del huésped [116]. Los tratamientos destinados a los VI son los más ampliamente estudiados y los más utilizados en la clínica. Hay dos clases principales de antivirales disponibles frente a este INTRODUCCIÓN 57 virus: los inhibidores de la proteína M2 y los inhibidores de la neuraminidasa. Los inhibidores de la proteína M2, como la amantadina y la rimantadina, son aminas tricíclicas simétricas que bloquean el canal iónico M2 impidiendo que los iones de hidrógeno fluyan hacia el interior de la partícula vírica y evitando así la acidificación del medio y la subsiguiente liberación de los segmentos de ARN en la célula infectada [116]. Sus principales limitaciones son que sólo son eficaces frente al VI A y que la resistencia a ellos surge rápidamente [117]. Los VI A y B poseen una glicoproteína de superficie con actividad neuraminidasa que escinde los residuos terminales de ácido siálico de varios glucoconjugados y destruye los receptores reconocidos por la hemaglutinina viral. Esta actividad es esencial para la liberación del virus de las células infectadas y para la propagación viral dentro del tracto respiratorio [118]. El oseltamivir, el laninamivir, el peramivir y el zanamivir son análogos del ácido siálico que inhiben de forma potente y específica las neuraminidasas de los VI A y B al interactuar de forma competitiva y reversible con el sitio enzimático activo [119]. El oseltamivir y el zanamivir están disponibles en todo el mundo, mientras que laninamivir y peramivir están aprobados únicamente en Japón el primero, y en China, Japón, Corea del Sur y Estados Unidos el segundo [116]. En base al espectro de uso de estos inhibidores de la neuraminidasa, es probable que surja una resistencia al oseltamivir, mientras que todavía no ha reportado ninguna resistencia bajo el tratamiento estándar con zanamivir en pacientes inmunocompetentes. Además, la resistencia a cualquiera de los dos inhibidores también podría conferir una menor sensibilidad al peramivir. Por lo tanto, la diversificación de las reservas de antivirales sería una estrategia importante para minimizar el impacto de la resistencia al oseltamivir [117]. La ribavirina es otro fármaco utilizado frente a los virus respiratorios. Es un análogo de la guanosina con una amplia actividad antiviral, que incluye el VRS y los VPI. Este fármaco es rápidamente fosforilado por las enzimas intracelulares y el trifosfato inhibe la actividad de la ARN polimerasa del virus y el recubrimiento 5′ dependiente del trifosfato de guanosina del ARN mensajero del virus. La ribavirina está disponible en 3 formulaciones: oral, intravenosa (en investigación en Estados Unidos) y en aerosol, siendo ésta última la indicada actualmente para el tratamiento de la infección grave por el VRS en niños [115, 116]. HIPÓTESIS HIPÓTESIS 67 Las hipótesis planteadas en esta Tesis Doctoral son las siguientes: En lo referente a la diversidad etiológica, a la carga viral en muestras respiratorias y a la presencia de viremia en la NAC en adultos, las hipótesis establecidas son las siguientes: 1. Los diferentes agentes etiológicos de la NAC viral en la época prepandémica presentan frecuencia similar. 2. La carga viral en el tracto respiratorio superior de los virus causantes de la NAC en adultos es semejante, independientemente de los agentes causales. 3. Los pacientes con NAC de etiología viral presentan viremia independientemente del agente causal. 4. La presencia de viremia se asocia con un desenlace desfavorable en pacientes adultos con NAC viral. 5. La presencia de viremia se asocia con una mayor carga viral en frotis nasofaríngeos. 6. Los marcadores inflamatorios permiten discriminar entre grupos etiológicos de la NAC en adultos. En lo referente a la sensibilidad y especificidad de las diferentes muestras en el estudio etiológico de la NAC en pacientes adultos, en el periodo prepandémico de la COVID-19, las hipótesis establecidas son las siguientes: 1. La detección de virus en muestras del tracto respiratorio superior en pacientes adultos con NAC es igual de sensible que la detección en esputo como método de diagnóstico etiológico. 2. La detección de virus en muestras del tracto respiratorio superior en pacientes adultos con NAC carece de especificidad como método de diagnóstico etiológico. 3. La detección en esputo de los virus respiratorios causantes de NAC permitirá determinar la especificidad de la detección viral en frotis nasofaríngeo. HIPÓTESIS 68 En lo referente al valor de los índices de gravedad para la NAC de diferentes etiologías en pacientes hospitalizados, las hipótesis establecidas son las siguientes: 1. Los pacientes con una NAC de etiología conocida presentan índices pronósticos (CURB-65 y PSI) mayores, teniendo un peor desenlace clínico y mayor mortalidad. 2. Los índices pronósticos CURB-65 y PSI permiten clasificar adecuadamente a los pacientes con NAC, independientemente de la etiología de la misma. OBJETIVOS OBJETIVOS 72 Objetivos referentes a la diversidad etiológica, la carga viral en muestras respiratorias y la presencia de viremia en la NAC en adultos. 1. Identificar los diferentes agentes virales presentes en las vías respiratorias de pacientes adultos con NAC en muestras nasofaríngeas y de esputo. 2. Conocer la frecuencia de la viremia en los pacientes con NAC y su relación con determinadas características clínicas. 3. Determinar la asociación de las enfermedades crónicas subyacentes con la presencia de viremia. 4. Evaluar la asociación de la viremia con el desenlace clínico en los pacientes adultos con NAC viral. 5. Analizar la asociación de la viremia con la carga viral en el tracto respiratorio superior e inferior. 6. Analizar la asociación de los hallazgos de laboratorio con las diferentes etiologías de la NAC en adultos. Objetivos referentes a la sensibilidad y especificidad de las diferentes muestras en el estudio etiológico de la NAC en pacientes adultos, en el periodo prepandémico de la COVID-19. 1. Determinar la sensibilidad diagnóstica del estudio de las muestras del tracto respiratorio superior e inferior en pacientes adultos con NAC viral. 2. Determinar la especificidad diagnóstica del estudio de las muestras del tracto respiratorio superior en la NAC viral, en relación con las muestras del tracto respiratorio inferior. 3. Determinar la especificidad diagnóstica del estudio de las muestras del tracto respiratorio superior en la NAC viral, en relación con la presencia de viremia. OBJETIVOS 73 Objetivos referentes al valor de los índices de gravedad para la NAC de diferentes etiologías en pacientes adultos hospitalizados. 1. Determinar las características clínicas y pronósticas de los pacientes con diagnóstico etiológico de NAC vs. los pacientes sin diagnóstico etiológico. 2. Determinar las características clínicas y pronósticas de los pacientes con etiología bacteriana, con etiología viral o con etiología mixta. 3. Estudiar el valor predictivo de la gravedad de los índices pronósticos CURB- 65 y PSI para la NAC en los pacientes con diagnóstico etiológico de NAC vs. los pacientes sin diagnóstico etiológico. 4. Estudiar el valor clasificatorio de los índices pronósticos CURB-65 y PSI para la NAC en los pacientes con etiología bacteriana, con etiología viral o con etiología mixta. MATERIAL Y MÉTODOS 80 6. Determinación de la etiología de los pacientes con NAC 6.1. Etiología bacteriana La determinación de la etiología bacteriana se llevó a cabo mediante los estudios estándares en la práctica clínica, realizados en el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Virgen del Rocío, y fue complementada con los datos obtenidos en los estudios específicos de los proyectos, realizados en los laboratorios del grupo de investigación en el Instituto de Biomedicina de Sevilla. Para ello, se realizaron hemocultivos, tinción Gram y cultivo de esputos representativos y antigenuria de S. pneumoniae, incluyendo antigenuria de L. pneumophila serogrupo 1 (Binax Inc., Portland, ME, Estados Unidos) en casos de neumonía grave, en pacientes con inmunodeficiencias o ante la sospecha de brote epidémico. Complementariamente, se realizó la extracción del ADN bacteriano utilizando el kit EZ1 Virus Mini Kit v2.0 (Qiagen, Madrid, España) y la identificación de Bordetella parapertussis, Bordetella pertussis, Chlamydophila pneumoniae, H. influenzae, L. pneumophila, M. pneumoniae y S. pneumoniae mediante PCR múltiple (Panel respiratorio 4, Allplex, Seegene, Seúl, Corea del Sur) en muestras de sangre, frotis nasofaríngeo y esputo representativo. 6.2. Etiología viral La determinación de la etiología viral se llevó a cabo mediante RT-PCR múltiple, previa purificación de ácidos nucleicos de las muestras de sangre, exudado nasofaríngeo y esputo representativo mediante el kit EZ1 Virus Mini Kit v2.0 (Qiagen, Madrid, España). La PCR múltiple utilizada (Paneles respiratorios 1, 2 y 3, Allplex, Seegene, Seúl, Corea del Sur) es capaz de detectar los siguientes virus respiratorios: influenza A, influenza A-H1, influenza A-(H1N1)pdm09, influenza A-H3, influenza B, coronavirus NL63, 229E, OC43 y HKU1, parainfluenza 1, 2, 3 and 4, metapneumovirus humano A y B, rinovirus A, B y C, virus respiratorio sincitial A y B, adenovirus, enterovirus y bocavirus 1, 2, 3 y 4. MATERIAL Y MÉTODOS 81 Para la detección del SARS-CoV-2, se realizó una RT-PCR específica capaz de detectar dos genes del genoma de este virus con el kit Triplex RT-qPCR (2019-NoCoV) (Absource Diagnostics GmbH, Alemania). 7. Determinación de la carga viral La carga viral de todos los virus identificados en los pacientes con NAC, en plasma y en las muestras de frotis nasofaríngeo y de esputo, se cuantificó generando curvas estándares de PCR a partir de material genético de concentración conocida para cada agente viral utilizando el kit Amplirun®DNA/RNA (Vircell, Granada, Spain) para todos los virus excepto para el SARS-CoV-2, para el cual se utilizó el kit de ARN sintético: ORF, E y N (ATCC, VA, Estados Unidos). A modo de resumen, del material genético de concentración conocida, se realizaron diluciones seriadas que se incluyeron en la PCR para obtener su valor de Cq. A partir del valor de Cq obtenido y la concentración conocida de cada dilución, se generaron las curvas estándar que sirvieron de base para interpolar los resultados de Cq obtenidos para cada virus en las diferentes muestras positivas (Figura 9). Figura 9. Protocolo de detección y cuantificación viral a partir de muestras de genoma de concentración conocida. 8. Análisis estadístico Se realizó un análisis descriptivo de todos los datos recogidos, calculando las variables discretas como número de pacientes y porcentaje, y las variables continuas como medianas y rango intercuartílico (IQR). MATERIAL Y MÉTODOS 82 Los pacientes con NAC en época prepandémica fueron clasificados en dos grupos basados en la presencia o ausencia de etiología. Las variables categóricas fueron comparadas entre grupos usando la prueba de Chi-cuadrado o el test exacto de Fisher y las variables continuas fueron comparadas usando el test de la t de Student, el test de Welch o el test U de Mann-Whitney según correspondiera, tras el análisis de la normalidad, usando el test de Kolmogorov-Smirnov, y de la homocedasticidad, usando el test de Levene. Posteriormente, aquellos pacientes de la cohorte prepandémica que presentaban etiología definida fueron reagrupados en cuatro grupos según su etiología: etiología bacteriana, viral, mixta o sin etiología. La comparación de grupos múltiples se llevó a cabo mediante los test de la Chi-cuadrado o test exacto de Fisher para las variables categóricas y, cuando se encontraron diferencias significativas, se llevaron a cabo análisis post-hoc para obtener el valor de odds ratio y los intervalos de confianza del 95%. Para las variables continuas, la comparación de los grupos se realizó con los test de ANOVA o Kruskal-Wallis y se llevaron a cabo contrastes post-hoc con la corrección de Bonferroni o HSD Tukey cuando se encontraron diferencias significativas entre grupos. El análisis de correlación de la carga viral en sangre y en exudado nasofaríngeo se realizó mediante el cálculo del coeficiente de correlación utilizando el test de Spearman. El estudio de los pacientes con NAC en la época pandémica fue llevado a cabo con los mismos tests estadísticos utilizados para los pacientes de la época prepandémica, agrupando los pacientes en dos grupos, dependiendo de que se detectase o no ARN del SARS-CoV-2 en plasma. Todos los análisis se realizaron utilizando el software IBM SPSS Statistics versión 26.0 (SPSS, Chicago, IL, Estados Unidos) y los resultados se consideraron estadísticamente significativos cuando la probabilidad de error alfa (valor p) de dos colas fue menor de 0,05. Para evaluar la sensibilidad y especificidad del exudado nasofaríngeo para la identificación de la etiología viral en los pacientes con NAC en la época prepandémica, se compararon los resultados obtenidos en las muestras de los pacientes en los cuales se disponía simultáneamente de resultados de muestras nasofaríngeas y de esputo representativo. Tomando la muestra de esputo como el estándar de referencia, el exudado nasofaríngeo se consideró verdadero positivo (VP) y verdadero negativo (VN) cuando MATERIAL Y MÉTODOS 83 sus resultados coincidían con los obtenidos en la muestra de esputo. Además, cuando los resultados obtenidos en ambas muestras fueron los mismos, se consideraron resultados concordantes. En cambio, un resultado discordante indicó que los resultados en estas muestras eran diferentes. Con estos datos, el valor predictivo positivo (VPP) y el valor predictivo negativo (VPN) se calcularon de la siguiente forma: VPP = VP/(VP+FP) y VPN = VN/(FN+VN), donde FP es falso positivo y FN es falso negativo. La búsqueda de potenciales biomarcadores predictivos del tipo de etiología en los pacientes con NAC, se realizó utilizando árboles de regresión y clasificación (CART) con el software Minitab 20.3 (Salford Systems, San Diego, CA, Estados Unidos) y los biomarcadores seleccionados con su punto de corte fueron analizados mediante un análisis de regresión logística para calcular su capacidad predictiva para cada etiología con una curva ROC con el software IBM SPSS Statistics versión 26.0 (SPSS, Chicago, IL, Estados Unidos). 9. Consideraciones éticas Antes de su comienzo, el estudio en pacientes adultos con NAC en época prepandémica y el estudio en pacientes adultos con NAC en época pandémica fueron aprobados por el Comité de Ética para la Investigación de los Hospitales Universitarios Virgen Macarena y Virgen del Rocío, Sevilla, España (C.I. 1549-N-17 y C.I. 0771-N-20, respectivamente). RESULTADOS RESULTADOS 87 Características de los pacientes incluidos en las cohortes prepandémica y pandémica Cuatrocientos trece pacientes fueron incluidos desde enero de 2018 hasta junio de 2020. Trescientos cuarenta y uno fueron incluidos en la época prepandémica (enero 2018- marzo 2020) y setenta y dos fueron incluidos en la época pandémica (enero 2020-junio 2020) con diagnóstico viral confirmado para SARS-CoV-2 (Figura 10). Figura 10. Diagrama temporal de inclusión de pacientes en las dos cohortes de estudio. De los 341 pacientes incluidos en la cohorte prepandémica, el 58,4% fueron hombres, y presentaron una mediana de edad media de 71 años, siendo el 41,3% de ellos mayores de 75 años. Doscientos treinta y dos (68,0%) pacientes tenían alguna enfermedad crónica, siendo las más comunes la diabetes mellitus (29,6%), la cardiopatía crónica (29,0%), y la enfermedad pulmonar crónica (27,0%). El 72,1% presentó un índice de comorbilidad de Charlson igual o superior a 3 (Tabla 1). Entre los síntomas respiratorios más frecuentes en la admisión hospitalaria destacaron la tos (71,6%), la disnea (57,5%) y el dolor pleurítico (24,3%). Además, el 44,0% de los pacientes presentó fiebre, entendiendo ésta como una temperatura corporal superior a los 37,5oC, y el 48,4% presentó desaturación (saturación basal O2 <95%) (Tabla 1). Previamente a su admisión, 108 (31,7%) pacientes habían recibido un tratamiento antibiótico y, en el momento de la admisión, 322 (94,4%) pacientes recibieron un tratamiento antibiótico empírico y 58 (17,0%) pacientes un tratamiento antiviral empírico (Tabla 1). Finalmente, el tratamiento antimicrobiano se consideró apropiado en 117 RESULTADOS 88 (67,2%) pacientes, 110 (79,7%) con etiología bacteriana y 7 (46,7%) con etiología viral por VI. Los datos de laboratorio mostraron como valores característicos de esta cohorte la neutrofilia (neutrófilos >7,5 x 109/L) en el 70,4% de los pacientes, la linfopenia (linfocitos <1,0 x 109/L) en el 43,4% de los pacientes, y los niveles de PCR elevados (≥100 mg/L) en el 58,4% de los casos. Tabla 1. Datos demográficos, comorbilidades, síntomas y signos, datos de laboratorio y tratamiento antimicrobiano de la cohorte de NAC prepandémica (N=341). VARIABLES Mediana [IQR] / N (%) Datos demográficos Edad (años) 71 [57 – 81] Edad (>75 años) 141 (41,3) Hombre 187 (54,8) Condiciones subyacentes Fumador a 97 (28,4) Enfermedades crónicas Índice de comorbilidad de Charlson ≥ 3 246 (72,1) Diabetes 101 (29,6) Cardiopatía crónica 99 (29,0) Enfermedad pulmonar crónica 92 (27,0) Enfermedad renal crónica 35 (10,3) Neoplasia 34 (10,0) Enfermedad hepática crónica 18 (5,3) Receptor de trasplante de órgano sólido 15 (4,4) Antimicrobianos previos Antibióticos 108 (31,7) Síntomas en la admisión hospitalaria Tos 244 (71,6) Disnea 196 (57,5) Dolor pleurítico 83 (24,3) Artromialgias 34 (10,0) Alteración de la consciencia 33 (9,7) Shock al ingreso 14 (4,1) RESULTADOS 89 Signos en la admisión hospitalaria Temperatura (oC) 37,5 [36,3 – 38,5] Fiebre (temperatura ≥ 37,5 oC) 150 (44,0) SpO2 95 [92 – 97] SpO2 < 95% 165 (48,4) Datos de laboratorio Leucocitos (x109/L) 12,9 [9,0 – 19,0] Leucopenia (<4,0 x 109/L) 17 (5,0) Neutrófilos (x109/L) 10,8 [7,1 – 15,7] Neutrofilia (>7,5 x 109/L) 240 (70,4) Linfocitos (x109/L) 1,1 [0,7 – 1,6] Linfopenia (<1,0 x 109/L) 148 (43,4) Plaquetas (x109/L) 236 [176 – 321] Trombocitopenia (<130 x 109/L) 34 (10,0) Creatinina (mg/dl) 1,01 [0,77 – 1,50] Creatininemia (>1,3 mg/dl) 105 (30,8) PCR (mg/L) 155,8 [71,7 – 277,5] PCR (≥100 mg/L) 187 (54,8) Tratamientos antimicrobianos para el episodio de NAC Tratamiento empírico antiviral 58 (17,0) Tratamiento empírico antibiótico 322 (94,4) Tratamiento antimicrobiano apropiado 117 (67,2) Etiología bacteriana b 110 (79,7) Etiología víral c 7 (46,7) SpO2: Saturación basal de oxígeno. PCR: Proteína C reactiva. a Se consideró fumador a aquel paciente que tenía este hábito en el momento de la admisión o lo había tenido en los últimos 5 años. b En los 138 pacientes con etiología bacteriana. c En los 15 pacientes con etiología viral por VI. De los 72 pacientes incluidos en la cohorte pandémica, el 56,9% fueron hombres, y presentaron una mediana de edad de 61 años, siendo el 25% de ellos mayores de 75 años. Cuarenta y ocho (66,7%) pacientes tenían alguna enfermedad crónica, siendo las más comunes la diabetes mellitus (26,4%), la cardiopatía crónica (15,3%), la enfermedad renal crónica (12,5%) y la enfermedad pulmonar crónica (11,1%). El 56,9% presentó un índice de comorbilidad de Charlson igual o superior a 3 (Tabla 3). Entre los síntomas respiratorios más frecuentes al ingreso hospitalario destacaron la tos (62,5%) y la disnea (22,2%). El 29,2% de los pacientes presentó fiebre y el 31,9% presentó una saturación basal de O2 inferior al 95% (Tabla 3). Tabla 5. Datos demográficos, de comorbilidades, síntomas y signos, y datos de laboratorio de pacientes con y sin ARNemia por SARS-CoV-2 en cohorte pandémica (N=72). VARIABLES Con ARNemia (N=11) Sin ARNemia (N=61) OR a P valor b Datos demográficos Edad (años) 66 [57 – 77] 61 [52 – 75] […] 0,531 Hombre 6 (54,5) 35 (57,4) 0,891 (0,245 – 3,241) 1,000 Enfermedades crónicas Índice de comorbilidad de Charlson ≥ 3 8 (72,7) 33 (54,1) 2,236 (0,547 – 9,354) 0,413 Alguna enfermedad crónica subyacente 8 (72,7) 40 (65,6) 1,400 (0,336 – 5,839) 0,908 Diabetes 3 (27,3) 16 (26,2) 1,055 (0,249 – 4,471) 1,000 Cardiopatía crónica 3 (27,3) 8 (13,1) 2,484 (0,543 – 11,370) 0,356 Enfermedad pulmonar crónica 2 (18,2) 6 (10,7) 1,852 (0,322-10,663) 0,609 Enfermedad renal crónica 2 (18,2) 7 (11,5) 1,714 (0,306 – 9,599) 0,901 Neoplasia 0 (0) 3 (4,9) 0,841 (0,758-0,932) 1,000 Enfermedad hepática crónica 3 (27,3) 0 (0,0) 0,116 (0,060 – 0,222) 0,001 Receptor de trasplante de órgano sólido 4 (36,4) 1 (1,6) 34,284 (3,346 – 351,308) 0,001 Síntomas en la admisión hospitalaria Tos 7 (63,6) 38 (62,3) 1,059 (0,279 – 4,018) 1,000 Disnea 7 (63,6) 24 (42,9) 2,233 (0,612 – 8,890) 0,206 Dolor pleurítico 1 (9,1) 5 (8,2) 1,120 (0,118 – 10,626) 1,000 Artromialgias 5 (45,5) 7 (11,5) 6,429 (1,547 – 26,709) 0,019 Alteración de la consciencia 0 (0) 3 (4,9) 0,841 (0,758-0,932) 1,000 RESULTADOS 96 Signos en la admisión hospitalaria Temperatura (oC) 36,4 [36 – 37,8] 36,6 [36,1 – 37,6] […] 0,982 SpO2 < 95% 6 (54,5) 15 (24,6) 3,680 (0,981 – 13,806) 0,099 Hallazgos de laboratorio Leucocitos (nº x 103/µL) 5,22 [3,47 – 7,06] 7,00 [5,24 – 9,20] […] 0,030 Leucocitosis >11.000 /μL 1 (9,1) 8 (13,1) 0,663 (0,074 – 5,896) 1,000 Neutrofilos (nº x 103/µL) 3,49 [2,96 – 5,90] 4,79 [3,30 – 6,88] […] 0,348 Neutrofilia >7.500 /μL 1 (9,1) 11 (18,0) 0,455 (0,053 – 3,929) 0,677 Linfocitos (nº x 103/µL) 0,58 [0,39 – 1,24] 1,36 [0,92 – 1,80] […] 0,002 Linfopenia <1000 /µL 7 (63,6) 18 (29,5) 4,181 (1,088 – 16,063) 0,065 Plaquetas (nº x 103/µL) 158 [129 – 201] 248 [175 – 325] […] 0,002 Trombocitopenia <130.000 /μL 3 (27,3) 4 (6,6) 5,344 (1,006 – 28,383) 0,067 AST (IU/L) (N=63) 37 [26 – 68] 26 [20 – 41] […] 0,074 AST >30 IU/L (N=63) 8 (72,7) 19 (36,5) 4,632 (1,095 – 19,587) 0,063 ALT (IU/L) (N=70) 33 [17 – 40] 23 [17 – 44] […] 0,374 ALT >40 IU/L (N=70) 2 (18,2) 16 (27,1) 0,597 (0,116 – 3,067) 0,805 Dímeros D (ng/L) (N=70) 1430 [770 – 2.620] 620 [380 – 1.140] […] 0,043 Dímeros D >600 ng/mL (N=70) 10 (90,9) 30 (58,8) 9,667 (1,163 – 80,337) 0,033 LDH (UI/L) (N=65) 450 [312 – 660] 251,50 [213 – 321] […] 0,001 LDH >300 UI/L (N=65) 9 (81,8) 17 (31,5) 9,794 (1,907 – 50,302) 0,006 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SpO2: Saturación basal de oxígeno. AST: Aspartato aminotransferasa. ALT: Alanina aminotransferasa. LDH: Lactato deshidrogenasa. a Odds ratio (riesgo estimado) del test Chi cuadrado con un 95% de intervalo de confianza. b Test de dos colas. RESULTADOS 97 Tabla 6. Desenlace clínico de pacientes con y sin ARNemia por SARS-CoV-2 en la cohorte pandémica (N=72). VARIABLES Con ARNemia (N=11) Sin ARNemia (N=61) OR a P valor b Desenlace clínico SDRA 6 (54,5) 6 (9,8) 11,0 (2,563 – 47,112) 0,001 VMI 4 (36,4) 4 (6,6) 8,143 (1,656 – 40,041) 0,018 Fallo multiorgánico 1 (9,1) 0 (0) 0,141 (0,079 – 0,250) 0,331 Ingreso en UCI 5 (45,5) 5 (8,2) 9,33 (2,086 – 41,765) 0,005 Fallecimiento 4 (36,4) 3 (4,9) 11,048 (2,039 – 59,868) 0,007 Desenlace clínico desfavorable c 7 (63,6) 8 (13,1) 11,59 (2,76 – 48,73) 0,001 Días de estancia hospitalaria 5 [0 – 19] 6 [2,5 – 11] […] 0,440 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SDRA: Síndrome de distrés respiratorio agudo. VMI: Ventilación mecánica invasiva. UCI: Unidad de cuidados intensivos. a Odds ratio (riesgo estimado) del test Chi cuadrado con un 95% de intervalo de confianza. b Test de dos colas. c Admisión en UCI y/o fallecimiento. RESULTADOS 98 RESULTADOS 99 Si bien es cierto que sólo se detectaron agentes virales en 5 muestras de sangre, la carga viral cuantificada en estas muestras no se relacionó con las altas cargas virales encontradas en las muestras de exudado nasofaríngeo o esputo representativo para los agentes virales identificados. El VI B mostró la mayor carga viral en sangre con una mediana de 6,97 log10 copias/ml (IQR, 6,81-7,12). La carga viral en sangre de AdVH, CoVH-229E y RVH se encontró entre 4,49 y 4,92 log10 copias/ml (Tabla 7). Para la cohorte pandémica, donde se consiguió identificar y cuantificar en todos los pacientes el SARS-CoV-2 en muestras de las vías respiratorias altas, la mediana de la carga viral obtenida fue de 6,98 log10 copias/ml (IQR, 5,15-8,20) en el exudado nasofaríngeo. La mediana de la carga viral en sangre fue de 2,88 log10 copias/ml (IQR, 2,43-4,07), siendo la menor de los virus respiratorios (Tabla 7). Además, aunque la carga viral fue mayor en las vías respiratorias altas de los pacientes con ARNemia (7,30 vs. 6,60 log10 copias/ml), la diferencia de esta carga viral resultó no significativa entre ambos grupos (p=0,262) (Figura 13). Tampoco se encontró una correlación entre la carga viral cuantificada en muestras de exudado nasofaríngeo y en muestras de sangre en los 11 pacientes con ARNemia de esta cohorte (rs = 0,123, p=0,719) (Figura 14). Figura 13. Carga viral cuantificada en muestras de exudado nasofaríngeo en pacientes con y sin ARNemia por SARS-CoV-2 en la cohorte pandémica (N=72). RESULTADOS 100 Figura 14. Análisis de correlación de Spearman entre muestras de exudado nasofaríngeo y muestras de sangre en los 11 pacientes con ARNemia por SARS-CoV-2 en la cohorte pandémica (N=72). Tabla 7. Frecuencia de identificaciones virales positivas y carga viral en exudado nasofaríngeo, esputo representativos y sangre en los pacientes con NAC viral. Pacientes con detección viral positiva Exudados nasofaríngeos positivos Carga viral en exudados nasofarígenos a Esputos representativos positivos Carga viral en esputos representativos a ADN/ARNemia Carga viral en sangre a Virus identificado AdVH 8 5 (62,5) 4,92 (4,92 – 4,93) 2 (25) 6,22 (5,68 – 6,75) 1 (12,5) 4,92 CoVH 10 8 (80) 5,78 (5,02 – 7,29) 5 (50) 7,00 (6,74 – 7,31) 1 (10) 4,49 CoVH-OC43 6 6 (100) 5,25 (4,95 – 5,70) 2 (33,33) 6,14 (5,84 – 6,44) 0 (0) […] CoVH-NL63 3 1 (33,33) 8,67 3 (100) 7,31 (7,16 – 8,49) 0 (0) […] CoVH-229E 1 1 (100) 6,61 0 (0) […] 1 (100) 4,49 SARS-CoV-2 72 72 (100) 6,98 (5,15 – 8,20) 0 (0) […] 11 (15,3) 2,88 (2,43 – 4,07) VI 20 16 (80) 4,89 (4,57 – 6,12) 7 (35) 5,32 (4,74 – 6,15) 2 (13,33) 6,97 (6,81 – 7,12) VI A (H1N1)pdm09 4 3 (75) 5,39 (5,08 – 6,69) 2 (50) 5,69 (5,51 – 5,86) 0 (0) […] VI A H3 5 5 (100) 4,93 (4,72 – 5,74) 0 (0) […] 0 (0) […] VI B 11 8 (72,73) 4,70 (4,38 – 5,59) 4 (36,36) 4,76 (4,70 – 5,12) 2 (18,18) 6,97 (6,81 – 7,12) EVH 2 0 (0) […] 2 (100) 5,55 (4,98 – 6,11) 0 (0) […] RVH 34 32 (94,12) 7,05 (6,63 – 7,27) 17 (50) 7,29 (7,26 – 7,30) 1 (2,94) 4,75 VRS 7 5 (71,43) 4,40 (4,27 – 7,29) 3 (42,86) 6,35 (5,23 – 6,66) 0 (0) […] VRS B 7 5 (71,43) 4,40 (4,27 – 7,29) 3 (42,86) 6,35 (5,23 – 6,66) 0 (0) […] Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. a La carga viral se representa en log10 copias/ml. RESULTADOS 101 RESULTADOS 102 Finalmente, en la cohorte prepandémica, a la vista de esta diversidad etiológica, se realizó un árbol de clasificación y regresión (CART) con el objetivo de identificar posibles biomarcadores para cada grupo etiológico. Para ello, los 174 pacientes con etiología definida fueron agrupados en tres categorías, en base a su etiología: bacteriana, viral y mixta. Este análisis identificó biomarcadores potenciales para la etiología bacteriana (Figura 15) y para la etiología mixta (Figura 16), pero no fue posible identificar ningún biomarcador característico de la etiología viral. Para la etiología bacteriana, los leucocitos (p=0,041), los neutrófilos (p=0,018), la PCR (p=0,003) y la hemoglobina (p=0,010) fueron los biomarcadores seleccionados y la capacidad predictiva del modelo logístico de regresión para estos cuatro biomarcadores fue confirmada por una curva ROC resultante en un área bajo la curva de 0,74 (0,68 – 0,80) (Figura 17a). Para la etiología mixta, los biomarcadores seleccionados fueron similares: leucocitos (p=0,014), linfocitos (p=0,008), PCR (p=0,042) y hemoglobina (p=0,017), resultando en un área bajo la curva de 0,68 (0,59 – 0,76) (Figura 17b). Posteriormente, en vista de la similitud encontrada entre los biomarcadores seleccionados para las etiologías bacteriana y mixta, se analizaron las diferencias estadísticas entre ambos grupos (N=138) y el grupo de etiología viral (N=36), encontrando diferencias significativas para los leucocitos y la PCR (Tabla 8), pero con un solapamiento de sus rangos intercuartílicos, lo que sugiere que estos biomarcadores no tendrían el suficiente valor predictivo para discriminar entre etiologías virales y bacterianas. RESULTADOS 103 Figura 15. Variables asociadas con la etiología bacteriana según el árbol de clasificación y regresión (CART). RESULTADOS 104 Figura 16. Variables asociadas con la etiología mixta según el árbol de clasificación y regresión (CART). RESULTADOS 105 Figura 17. Importancia relativa de cada variable y cálculo de la capacidad predictiva del árbol de clasificación y regresión (CART) para a) la etiología bacteriana y b) la etiología mixta, mediante curvas ROC. Tabla 8. Datos de los biomarcadores seleccionados entre la etiología viral (N=36) y la combinación de las etiologías bacteriana y mixta (N=138). Biomarcadores seleccionados Etiología viral (N=36) Etiología bacteriana y mixta (N=138) P valor a Leucocitos 12,59 [7,35 - 16,17] 15,20 [10,36 - 21,79] 0,016 Neutrófilos 10,35 [5,46 - 14,68] 13,25 [8,60 - 19,39] 0,052 Linfocitos 1,20 [0,73 - 1,85] 1,00 [0,60 - 1,43] 0,184 PCR 115,55 [63,43 - 249,15] 195,15 [113,40 - 329,80] 0,013 Hemoglobina 119,50 [105,00 - 132,75] 121,50 [100,75 – 139,00] 0,828 Los datos representados son la mediana [IQR] de cada biomarcador. PCR: Proteína C reactiva. a Test de dos colas. PCR (≥100 mg/L) 75 (44,9) 112 (64,4) 2,128 (1,292 – 3,505) 0,003 Tratamientos antimicrobianos para el episodio de NAC Tratamiento empírico antiviral 19 (11,6) 39 (22,4) 1,239 (0,724 – 2,119) 0,433 Tratamiento empírico antibiótico 153 (91,6) 169 (97,1) 3,866 (1,246 – 11,998) 0,012 Tratamiento antimicrobiano apropiado d 0 (0) 117 (67,2) 8,314 (4,158 – 16,625) <0,001 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SpO2: Saturación basal de oxígeno. PCR: Proteína C reactiva. a Odds ratio (riesgo estimado) del test Chi cuadrado con un 95% de intervalo de confianza. b Tests de dos colas. c Se consideró fumador a aquel paciente que tenía este hábito en el momento de la admisión o lo había tenido en los últimos 5 años. d En los 174 pacientes con etiología definida. Tabla 12. Desenlace clínico de pacientes con y sin etiología en la cohorte prepandémica (N=341). VARIABLES Sin etiología (N=167) Con etiología (N=174) OR a P valor b Desenlace clínico SDRA 1 (0,6) 2 (1,1) 1,930 (0,173 – 21,489) 1,000 VMI 0 (0,0) 8 (4,6) 1,048 (1,015 – 1,083) 0,007 Ingreso en UCI 3 (1,8) 17 (9,8) 5,919 (1,701 – 20,593) 0,002 Fallecimiento 8 (4,8) 13 (7,5) 1,605 (0,648 – 3,977) 0,303 Desenlace clínico desfavorable c 9 (5,4) 25 (14,4) 2,946 (1,331 – 6,517) 0,006 Días de estancia hospitalaria 4 [3 – 8] 5 [3 – 8] […] 0,314 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SDRA: Síndrome de distrés respiratorio agudo. VMI: Ventilación mecánica invasiva. UCI: Unidad de cuidados intensivos. a Odds ratio (riesgo estimado) del test Chi cuadrado con un 95% de intervalo de confianza. b Test de dos colas. c Admisión en UCI y/o fallecimiento. RESULTADOS 112 RESULTADOS 113 Entre los síntomas y signos, el shock al ingreso mostró una diferencia significativa entre grupos, siendo esta diferencia debido a las encontrada entre el grupo de etiología bacteriana y mixta (p=0,033). Los hallazgos de laboratorio también mostraron una clara diferencia entre grupos en el recuento de leucocitos, neutrófilos y PCR y, por consiguiente, en el porcentaje de pacientes con leucopenia, neutrofilia y valores de PCR elevados (≥100 mg/L). Las diferencias encontradas en el recuento de leucocitos (bacteriana vs. viral, p=0,003, bacteriana vs. mixta, p=0,031) y neutrófilos (bacteriana vs. viral, p=0,011, bacteriana vs. mixta, p=0,026) fueron debidas al elevado recuento observado en el grupo de etiología bacteriana, mientras que las diferencias en los valores de PCR fueron debidos a la diferencia encontrada entre los grupos de etiología bacteriana y viral (p=0,005). Del mismo modo, los porcentajes de leucopenia (bacteriana vs. viral, p=0,022, bacteriana vs. mixta, p=0,043) y neutrofilia (bacteriana vs. viral, p=0,001, bacteriana vs. mixta, p=0,002) fueron diferentes significativamente debido al grupo de etiología bacteriana, mientras que, en el caso de los valores elevados de PCR, se debieron a la diferencia mostrada por el grupo de etiología viral (bacteriana vs. viral, p=0,001, viral vs. mixta, p=0,019) (Tabla 13). Por último, el tratamiento antimicrobiano apropiado también mostró diferencias significativas entre grupos, en este caso, debido al bajo porcentaje de adecuación del tratamiento en el grupo de etiología viral (bacteriana vs. viral, p<0,001, viral vs. mixta, p<0,001) (Tabla 13). Del mismo modo que con los grupos de etiología definida o indefinida, y al haber observado diferencias en el desenlace clínico de los pacientes al comparar estos dos grupos, los mismos tres grupos etiológicos fueron analizados en busca de diferencias en el desenlace clínico de los pacientes. Sin embargo, al realizar esta comparación, no se encontraron diferencias según la etiología, aunque el grupo de etiología viral mostró una tendencia a una menor mortalidad y menor desenlace clínico desfavorable (Tabla 14). Actualmente, los métodos más utilizados para predecir la gravedad de los pacientes son los índices pronósticos para la neumonía, siendo los más conocidos y utilizados el PSI y el CURB-65. Por ello, como un objetivo de este trabajo, se analizó el valor pronóstico de estos índices y sus clases de riesgo en base a los grupos etiológicos creados para el análisis de las variables clínicas y el desenlace clínico: una primera agrupación de pacientes con y sin diagnóstico etiológico, y una segunda agrupación de los pacientes con diagnóstico etiológico clasificados en etiología bacteriana, viral y mixta. RESULTADOS 114 En la cohorte prepandémica, los valores medios de estos índices fueron de 2 (IQR, 1-2) para el CURB-65 y de 92 (IQR, 70-117) para el PSI. En la primera agrupación basada en la presencia o ausencia de etiología (Tabla 15), los análisis mostraron que la mortalidad aumentaba progresivamente a medida que el valor del índice PSI era mayor, tanto en la cohorte global como en ambos grupos, independientemente de si se había alcanzado o no un diagnóstico etiológico definitivo. Sin embargo, en el caso del CURB-65 esta progresión sólo se observó en la cohorte general y en los pacientes con diagnóstico etiológico, mientras que no se apreciaba en el grupo sin identificación etiológica (Tabla 15). De hecho, debido a esta falta de paralelismo en el CURB-65, se observaron diferencias significativas cuando el valor de este índice era igual o superior a 3, ya que ningún paciente sin etiología falleció a pesar de su clasificación en esta clase de riesgo. Cuando se realizó la misma comparación de los índices pronósticos entre los tres grupos etiológicos, el valor del índice PSI fue diferente entre los tres grupos (p=0,017), debido a las diferencias entre los grupos de etiología viral y mixta (p=0,014). Además, se observó un incremento paralelo en la mortalidad para el grupo de etiología bacteriana y de etiología mixta para el índice CURB-65, pero sólo para el grupo de etiología bacteriana para el índice PSI (Tabla 16). En la cohorte pandémica (N=72), cuya etiología conocida fue viral, también se comparó el porcentaje de pacientes con un valor igual o superior a 2 para el índice CURB- 65 entre los grupos con ARNemia (5; 55,5%) y sin ARNemia (15; 31,9%) sin encontrar diferencias significativas entre ellos (p=0,291). Además, en el grupo de pacientes con ARNemia por SARS-CoV-2, el número de pacientes con un valor igual o superior a 2 para el índice CURB-65 (5; 25;0%) fue similar al encontrado con un valor inferior a 2 para este índice (6; 11,5%). Teniendo en cuenta las clases de riesgo para este índice, no se encontró ningún paciente fallecido en la clase de riesgo 0, dos pacientes fueron clasificados en la clase de riesgo 1 y cinco pacientes, en la clase de riesgo 2 o superior. Tabla 13. Relación de datos demográficos, comorbilidades, síntomas y signos, datos de laboratorio y tratamiento antimicrobiano de la cohorte con NAC prepandémica (N=341) entre pacientes con diagnóstico etiológico y pacientes sin diagnóstico etiológico. VARIABLES Etiología bacteriana (N=89) Etiología viral (N=36) Etiología mixta (N=49) P valor a Datos demográficos Edad (años) 70 [61 – 79] 68 [48 – 81] 72 [60 – 84] 0,211 Edad (>75 años) 29 (32,6) 11 (30,6) 23 (46,9) 0,178 Hombre 51 (57,3) 24 (66,7) 27 (55,1) 0,529 Condiciones subyacentes Fumador b 28 (31,5) 18 (50,0) 15 (30,6) 0,107 Enfermedades crónicas Índice de comorbilidad de Charlson ≥ 3 62 (69,7) 24 (66,7) 38 (77,6) 0,489 Diabetes 21 (23,6) 10 (27,8) 16 (32,7) 0,515 Cardiopatía crónica 18 (20,2) 7 (19,4) 17 (34,7) 0,125 Enfermedad pulmonar crónica 28 (31,5) 9 (25,0) 17 (34,7) 0,629 Enfermedad renal crónica 5 (5,6) 4 (11,1) 6 (12,2) 0,347 Neoplasia 8 (9,0) 1 (2,8) 3 (6,1) 0,449 Enfermedad hepática crónica 6 (6,7) 2 (5,6) 3 (6,1) 0,968 Receptor de trasplante de órgano sólido 2 (2,2) 2 (5,6) 2 (4,1) 0,630 RESULTADOS 115 Antimicrobianos previos Antibióticos 18 (20,2) 15 (41,7) 17 (34,7) 0,048 Síntomas en la admisión hospitalaria Tos 65 (73,0) 24 (66,7) 42 (85,7) 0,103 Disnea 49 (55,1) 25 (69,4) 33 (67,3) 0,199 Dolor pleurítico 33 (37,1) 10 (27,8) 14 (28,6) 0,461 Artromialgias 15 (16,9) 2 (5,6) 6 (12,2) 0,234 Alteración de la consciencia 7 (7,9) 2 (5,6) 9 (18,4) 0,087 Shock al ingreso 3 (3,4) 2 (5,6) 7 (14,3) 0,045 Signos en la admisión hospitalaria Temperatura (oC) 37,8 [36,5 – 38,6] 37,4 [36,5 – 38,1] 37,7 [36,5 – 38,4] 0,645 Fiebre (temperatura ≥ 37,5 oC) 45 (50,6) 14 (38,9) 25 (51,0) 0,448 SpO2 95 [92 – 96] 95 [92 – 97] 94 [92 – 97] 0,731 SpO2 < 95% 44 (49,4) 18 (50,0) 26 (53,1) 0,918 Hallazgos de laboratorio Leucocitos (x109/L) 16,3 [10,8 – 22,4] 12,6 [7,3 – 16,2] 14,0 [8,7 – 19,4] 0,005 Leucopenia (<4,0 x 109/L) 0 (0) 3 (8,3) 3 (6,1) 0,033 Neutrófilos (x109/L) 14,1 [9,2 – 19,6] 10,4 [5,5 – 14,7] 11,9 [7,3 – 15,7] 0,013 Neutrofilia (>7,5 x 109/L) 79 (88,8) 23 (63,9) 33 (67,3) 0,001 Linfocitos (x109/L) 1,0 [0,7 – 1,4] 1,2 [0,7 – 1,9] 0,9 [0,5 – 1,7] 0,335 Linfopenia (<1,0 x 109/L) 38 (42,7) 13 (36,1) 25 (51,0) 0,378 Plaquetas (x109/L) 227 [186 – 321] 268 [176 – 359] 212 [160 – 303] 0,191 Trombocitopenia (<130 x 109/L) 5 (5,6) 4 (11,1) 7 (14,3) 0,218 RESULTADOS 116 Creatinina (mg/dl) 1,00 [0,83 – 1,53] 0,98 [0,75 – 1,38] 1,06 [0,78 – 1,61] 0,588 Hipercreatininemia (>1,3 mg/dl) 30 (33,7) 9 (25,0) 19 (38,8) 0,410 PCR (mg/L) 217,8 [112,5 – 338,2] 115,6 [63,4 – 249,2] 172,4 [102,0 – 270,2] 0,017 PCR (≥100 mg/L) 64 (71,9) 16 (44,4) 32 (65,3) 0,002 Tratamientos antimicrobianos para el episodio de NAC Tratamiento empírico antiviral 15 (16,9) 12 (33,3) 12 (24,5) 0,154 Tratamiento empírico antibiótico 86 (96,6) 35 (97,2) 48 (98) 0,975 Tratamiento antimicrobiano apropiado d 72 (80,9) 7 (19,4) 38 (77,6) <0,001 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SpO2: Saturación basal de oxígeno. PCR: Proteína C reactiva. a Tests de dos colas. b Se consideró fumador a aquel paciente que tenía este hábito en el momento de la admisión o lo había tenido en los últimos 5 años. c En los 174 pacientes con etiología definida. RESULTADOS 117 Tabla 14. Desenlace clínico de pacientes en base a su etiología en la cohorte prepandémica (N=341). VARIABLES Etiología bacteriana (N=89) Etiología viral (N=36) Etiología mixta (N=49) P valor a Desenlace clínico SDRA 0 (0,0) 0 (0,0) 2 (4,1) 0,076 VMI 3 (3,4) 1 (2,8) 4 (8,2) 0,368 Ingreso en UCI 7 (7,9) 3 (8,3) 7 (14,3) 0,453 Fallecimiento 8 (9,0) 1 (2,8) 4 (8,2) 0,478 Desenlace clínico desfavorable b 13 (14,6) 4 (11,1) 8 (16,3) 0,792 Días de estancia hospitalaria 5 [3 – 8] 5 [4 – 7] 5 [3 – 7] 0,318 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. SDRA: Síndrome de distrés respiratorio agudo. VMI: Ventilación mecánica invasiva. UCI: Unidad de cuidados intensivos. a Tests de dos colas. b Admisión en UCI y/o fallecimiento. RESULTADOS 118 Tabla 15. Análisis de los índices CURB-65 y PSI entre los grupos de pacientes con y sin etiología en la cohorte prepandémica (N=341). Cohorte total (N = 341) Sin etiología (N=167) Con etiología (N=174) P valor a Índices pronósticos N Mortalidad N Mortalidad N Mortalidad CURB-65 341 2 [1 – 2] 167 2 [1 – 2] 174 2 [1 – 2] 0,205 CURB-65 ≤1 142 4 (2,8) 70 3 (4,3) 7 1 (1,4) 0,363 CURB-65 = 2 141 7 (5,0) 76 5 (6,6) 65 2 (3,1) 0,452 CURB-65 ≥3 58 10 (17,2) 21 0 (0,0) 37 10 (27,0) 0,009 PSI 341 92 [70 – 117] 167 94 [66 – 117] 177 90 [70 – 117] 0,968 I 42 1 (2,4) 28 1 (3,6) 14 0 (0,0) 0,483 II 47 0 (0,0) 15 0 (0,0) 32 0 (0,0) […] III 72 2 (2,8) 31 1 (3,2) 41 1 (2,4) 1,000 IV 133 10 (7,5) 68 3 (4,4) 65 7 (10,8) 0,200 V 47 8 (17,0) 25 3 (12,0) 22 5 (22,7) 0,446 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. PSI: Pneumonia Severity Index; CURB-65: confusión, urea >64 mg/dl, frecuencia respiratoria ≥30 respiraciones/min., presión arterial <90 mmHg (sistólica) o <60 mmHg (diastólica), edad ≥65 años. a Test de dos colas; obtenido para la comparación entre los grupos con y sin etiología. RESULTADOS 119 Tabla 16. Análisis de los índices CURB-65 y PSI entre los tres grupos etiológicos de la cohorte prepandémica (N=341). Etiología bacteriana (N=89) Etiología viral (N=36) Etiología mixta (N=49) P valor a Índices pronósticos N Mortalidad N Mortalidad N Mortalidad CURB-65 92 2 [1 – 2] 35 2 [0 – 2] 50 2 [1 – 3] 0,087 CURB-65 ≤1 38 1 (2,6) 15 0 (0,0) 19 0 (0,0) 0,635 CURB-65 = 2 29 1 (3,4) 20 0 (0,0) 16 1 (6,3) 0,552 CURB-65 ≥3 22 6 (27,3) 1 1 (100,0) 14 3 (21,4) 0,232 PSI 92 89 [70 – 112] 35 79 [67 – 108] 50 104 [76 – 128] 0,017 I 7 0 (0,0) 4 0 (0,0) 3 0 (0,0) […] II 17 0 (0,0) 7 0 (0,0) 8 0 (0,0) […] III 21 1 (4,8) 13 0 (0,0) 7 0 (0,0) 0,614 IV 35 6 (17,1) 10 1 (10,0) 20 0 (0,0) 0,142 V 9 1 (11,1) 2 0 (0,0) 11 4 (36,4) 0,295 Los datos representados son la N (%) de pacientes o la mediana [IQR]. PSI: Pneumonia Severity Index; CURB-65: confusión, urea >64 mg/dl, frecuencia respiratoria ≥30 respiraciones/min., presión arterial <90 mmHg (sistólica) o <60 mmHg (diastólica), edad ≥65 años. a Test de dos colas. RESULTADOS 120 DISCUSIÓN 128 El análisis de los signos y hallazgos de laboratorio al ingreso de los pacientes incluidos permitió identificar potenciales biomarcadores para la etiología bacteriana y la etiología mixta, los cuales coincidieron con los previamente identificados por otros autores para una identificación bacteriana positiva [108, 109, 161, 162]. Desafortunadamente, aunque los virus son ampliamente conocidos por activar el sistema inmune y generar su respuesta [110, 163], este trabajo no ha logrado identificar ningún marcador específico que pudiera ser utilizado para distinguir específicamente la NAC de etiología viral en el momento del ingreso hospitalario. En resumen, en este objetivo se muestra que el uso de técnicas moleculares, como la PCR a tiempo real, para el diagnóstico de la etiología viral de los pacientes con NAC amplía el espectro diagnóstico de estos agentes. El hecho de que, a pesar del uso de técnicas moleculares tan sensibles como la PCR, siga habiendo un número tan elevado de casos en los que no se alcanzó a identificar un agente etiológico causal, independientemente de la muestra analizada, resulta todo un desafío para microbiólogos e infectólogos. Una limitación de estas técnicas moleculares es la necesidad de diseñar cebadores específicos para los agentes a identificar. En esta línea, quizás, el empleo de técnicas de secuenciación masiva en muestras respiratorias podría aportar información de utilidad que permitiera identificar nuevos agentes etiológicos aún no descritos. Por último, en base a estos resultados, si tuviera lugar la implementación y mejora del diagnóstico viral, este hecho podría ir ligado a un futuro esfuerzo por el desarrollo de nuevas terapias antivirales frente a los VRE para los cuales, actualmente, no existen alternativas terapéuticas efectivas, a excepción de los VI. Esto ayudaría a una consecuentemente mejora en el manejo de los pacientes adultos con NAC que requieren ingreso hospitalario. DISCUSIÓN 129 Sensibilidad y especificidad de las diferentes muestras en el estudio etiológico de la NAC en pacientes adultos, en el periodo prepandémico de la COVID-19 La diversidad etiológica estudiada en este trabajo ha demostrado que los virus son causantes de casi la mitad de los casos con diagnóstico etiológico en pacientes adultos con NAC que requieren ingreso hospitalario. La introducción de la PCR en la práctica clínica ha permitido un diagnóstico temprano y más sensible de las infecciones respiratorias, tanto del TRS como del TRI, especialmente para la etiología viral [164, 165]. Sin embargo, el tipo de muestra respiratoria a utilizar en el diagnóstico sigue siendo un tema controvertido [166-169]. En pacientes adultos hospitalizados con NAC que no están intubados, la obtención de muestras del TRI no es siempre factible y el diagnóstico etiológico suele basarse en muestras de exudado nasofaríngeo, lo cual reduce la posibilidad de identificar los patógenos virales responsables [1, 6]. Este hecho destaca en diferentes estudios donde se recogieron muestras de exudado nasofaríngeo y muestras representativas del TRI [65, 170]. En uno de estos estudios, detectaron 21 virus en muestras del TRI y sólo 7 fueron detectados en los exudados nasofaríngeos [170]. En otro estudio, donde recogieron muestras de exudado nasofaríngeo y de lavado broncoalveolar, 5 de los 23 pacientes que analizaron, mostraron una PCR positiva para algún virus en el lavado broncoalveolar mientras que ninguna de las muestras analizadas de exudado nasofaríngeo fue positiva [65]. En este trabajo, se muestra que las muestras de exudado nasofaríngeo no son mejores que el estándar de referencia, como es el esputo representativo, para la detección de patógenos virales. Sin embargo, cuando el resultado de la PCR es positivo para el exudado nasofaríngeo, tiene casi el mismo VPP que el esputo representativo y una alta especificidad, lo que apoya que la detección positiva de un patógeno viral en las muestras de exudado nasofaríngeo puede considerarse como verdaderamente identificada. Este hallazgo coincide con los resultados de Adazeh et al.[171], quienes mostraron que la identificación de patógenos en muestras de lavado broncoalveolar, después de haber realizado esta identificación en un exudado nasofaríngeo, puede contribuir con información microbiológica adicional útil cuando el resultado en el exudado nasofaríngeo era negativo pero que, sin embargo, si un patógeno ya había sido detectado e identificado en un exudado nasofaríngeo, era poco probable que la evaluación de muestras del TRI proporcionara información adicional. DISCUSIÓN 130 Por tanto, este trabajo apoya el uso de técnicas moleculares para el diagnóstico de la etiología viral de pacientes con NAC en muestras del TRS porque demuestra que los exudados nasofaríngeos tienen un alto rendimiento para el diagnóstico de los VRE causantes de la NAC, con una especificidad y un VPP elevados. Aunque el esputo representativo tiene mayor sensibilidad que los exudados nasofaríngeos para la detección de virus (51% vs. 21%, respectivamente) en los episodios de NAC, posiblemente debido a la presencia de cargas virales mayores en el primero, la obtención más sencilla y rápida de este último tipo de muestra, apoya su amplio uso en la práctica clínica. DISCUSIÓN 131 Valor de los índices de gravedad para la NAC de diferentes etiologías en pacientes adultos hospitalizados El uso extendido de índices de severidad de la neumonía, así como la escasa información acerca de la influencia que la etiología puede tener en su cálculo [172, 173], llevó a este trabajo a analizar el impacto de la etiología identificada con la mortalidad, el desenlace clínico de los pacientes y su influencia sobre los índices de severidad. En este trabajo, el tipo de agente etiológico identificado no se relacionó con un peor desenlace clínico de los pacientes ni con una tasa de mortalidad mayor, lo cual concuerda con los resultados de Kim et al. [90], quienes observaron que no había diferencias significativas en la gravedad de la enfermedad, la tasa de mortalidad, ni en el índice PSI, entre la etiología bacteriana y la viral de la NAC. Sin embargo, nuestros resultados muestran que la identificación de algún agente etiológico causal, independientemente de si es un agente viral o bacteriano, se asocia a una mayor necesidad del uso de ventilación mecánica invasiva, mayor tasa de mortalidad y un desenlace clínico desfavorable. Estos resultados concuerdan con los publicados por Quah et al. [174], en los cuales encontraron una asociación significativa entre la etiología microbiana y el incremento en la tasa de mortalidad hospitalaria cuando se identificaba alguna etiología, especialmente, cuando se identificaban etiologías mixtas. Además, Nair y Niederman [175] también observaron una diferencia significativa en la mortalidad tras 28 días de seguimiento en los pacientes con etiología bacteriana, aunque lo atribuyeron al retraso en la administración antibiótica o a la inconsistencia de la terapia antibiótica utilizada con respecto a la recomendada por la Sociedad de Enfermedades Infecciosas de América (IDSA: Infectious Diseases Society of America) para la NAC. También estos últimos autores consideraron el retraso en el reconocimiento de la enfermedad severa como otra de las causas asociadas a la mayor mortalidad. Con respecto a los índices de severidad de la neumonía, este trabajo arroja serias dudas sobre el poder de estos índices cuando la NAC es diagnosticada con una etiología viral. Actualmente, los sistemas de evaluación de la gravedad de la neumonía más ampliamente utilizados son el PSI y el CURB-65, los cuales fueron diseñados para guiar la atención médica en este tipo de pacientes, basándose en el riesgo de mortalidad tras 30 días de seguimiento [176]. Los resultados obtenidos en este trabajo no muestran diferencias entre el índice CURB-65 y el PSI en la comparación de pacientes con y sin DISCUSIÓN 132 diagnóstico etiológico, salvo en la clase de mayor riesgo de mortalidad (CURB-65 ≥ 3) donde entre ambos grupos se encontró una diferencia significativa, aunque esta diferencia no se mantuvo al analizar las diferentes etiologías dentro del grupo. Sin embargo, cuando el índice CURB-65 fue categorizado en sus clases de riesgo en base a la mortalidad esperada mostró un claro patrón diferencial en la tasa de mortalidad entre grupos etiológicos. Este resultado fue similar al reportado por Gadsby et al. [22], quienes señalaron la falta de predicción del índice CURB-65 en la tasa de mortalidad en su cohorte de pacientes con NAC, aunque no realizaron ninguna comparación entre grupos de pacientes considerando la identificación positiva o negativa de algún agente etiológico. En la cohorte pandémica estudiada, también analizamos la utilidad del índice CURB-65 para evaluar la severidad de la enfermedad. En este caso, la mediana para este índice fue de 1 (IQR, 0-2) y se observaba un incremento de la mortalidad paralelo al incremento del valor de CURB-65 para esta cohorte, observando una mortalidad del 0% en pacientes con un índice CURB-65 de 0, 7,4% en pacientes con un índice CURB-65 de 1 y 33,3% en pacientes con un índice CURB-65 de 2 o superior. Todos los porcentajes de mortalidad obtenidos fueron similares a los esperados según la escala de clasificación de riesgo del CURB-65 descrita por Lim et al. [84], aunque menores a los previamente publicados por otros autores, quienes describieron una mortalidad del 17% para casos con un índice CURB-65 menor de 2 y del 60% para casos con un índice mayor o igual a 3 [177]. Así, la validación de este índice para los casos de neumonía por SARS-CoV-2 ha sido demostrada por varios autores [177, 178]. Con respecto al PSI, a pesar de que en este trabajo no se encontraron diferencias en el valor del PSI entre los pacientes con un diagnóstico etiológico y sin él, este índice sí mostró diferencias en la comparación entre etiologías. Además, pese al incremento de la mortalidad a medida que el valor del índice PSI aumentó en los pacientes con un diagnóstico etiológico definitivo, cuando se analizó este mismo comportamiento del índice en base a la etiología, el aumento de la mortalidad en paralelo al valor del índice únicamente se observó cuando sólo existía etiología bacteriana. Este paralelismo no fue observado ni en los pacientes con etiología viral ni con etiología mixta, lo que parece indicar que la presencia de etiología viral no afecta al cálculo de este índice. Esta misma falta de incremento en la tasa de mortalidad cuando aumenta el valor del índice PSI en los casos en los que se detecta la presencia de algún agente viral ha sido descrita también por Kim et al. [86], en cuyo trabajo agruparon pacientes en base a la detección positiva o DISCUSIÓN 133 ausencia de algún agente viral y observaron que la tasa de mortalidad a los 30 días aumentó con el incremento de la puntuación del PSI en ambos grupos, pero que en el grupo con NAC viral la mortalidad comenzó en la clase IV del PSI con una tasa de 19,7%, muy alejada del 8,2% predicho por Fine et al. [82] cuando describieron este índice. En cambio, estos mismos autores [86], pese a encontrar en general tasas mucho más elevadas de mortalidad a las descritas por Fine et al. [82] para cada clase, en los pacientes sin detección viral, el aumento de la mortalidad es consecuente al aumento en el valor del índice PSI, y, de hecho, esto se refleja en sus datos, con diferencias significativas en las clases de riesgo más bajas. Sin embargo, muchos autores han defendido el gran potencial del PSI para clasificar especialmente a los pacientes de bajo riesgo [83, 179, 180], algo que no parece suceder cuando existe la presencia de un agente viral y que, por tanto, debería tenerse en cuenta a la hora de utilizar este índice, el cual tendría que ser actualizado en su puntuación. Por otra parte, Muñoz et al. [181] también concluyen en su estudio que el rendimiento del PSI respecto a mortalidad fue óptimo y superior en los adultos con NAC bacterianas, dado que ningún caso leve de etiología bacteriana falleció, y mayor al rendimiento obtenido en las etiologías virales y mixtas, pudiéndose deber al mejor manejo médico de los casos bacterianos, puesto que todo paciente con neumonía recibe antibióticos para disminuir el riesgo de evolución a gravedad mientras que, en las NAC virales, sólo se dispone de terapia antiviral específica en los casos con influenza. Además, estos autores encontraron en el PSI un rendimiento superior al CURB-65 en los casos de etiología bacteriana [181]. Si bien es cierto que el análisis realizado en este trabajo, comparando las variables clínicas entre los diferentes grupos etiológicos, no arrojó ninguna diferencia en varias de las variables que están incluidas en el cálculo del PSI, al igual que, salvo la cardiopatía crónica, tampoco se vieron diferencias en estas variables entre los grupos con y sin diagnóstico etiológico, probablemente en otras de las variables necesarias para el cálculo sí existan esas diferencias, siendo de especial interés una comparación entre etiología bacteriana y un grupo combinado de etiología viral y mixta, similar a la realizada por Kim et al. [86], para llevar a cabo un análisis donde se buscaran exclusivamente diferencias entre una etiología bacteriana pura y el efecto de la presencia de al menos un agente viral. Por todo lo anterior, y siguiendo la misma línea de Muñoz et al. [181], sería necesario evaluar la aplicabilidad de esta escala según el agente microbiológico DISCUSIÓN 134 detectado, porque el rendimiento pronóstico de PSI respecto a mortalidad se ha demostrado que varía según el agente causal de la NAC en adultos, siendo superior en adultos con NAC bacteriana. En resumen, este trabajo apoya la necesidad de actualizar los índices de severidad de la neumonía y ajustarlos en base a la presencia del agente etiológico causante de la NAC, especialmente en los casos de NAC viral por VRE, teniendo presente el peor desenlace clínico encontrado en estos pacientes. Además, esta actualización y mejora ayudaría, a su vez, a mejorar el manejo de los pacientes con NAC y a optimizar el uso de terapias antimicrobianas. CONCLUSIONES ANEXO 1 144 ANEXO 2 145 ANEXO 2. Consentimiento informado del proyecto “Estudio de la carga viral de SARS-CoV-2 en vías respiratorias y sangre como factor asociado al pronóstico de la COVID-19 en adultos (COV20_00580)” ANEXO 2 146 ANEXO 3 147 ANEXO 3. Cuaderno de recogida de datos del proyecto “Desarrollo e implementación de criterios diagnósticos con elevada especificidad para la identificación de la etiología viral de la neumonía adquirida en la comunidad (PI17/01055)”. ANEXO 3 148 ANEXO 3 149 ANEXO 3 150 ANEXO 4 151 ANEXO 4. Cuaderno de recogida de datos del proyecto “Estudio de la carga viral de SARS-CoV-2 en vías respiratorias y sangre como factor asociado al pronóstico de la COVID-19 en adultos (COV20_00580)”. ANEXO 4 152 ANEXO 4 153